કોવિડ-19 ની સારવાર માટે ઉપચાર તરીકે કેટલીક એન્ટિબોડીઝ પહેલેથી જ ઉપયોગમાં છે અથવા વિકાસ હેઠળ છે.ગંભીર તીવ્ર શ્વસન સિન્ડ્રોમ કોરોનાવાયરસ 2 (SARