বেশ কিছু অ্যান্টিবডি ইতিমধ্যেই COVID-19-এর চিকিত্সার জন্য থেরাপি হিসাবে ব্যবহার বা বিকাশাধীন।গুরুতর তীব্র শ্বাসযন্ত্রের সিন্ড্রোম করোনভাইরাস 2 (SARS-CoV-2) এর নতুন রূপের আবির্ভাবের সাথে, তারা এখনও অ্যান্টিবডি থেরাপির জন্য সংবেদনশীল হবে কিনা তা ভবিষ্যদ্বাণী করা গুরুত্বপূর্ণ।তারকা এবং অন্যান্য.একটি ইস্ট লাইব্রেরি ব্যবহার করা হয়েছিল, যা SARS-CoV-2 রিসেপ্টর বাইন্ডিং ডোমেনের সমস্ত মিউটেশন কভার করে যা হোস্ট রিসেপ্টর (ACE2) এর সাথে বাঁধাইকে দৃঢ়ভাবে ব্যাহত করবে না এবং এই মিউটেশনগুলি কীভাবে তিনটি প্রধান অ্যান্টি-SARS-CoV-কে প্রভাবিত করে তা ম্যাপ করে। -2 অ্যান্টিবডি বাঁধাই।এই পরিসংখ্যানগুলি রিজেনারন অ্যান্টিবডি মিশ্রণে দুটি অ্যান্টিবডি থেকে বেরিয়ে আসা একক মিউটেশন সহ অ্যান্টিবডি বাইন্ডিং এড়িয়ে যাওয়া মিউটেশনগুলিকে চিহ্নিত করে।একটি একক অ্যান্টিবডি থেকে বেরিয়ে আসা অনেক মিউটেশন মানুষের মধ্যে ছড়িয়ে পড়ছে।
অ্যান্টিবডিগুলি গুরুতর তীব্র শ্বাসযন্ত্রের সিন্ড্রোম করোনাভাইরাস 2 (SARS-CoV-2) এর চিকিত্সার জন্য একটি সম্ভাব্য থেরাপি, তবে এটি স্পষ্ট নয় যে ভাইরাসটি তাদের ঝুঁকি এড়াতে বিকাশ করে।এখানে, আমরা ম্যাপ করি কিভাবে SARS-CoV-2 রিসেপ্টর বাইন্ডিং ডোমেন (RBD) এর সমস্ত মিউটেশন LY-CoV016 অ্যান্টিবডির সাথে REGN-COV2 ককটেল বাঁধাইকে প্রভাবিত করে।এই সম্পূর্ণ মানচিত্রগুলি একটি অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশন প্রকাশ করেছে যা সম্পূর্ণরূপে REGN-COV2 মিশ্রণকে এড়িয়ে গেছে, যা দুটি অ্যান্টিবডি REGN10933 এবং REGN10987 দ্বারা গঠিত যা বিভিন্ন কাঠামোগত এপিটোপকে লক্ষ্য করে।এই পরিসংখ্যানগুলি REGN-COV2 এবং ইন ভিট্রো ভাইরাস এস্কেপ নির্বাচনের সময় অবিরাম সংক্রামিত রোগীদের মধ্যে নির্বাচিত ভাইরাস মিউটেশন সনাক্ত করে।অবশেষে, এই পরিসংখ্যানগুলি প্রকাশ করে যে একটি একক অ্যান্টিবডি থেকে বেরিয়ে আসা মিউটেশনগুলি ইতিমধ্যেই SARS-CoV-2 স্ট্রেনের সঞ্চালনে উপস্থিত রয়েছে।এই সম্পূর্ণ পালানোর মানচিত্রগুলি ভাইরাস নজরদারির সময় পরিলক্ষিত মিউটেশনের পরিণতি ব্যাখ্যা করতে পারে।
গুরুতর তীব্র শ্বাসযন্ত্রের সিনড্রোম করোনাভাইরাস 2 (SARS-CoV-2) (1) এর চিকিত্সার জন্য অ্যান্টিবডি তৈরি করা হচ্ছে।নির্দিষ্ট অন্যান্য ভাইরাসের বিরুদ্ধে অ্যান্টিবডিগুলি সংক্রামিত রোগীদের (2, 3) চিকিত্সার সময় বাছাই করা ভাইরাস মিউটেশনের দ্বারা অকার্যকর হয়ে যেতে পারে বা পুরো ভাইরাস ক্লেডের প্রতিরোধের জন্য বিশ্বব্যাপী ছড়িয়ে পড়েছে এমন ভাইরাল মিউটেশন।অতএব, কোন SARS-CoV-2 মিউটেশনগুলি মূল অ্যান্টিবডিগুলি থেকে বাঁচতে পারে তা নির্ধারণ করা ভাইরাস নজরদারির সময় পরিলক্ষিত মিউটেশনগুলি অ্যান্টিবডি থেরাপির কার্যকারিতাকে কীভাবে প্রভাবিত করে তা মূল্যায়ন করার জন্য গুরুত্বপূর্ণ।
বেশিরভাগ নেতৃস্থানীয় অ্যান্টি-SARS-CoV-2 অ্যান্টিবডিগুলি ভাইরাল রিসেপ্টর বাইন্ডিং ডোমেন (RBD) কে লক্ষ্য করে, যা এনজিওটেনসিন রূপান্তরকারী এনজাইম 2 (ACE2) রিসেপ্টর (5, 6) এর সাথে আবদ্ধ হওয়ার মধ্যস্থতা করে।সম্প্রতি, RBD-এর সমস্ত মিউটেশন কীভাবে অ্যান্টিভাইরাল অ্যান্টিবডি (7, 8) এর কার্যকারিতা এবং স্বীকৃতিকে প্রভাবিত করে তা ম্যাপ করার জন্য আমরা একটি গভীর মিউটেশন স্ক্যানিং পদ্ধতি তৈরি করেছি।পদ্ধতিতে RBD মিউট্যান্টের একটি লাইব্রেরি তৈরি করা, সেগুলোকে খামিরের পৃষ্ঠে প্রকাশ করা এবং প্রতিটি মিউটেশন কীভাবে RBD ভাঁজ, ACE2 অ্যাফিনিটি (একটি টাইট্রেশন সিরিজে পরিমাপ করা) এবং অ্যান্টিবডি বাইন্ডিংকে প্রভাবিত করে তা পরিমাপ করার জন্য ফ্লুরোসেন্স-অ্যাক্টিভেটেড সেল বাছাই এবং গভীর সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে। (চিত্র S1A)।এই গবেষণায়, আমরা (7) তে বর্ণিত পুনরাবৃত্তিমূলক মিউট্যান্ট লাইব্রেরি ব্যবহার করেছি, যেটি বারকোডেড RBD রূপের সমন্বয়ে গঠিত, 3819টি সম্ভাব্য অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশনের 3804টি কভার করে।আমাদের লাইব্রেরিটি প্রস্তুত করা হয়েছিল আরবিডি জিনগত পটভূমি থেকে প্রথম বিচ্ছিন্ন উহান-হু-1 এর।যদিও বেশ কয়েকটি মিউট্যান্টের ফ্রিকোয়েন্সি বাড়ছে, তারা এখনও সবচেয়ে সাধারণ আরবিডি সিকোয়েন্সের প্রতিনিধিত্ব করে (9, 10)।আমরা 2034 সালের দুটি মিউটেশন আঁকেছি যা RBD ভাঁজ এবং ACE বাইন্ডিংকে দৃঢ়ভাবে ব্যাহত করে না (7) কিভাবে REGN-COV2 ককটেল (REGN10933 এবং REGN10987) (11, 12) এবং এলি লিলির LY-CoV016 রিকম্বিন্যান্ট ফর্ম অ্যান্টিবডি অ্যান্টিবডি বাঁধার পদ্ধতিকে প্রভাবিত করে (যাকে CB6 বা JS016ও বলা হয়) (13) (চিত্র S1B)।REGN-COV2 সম্প্রতি COVID-19 (14) এর জন্য জরুরী ব্যবহারের অনুমোদন দেওয়া হয়েছে, যখন LY-CoV016 বর্তমানে ফেজ 3 ক্লিনিকাল ট্রায়াল (15) চলছে।
[Glu406→Trp(E406W)] দুটি অ্যান্টিবডির মিশ্রণ (চিত্র 1A) দৃঢ়ভাবে এড়িয়ে গেছে।LY-CoV016-এর এস্কেপ ম্যাপ RBD-এর বিভিন্ন সাইটে অনেক পালানোর মিউটেশনও প্রকাশ করেছে (চিত্র 1B)।যদিও কিছু এস্কেপ মিউটেশন RBD-এর ACE2 এর সাথে আবদ্ধ হওয়ার বা যথাযথভাবে ভাঁজ আকারে প্রকাশ করার ক্ষমতাকে ব্যাহত করতে পারে, খামির-প্রদর্শিত RBD ব্যবহার করে গভীর মিউটেশন স্ক্যানিংয়ের পূর্ববর্তী পরিমাপ অনুসারে, অনেক কার্যকরী মিউটেশন এই কার্যকরী বৈশিষ্ট্যগুলিতে সামান্য বা কোন প্রভাব ফেলে না (7 ) (চিত্র 1, A এবং B ACE2 সখ্যতা হারানোর প্রতিনিধিত্ব করে, যখন চিত্র S2 RBD প্রকাশের হ্রাসকে প্রতিনিধিত্ব করে।
(A) REGN-COV2 এ অ্যান্টিবডি ম্যাপিং।বাম দিকের লাইন গ্রাফটি RBD-এর প্রতিটি সাইটে পালানোর পথ দেখায় (প্রতিটি সাইটে সমস্ত মিউটেশনের সমষ্টি)।ডানদিকের লোগো ছবিটি শক্তিশালী পালানোর অবস্থান দেখায় (বেগুনি আন্ডারলাইন)।প্রতিটি অক্ষরের উচ্চতা অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশনের মধ্যস্থিত পালানোর শক্তির সমানুপাতিক, এবং প্রতিটি মিউটেশনের জন্য 1 এর একটি "এসকেপ স্কোর" সম্পূর্ণ পালানোর সাথে মিলে যায়।y-অক্ষের স্কেল প্রতিটি সারির জন্য আলাদা, তাই, উদাহরণস্বরূপ, E406W সমস্ত REGN অ্যান্টিবডিগুলিকে এড়িয়ে যায়, কিন্তু এটি ককটেলগুলির জন্য সবচেয়ে স্পষ্ট কারণ এটি পৃথক অ্যান্টিবডিগুলির অন্যান্য এস্কেপ সাইট দ্বারা অভিভূত হয়।স্কেলযোগ্য সংস্করণের জন্য, S2, A এবং B, কীভাবে মিউটেশনগুলি ভাঁজ করা RBD-এর অভিব্যক্তিকে প্রভাবিত করে তা দ্বারা মানচিত্রের রঙ করতে ব্যবহৃত হয়।S2, C এবং D ব্যবহার করা হয় ACE2 অ্যাফিনিটি এবং RBD এক্সপ্রেশনের উপর প্রভাব বন্টন করতে ব্যবহৃত সমস্ত মিউটেশনের মধ্যে যেগুলি পরিবর্তিত ভাইরাস আইসোলেটে পরিলক্ষিত হয়।(B) (A) হিসাবে দেখানো হয়েছে, LY-CoV016 আঁকুন।(সি) নিরপেক্ষকরণ অ্যাসে মূল মিউটেশন যাচাই করতে স্পাইক-সিউডোটাইপড লেন্টিভাইরাল কণা ব্যবহার করুন।আমরা SARS-CoV-2 আইসোলেটে (যেমন N439K) সঞ্চালনে একটি উচ্চ ফ্রিকোয়েন্সিতে একটি বৃহত্তর প্রভাব বা বিদ্যমান মিউটেশনগুলি যাচাই করার জন্য বেছে নিয়েছি।প্রতিটি বিন্দু D614G সমন্বিত আনমিউটেড ওয়াইল্ড-টাইপ (WT) এর শীর্ষের তুলনায় মিউটেশনের মধ্যক বাধা ঘনত্বের (IC50) গুণ বৃদ্ধির প্রতিনিধিত্ব করে।নীল ড্যাশযুক্ত লাইন 1 WT এর অনুরূপ একটি নিরপেক্ষকরণ প্রভাবকে প্রতিনিধিত্ব করে এবং একটি মান> 1 একটি বর্ধিত নিরপেক্ষ প্রতিরোধের প্রতিনিধিত্ব করে।বিন্দুর রঙ নির্দেশ করে আপনি মানচিত্র থেকে পালাতে চান কিনা।বিন্দুগুলি নির্দেশ করে যে যেহেতু IC50 ব্যবহৃত তরলীকরণ সিরিজের বাইরে, তাই একাধিক পরিবর্তন চেক করা হয়েছে (উর্ধ্ব বা নিম্ন সীমা)।বেশিরভাগ মিউট্যান্টকে নকল পরীক্ষা করা হয়, তাই দুটি পয়েন্ট রয়েছে।সম্পূর্ণ নিরপেক্ষকরণ বক্ররেখা চিত্র 2. S3 এ দেখানো হয়েছে।অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশগুলির এক-অক্ষরের সংক্ষিপ্ত রূপগুলি নিম্নরূপ: A, Ala;সি, সিস্টাইন;ডি, এএসপি;ই, গ্লু;F, Phe;জি, গ্লাই;জ, তার;আমি, ইলে;কে, লাইসিন;এল, লিউ;মেট্রোপলিস এন, অ্যাসেন;পি, প্রো;Q, Gln;আর, আরগ;এস, সের;T, Thr;V, Val;W, ট্রিপটোফান;এবং Y, Tyr.
মূল মিউটেশনের অ্যান্টিজেনিক প্রভাব যাচাই করার জন্য, আমরা প্যানিকেল সিউডোটাইপড লেন্টিভাইরাল কণা ব্যবহার করে একটি নিরপেক্ষকরণ পরীক্ষা করেছি এবং দেখেছি যে অ্যান্টিবডি বাইন্ডিং এস্কেপ ম্যাপ এবং নিরপেক্ষকরণ অ্যাস (চিত্র 1C এবং চিত্র S3) এর মধ্যে একটি সামঞ্জস্য রয়েছে।REGN-COV2 অ্যান্টিবডি মানচিত্র থেকে প্রত্যাশিত, অবস্থান 486-এ মিউটেশন শুধুমাত্র REGN10933 দ্বারা নিরপেক্ষ হয়, যখন 439 এবং 444 অবস্থানে মিউটেশন শুধুমাত্র REGN10987 দ্বারা নিরপেক্ষ হয়, তাই এই মিউটেশনগুলি এড়াতে পারে না।কিন্তু E406W দুটি REGN-COV2 অ্যান্টিবডি এড়িয়ে গেছে, তাই এটিও মিশ্রণ থেকে দৃঢ়ভাবে এড়িয়ে গেছে।স্ট্রাকচারাল অ্যানালাইসিস এবং ভাইরাস এস্কেপ সিলেকশনের মাধ্যমে, রেজেনারন বিশ্বাস করে যে কোনো একক অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশন ককটেল (11, 12) দুটি অ্যান্টিবডি থেকে এড়াতে পারে না, কিন্তু আমাদের সম্পূর্ণ মানচিত্র E406W কে ককটেল এস্কেপ মিউটেশন হিসেবে চিহ্নিত করে।E406W তুলনামূলকভাবে নির্দিষ্ট উপায়ে REGN-COV2 অ্যান্টিবডিকে প্রভাবিত করে, এবং RBD-এর কাজকে গুরুতরভাবে হস্তক্ষেপ করে না, কারণ এটি শুধুমাত্র LY-CoV016 (চিত্র 1C) এবং স্পাইকড সিউডোটাইপড লেন্টিভাইরাল কণার টাইটারের নিরপেক্ষকরণ প্রভাবকে সামান্য হ্রাস করে। S3F)।
আমাদের পালানোর মানচিত্রটি অ্যান্টিবডি নির্বাচনের অধীনে ভাইরাসের বিবর্তনের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ কিনা তা অন্বেষণ করার জন্য, আমরা প্রথমে রেজেনেরন ভাইরাস এস্কেপ নির্বাচন পরীক্ষার ডেটা পরীক্ষা করেছিলাম, যেখানে এক্সপ্রেশন স্পাইকটি কোষ সংস্কৃতিতে যেকোন REGN10933 এর উপস্থিতিতে বৃদ্ধি পেয়েছিল। স্টোমাটাইটিস ভাইরাস (VSV), REGN10987 বা REGN-COV2 ককটেল (12)।এই কাজটি REGN10933 থেকে পাঁচটি এস্কেপ মিউটেশন, REGN10987 থেকে দুটি পালানোর মিউটেশন এবং ককটেল (চিত্র 2A) থেকে কোনো মিউটেশন শনাক্ত করেছে।সমস্ত সাতটি কোষ সংস্কৃতির দ্বারা নির্বাচিত মিউটেশনগুলি আমাদের পালানোর মানচিত্রে হাইলাইট করা হয়েছে এবং উহান-হু-1 আরবিডি সিকোয়েন্সে বন্য-টাইপ কোডনের একক-নিউক্লিওটাইড পরিবর্তনটিও অ্যাক্সেসযোগ্য (চিত্র 2B), পালানোর কনকর্ডেন্সের মধ্যে পার্থক্য নির্দেশ করে কোষ সংস্কৃতিতে অ্যান্টিবডি চাপের অধীনে গ্রাফ এবং ভাইরাসের বিবর্তন।এটা লক্ষণীয় যে E406W একক নিউক্লিওটাইড পরিবর্তনের দ্বারা অ্যাক্সেস করা যায় না, যা ব্যাখ্যা করতে পারে কেন রিজেনারন ককটেল নির্বাচন RBD ভাঁজ এবং ACE2 সম্বন্ধের তুলনামূলকভাবে ভাল সহনশীলতা থাকা সত্ত্বেও এটি সনাক্ত করতে পারে না।
(A) অ্যান্টিবডির উপস্থিতিতে, রেজেনারন কোষ সংস্কৃতিতে ভাইরাস এস্কেপ মিউটেশন নির্বাচন করতে প্যানিকেল সিউডোটাইপ VSV ব্যবহার করে (12)।(B) পালানোর চিত্র, যেমন চিত্র 1A-তে দেখানো হয়েছে, কিন্তু শুধুমাত্র উহান-হু-1 অনুক্রমের একক নিউক্লিওটাইড পরিবর্তনের মাধ্যমে অ্যাক্সেসযোগ্য মিউটেশনগুলি দেখায়।অ-ধূসর কোষের সংস্কৃতি (লাল) এবং সংক্রামিত রোগীদের (নীল) ), বা উভয় (বেগুনি) মিউটেশন নির্দেশ করে।চিত্র S5 এই গ্রাফগুলি দেখায়, যেগুলি মিউটেশনগুলি কীভাবে ACE2 সম্বন্ধ বা RBD অভিব্যক্তিকে প্রভাবিত করে তার দ্বারা রঙিন।(C) সংক্রমণের 145 তম দিনে REGN-COV2 দিয়ে চিকিত্সা করা রোগীদের মধ্যে RBD মিউটেশনের গতিবিদ্যা (কালো ডটেড উল্লম্ব লাইন)।E484A এবং F486I এর মধ্যে সংযোগের ফ্রিকোয়েন্সি বৃদ্ধি পেয়েছে, কিন্তু যেহেতু E484A আমাদের চিত্রে একটি এস্কেপ মিউটেশন নয়, এটি অন্যান্য প্যানেলে দেখানো হয় না।এছাড়াও চিত্র দেখুন.S4.(D) কোষ সংস্কৃতি এবং সংক্রামিত রোগীদের মধ্যে যে এস্কেপ মিউটেশনগুলি ঘটে তা একটি একক নিউক্লিওটাইড দ্বারা অ্যাক্সেসযোগ্য, এবং এস্কেপ অ্যান্টিবডিগুলির বাঁধাই ACE2 অ্যাফিনিটির জন্য কোনও বড় খরচের কারণ হয় না [যেমন খামির প্রদর্শন পদ্ধতি দ্বারা পরিমাপ করা হয় (7)]।প্রতিটি বিন্দু একটি মিউটেশন, এবং এর আকার এবং রঙ নির্দেশ করে যে এটি ভাইরাস বৃদ্ধির সময় অ্যাক্সেস করা এবং নির্বাচন করা যেতে পারে কিনা।x-অক্ষের আরও ডানদিকের বিন্দুগুলি শক্তিশালী অ্যান্টিবডি বাঁধাই এস্কেপ নির্দেশ করে;y-অক্ষের উচ্চতর বিন্দুগুলি উচ্চতর ACE2 সম্বন্ধ নির্দেশ করে।
Escape Atlas মানুষকে সংক্রামিত ভাইরাসের বিবর্তন বিশ্লেষণ করতে পারে কিনা তা নির্ধারণ করার জন্য, আমরা একটি ক্রমাগতভাবে সংক্রামিত ইমিউনোকম্প্রোমাইজড রোগীর কাছ থেকে গভীর সিকোয়েন্সিং ডেটা পরীক্ষা করেছি যিনি COVID-19 চিকিত্সা (16) নির্ণয়ের 145 তম দিনে REGN-COV2 পেয়েছিলেন।দেরীতে চিকিত্সা রোগীর ভাইরাল জনসংখ্যাকে জেনেটিক বৈচিত্র্য জমতে দেয়, যার মধ্যে কিছু ইমিউন স্ট্রেস দ্বারা চালিত হতে পারে, কারণ চিকিত্সার আগে রোগীর একটি দুর্বল স্বয়ংক্রিয় অ্যান্টিবডি প্রতিক্রিয়া রয়েছে (16)।REGN-COV2 প্রশাসনের পরে, RBD-তে পাঁচটি অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশনের ফ্রিকোয়েন্সি দ্রুত পরিবর্তিত হয় (চিত্র 2C এবং চিত্র S4)।আমাদের এস্কেপ ম্যাপ দেখিয়েছে যে এই মিউটেশনগুলির মধ্যে তিনটি REGN10933 এড়িয়ে গেছে এবং একটি REGN10987 (চিত্র 2B) এড়িয়ে গেছে।এটি লক্ষণীয় যে অ্যান্টিবডি চিকিত্সার পরে, সমস্ত মিউটেশন নির্দিষ্ট সাইটে স্থানান্তরিত হয়নি।বিপরীতে, প্রতিযোগিতার উত্থান এবং পতন রয়েছে (চিত্র 2C)।এই প্যাটার্নটি অন্যান্য ভাইরাসের (17, 18) অভিযোজিত হোস্টের অভ্যন্তরীণ বিবর্তনে দেখা গেছে, সম্ভবত জেনেটিক ফ্রি-রাইডিং এবং ভাইরাল বংশের মধ্যে প্রতিযোগিতার কারণে।এই উভয় শক্তিই অবিরাম সংক্রমণ (চিত্র 2C এবং চিত্র S4C) রোগীদের ক্ষেত্রে ভূমিকা পালন করে বলে মনে হচ্ছে: E484A (আমাদের চিত্রে একটি পালানোর মিউটেশন নয়) এবং F486I (এসকেপ REGN10933) চিকিত্সার পরে ফ্রি-রাইডিং এবং N440D বহনকারী ভাইরাসের বংশধর। Q493K (যথাক্রমে REGN10987 এবং REGN10933 পালানো) প্রথমে REGN10933 এস্কেপ মিউট্যান্ট Y489H এর সাথে প্রতিযোগিতা করে এবং তারপর E484A এবং F486I এবং Q493K বহনকারী বংশের সাথে প্রতিযোগিতা করে।
REGN-COV2 এর সাথে চিকিত্সা করা রোগীদের চারটি পালানোর মিউটেশনের মধ্যে তিনটি রেজেনারনের ভাইরাস কোষ সংস্কৃতি নির্বাচন (চিত্র 2B) এ সনাক্ত করা যায়নি, যা সম্পূর্ণ মানচিত্রের সুবিধার চিত্র তুলে ধরে।ভাইরাস নির্বাচন অসম্পূর্ণ কারণ তারা শুধুমাত্র নির্দিষ্ট কোষ সংস্কৃতি পরীক্ষায় এলোমেলোভাবে নির্বাচিত কোনো মিউটেশন সনাক্ত করতে পারে।বিপরীতে, সম্পূর্ণ মানচিত্রটি সমস্ত মিউটেশনকে টীকা দেয়, যার মধ্যে চিকিত্সার সাথে সম্পর্কহীন কারণে সৃষ্ট মিউটেশন অন্তর্ভুক্ত থাকতে পারে, কিন্তু দুর্ঘটনাক্রমে অ্যান্টিবডি বাঁধাইকে প্রভাবিত করে।
অবশ্যই, ভাইরাসের বিবর্তন কার্যকরী সীমাবদ্ধতা এবং অ্যান্টিবডি এড়াতে চাপ দ্বারা প্রভাবিত হয়।কোষ সংস্কৃতিতে নির্বাচিত মিউটেশন এবং রোগীরা সর্বদা নিম্নলিখিত মানদণ্ড পূরণ করে: তারা অ্যান্টিবডি বাইন্ডিং এড়াতে পারে, একটি একক নিউক্লিওটাইড পরিবর্তনের মাধ্যমে প্রবেশ করতে পারে এবং ACE2 অ্যাফিনিটির জন্য সামান্য বা কোন খরচ নেই [খামির স্ক্যানিং পরিমাপ RBD ব্যবহার করে প্রদর্শিত পূর্ববর্তী গভীর মিউটেশনগুলির মাধ্যমে (7) )] (চিত্র 2D এবং চিত্র S5)।সুতরাং, মিউটেশনগুলি কীভাবে RBD এর মূল জৈব রাসায়নিক ফিনোটাইপগুলিকে প্রভাবিত করে (যেমন ACE এবং অ্যান্টিবডি বাইন্ডিং) ভাইরাসের বিবর্তনের সম্ভাব্য পথগুলি মূল্যায়ন করতে ব্যবহার করা যেতে পারে।একটি সতর্কতা হল যে একটি দীর্ঘ বিবর্তনীয় সময় ফ্রেমে, যেমন ভাইরাল অনাক্রম্যতা এবং ড্রাগ এস্কেপ দেখা যায়, এপিস্ট্যাটিক মিথস্ক্রিয়ার কারণে, মিউটেশনের জন্য সহনশীলতার স্থান পরিবর্তিত হতে পারে (19-21)।
সম্পূর্ণ মানচিত্রটি আমাদের সঞ্চালিত SARS-CoV-2-এ বিদ্যমান পালানোর মিউটেশনের মূল্যায়ন করতে দেয়।আমরা 11 জানুয়ারী, 2021 পর্যন্ত উপলব্ধ সমস্ত মানব-উত্পন্ন SARS-CoV-2 সিকোয়েন্স পরীক্ষা করেছি এবং দেখেছি যে বিপুল সংখ্যক RBD মিউটেশন এক বা একাধিক অ্যান্টিবডি থেকে বেরিয়ে এসেছে (চিত্র 3)।যাইহোক, সিকোয়েন্সের>0.1%-এ উপস্থিত একমাত্র এস্কেপ মিউটেশন হল REGN10933 এস্কেপ মিউট্যান্ট Y453F [সিকোয়েন্সের 0.3%;দেখুন (12)], REGN10987 এস্কেপ মিউট্যান্ট N439K [ক্রমের 1.7%;দেখুন চিত্র 1C এবং (22)], এবং LY-CoV016 এস্কেপ মিউটেশন K417N (0.1% ক্রম; এছাড়াও চিত্র 1C দেখুন)।Y453F নেদারল্যান্ডস এবং ডেনমার্কের মিঙ্ক ফার্মগুলির সাথে সম্পর্কিত স্বাধীন প্রাদুর্ভাবের সাথে যুক্ত (23, 24);এটা লক্ষণীয় যে মিঙ্ক সিকোয়েন্সে মাঝে মাঝে অন্যান্য এস্কেপ মিউটেশন থাকে, যেমন F486L (24)।N439K ইউরোপে খুব জনপ্রিয়, এবং ইউরোপের স্কটল্যান্ড এবং আয়ারল্যান্ড থেকে অনুক্রমের একটি বড় অংশ গঠন করে (22, 25)।K417N প্রথম দক্ষিণ আফ্রিকায় আবিষ্কৃত B.1.351 বংশে বিদ্যমান (10)।বর্তমান উদ্বেগের আরেকটি মিউটেশন হল N501Y, যেটি B.1.351-এ এবং B.1.1.7 বংশের মধ্যেও রয়েছে যা মূলত যুক্তরাজ্যে চিহ্নিত (9)।আমাদের মানচিত্র দেখায় যে REGN-COV2 অ্যান্টিবডির উপর N501Y এর কোন প্রভাব নেই, কিন্তু শুধুমাত্র LY-CoV016 (চিত্র 3) এর উপর মাঝারি প্রভাব রয়েছে।
প্রতিটি অ্যান্টিবডি বা অ্যান্টিবডি সংমিশ্রণের জন্য, 11 জানুয়ারী, 2021 পর্যন্ত, GISAID (26) তে 317,866টি উচ্চ-মানের মানব-নির্মিত SARS-CoV-2 সিকোয়েন্সের মধ্যে, প্রতিটি মিউটেশন এবং এর ফ্রিকোয়েন্সির জন্য পালানোর স্কোরের মধ্যে সম্পর্ক।এটা চিহ্নিত করা হয়.REGN-COV2 ককটেল এস্কেপ মিউটেশন E406W-এর জন্য উহান-Hu-1 RBD সিকোয়েন্সে একাধিক নিউক্লিওটাইড পরিবর্তন প্রয়োজন এবং GISAID ক্রমানুসারে তা পরিলক্ষিত হয় না।অবশিষ্টাংশ E406 (E406Q এবং E406D) এর অন্যান্য মিউটেশনগুলি কম ফ্রিকোয়েন্সি গণনার সাথে পরিলক্ষিত হয়েছিল, তবে এই মিউট্যান্ট অ্যামিনো অ্যাসিডগুলি W থেকে দূরে একক নিউক্লিওটাইড মিউটেশন নয়।
প্রত্যাশিত হিসাবে, এস্কেপ মিউটেশন সাধারণত অ্যান্টিবডি-আরবিডি ইন্টারফেসে ঘটে।যাইহোক, কোন মিউটেশনের মধ্যস্থতা পালাতে পারে তা অনুমান করার জন্য একা কাঠামোই যথেষ্ট নয়।উদাহরণস্বরূপ, LY-CoV016 এর ভারী এবং হালকা চেইনগুলিকে একটি প্রশস্ত এপিটোপে আবদ্ধ করতে ব্যবহার করে যা ACE2 বাইন্ডিং পৃষ্ঠকে ওভারল্যাপ করে, কিন্তু পালানোর প্রক্রিয়াটি ভারী চেইনের পরিপূরকতা নির্ধারণকারী অঞ্চলে RBD অবশিষ্টাংশের মিউটেশনের সাথে জড়িত (চিত্র 4A এবং চিত্র S6, E থেকে ছ)।বিপরীতে, REGN10933 এবং REGN10987 থেকে পালিয়ে যাওয়া প্রধানত অ্যান্টিবডি ভারী এবং হালকা চেইনের ইন্টারফেসে স্তুপীকৃত RBD অবশিষ্টাংশে ঘটেছে (চিত্র 4A এবং চিত্র S6, A থেকে D)।E406W মিউটেশন যেটি REGN-COV2 মিশ্রণ থেকে রক্ষা পেয়েছে তা অবশিষ্টাংশে ঘটেছে যেগুলি অ্যান্টিবডির (চিত্র 4, A এবং B) সাথে যোগাযোগে ছিল না।যদিও E406 কাঠামোগতভাবে LY-CoV016 (চিত্র 4B এবং চিত্র S6H) এর কাছাকাছি, তবে E406W মিউটেশনের অ্যান্টিবডির উপর অনেক ছোট প্রভাব রয়েছে (চিত্র 1, B এবং C), ইঙ্গিত করে যে নির্দিষ্ট দীর্ঘ-সীমার কাঠামোগত প্রক্রিয়াটি REGN-বিরোধী - COV2 অ্যান্টিবডি (চিত্র S6I)।সংক্ষেপে, অ্যান্টিবডিগুলির সংস্পর্শে থাকা RBD অবশিষ্টাংশের মিউটেশনগুলি সর্বদা পালানোর মধ্যস্থতা করে না এবং কিছু উল্লেখযোগ্য পালানোর মিউটেশনগুলি অ্যান্টিবডিগুলির সংস্পর্শে না থাকা অবশিষ্টাংশগুলিতে ঘটে (চিত্র 4B এবং চিত্র S6, D এবং G)।
(A) অ্যান্টিবডি দ্বারা আবদ্ধ RBD কাঠামোতে প্রজেক্ট করা পালানোর চিত্র।[REGN10933 এবং REGN10987: প্রোটিন ডেটাবেস (PDB) ID 6XDG (11);LY-CoV016: PDB ID 7C01 (13)]।অ্যান্টিবডির ভারী এবং হালকা চেইনের পরিবর্তনশীল ডোমেনগুলিকে নীল কার্টুন হিসাবে দেখানো হয়েছে, এবং RBD-এর পৃষ্ঠের রঙ এই সাইটে মিউটেশন-মধ্যস্থ পালানোর শক্তি নির্দেশ করে (সাদা কোনও পালানোর ইঙ্গিত দেয় না, এবং লাল সবচেয়ে শক্তিশালী নির্দেশ করে। অ্যান্টিবডি বা মিশ্রণের এস্কেপ সাইট)।যে সাইটগুলি কার্যকরীভাবে পরিবর্তিত নয় সেগুলি ধূসর হয়ে গেছে৷(B) প্রতিটি অ্যান্টিবডির জন্য, সাইটটিকে সরাসরি অ্যান্টিবডি যোগাযোগ (অ্যান্টিবডির 4Å এর মধ্যে নন-হাইড্রোজেন পরমাণু), প্রক্সিমাল অ্যান্টিবডি (4 থেকে 8Å) বা দূরবর্তী অ্যান্টিবডি (> 8Å) হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ করুন।প্রতিটি পয়েন্ট একটি সাইট প্রতিনিধিত্ব করে, এস্কেপ (লাল) বা নন-এস্কেপ (কালো) এ বিভক্ত।ধূসর ড্যাশযুক্ত লাইনটি সাইটটিকে পালানো বা নন-এস্কেপ হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ করতে ব্যবহৃত সমালোচনামূলক মান উপস্থাপন করে (বিশদ বিবরণের জন্য, উপাদান এবং পদ্ধতি দেখুন)।লাল এবং কালো সংখ্যাগুলি নির্দেশ করে যে প্রতিটি বিভাগের কতগুলি সাইট এস্কেপড বা আনএস্কেপড।
এই গবেষণায়, আমরা তিনটি প্রধান অ্যান্টি-SARS-CoV-2 অ্যান্টিবডিগুলিকে এড়িয়ে যাওয়া মিউটেশনগুলিকে সম্পূর্ণরূপে ম্যাপ করেছি।এই মানচিত্রগুলি নির্দেশ করে যে পালানোর মিউটেশনের পূর্ববর্তী বৈশিষ্ট্য অসম্পূর্ণ।REGN-COV2 ককটেলের দুটি অ্যান্টিবডি থেকে পালাতে পারে এমন কোনো একক অ্যামিনো অ্যাসিড মিউটেশন শনাক্ত করা যায়নি, বা ককটেল দিয়ে চিকিত্সা করা বেশিরভাগ ক্রমাগত সংক্রমণ রোগীদের চিহ্নিত করা যায়নি।মিউটেশনঅবশ্যই, আমাদের মানচিত্রটি এখনও সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ প্রশ্নের উত্তর দেয়নি: SARS-CoV-2 কি এই অ্যান্টিবডিগুলির ব্যাপক প্রতিরোধ গড়ে তুলবে?তবে যা নিশ্চিত তা হল এটি উদ্বেগজনক যে এতগুলি এস্কেপ মিউটেশন RBD ভাঁজ বা রিসেপ্টর অ্যাফিনিটির উপর খুব কম প্রভাব ফেলে এবং ইতিমধ্যেই সঞ্চালনকারী ভাইরাসগুলিতে কিছু নিম্ন-স্তরের মিউটেশন রয়েছে।শেষ পর্যন্ত, SARS-CoV-2 জনসংখ্যার মধ্যে ছড়িয়ে পড়লে কী মিউটেশন ছড়াবে তা অপেক্ষা করা এবং পর্যবেক্ষণ করা প্রয়োজন।আমাদের কাজ ভাইরাল জিনোম নজরদারি দ্বারা শ্রেণীবদ্ধ মিউটেশনের প্রভাব অবিলম্বে ব্যাখ্যা করে "পর্যবেক্ষণ" করতে সহায়তা করবে।
এটি ক্রিয়েটিভ কমন্স অ্যাট্রিবিউশন লাইসেন্সের শর্তাবলীর অধীনে বিতরণ করা একটি ওপেন অ্যাক্সেস নিবন্ধ।মূল কাজটি যথাযথভাবে উদ্ধৃত করার শর্তে নিবন্ধটি যেকোনো মাধ্যমের অবাধ ব্যবহার, বিতরণ এবং পুনরুত্পাদনের অনুমতি দেয়।
দ্রষ্টব্য: আমরা আপনাকে শুধুমাত্র আপনার ইমেল ঠিকানা প্রদান করতে বলি যাতে আপনি যে ব্যক্তিকে পৃষ্ঠায় সুপারিশ করেন তা জানতে পারে যে আপনি চান যে তারা ইমেলটি দেখুক এবং এটি স্প্যাম নয়।আমরা কোনো ইমেল ঠিকানা ক্যাপচার করব না.
আপনি একজন ভিজিটর কিনা এবং স্বয়ংক্রিয় স্প্যাম জমা প্রতিরোধ করতে এই প্রশ্নটি ব্যবহার করা হয়।
Tyler N.Starr, Allison J.Greaney, Amin Addetia, William W. Hannon, Manish C. Choudhary (Manish C. Choudhary), Adam S. Dinges (Adam S.
SARS-CoV-2 মিউটেশনের সম্পূর্ণ মানচিত্র যা রেজেনেরন মনোক্লোনাল অ্যান্টিবডি মিশ্রণ থেকে বেরিয়ে আসে রোগীদের চিকিৎসায় ভাইরাসের বিবর্তন ব্যাখ্যা করতে সাহায্য করে।
Tyler N.Starr, Allison J.Greaney, Amin Addetia, William W. Hannon, Manish C. Choudhary (Manish C. Choudhary), Adam S. Dinges (Adam S.
SARS-CoV-2 মিউটেশনের সম্পূর্ণ মানচিত্র যা রেজেনেরন মনোক্লোনাল অ্যান্টিবডি মিশ্রণ থেকে বেরিয়ে আসে রোগীদের চিকিৎসায় ভাইরাসের বিবর্তন ব্যাখ্যা করতে সাহায্য করে।
©2021 আমেরিকান অ্যাসোসিয়েশন ফর দ্য অ্যাডভান্সমেন্ট অফ সায়েন্স।সমস্ত অধিকার সংরক্ষিত.AAAS HINARI, AGORA, OARE, CHORUS, CLOCKSS, CrossRef এবং COUNTER.Science ISSN 1095-9203 এর অংশীদার।
পোস্টের সময়: ফেব্রুয়ারি-২৪-২০২১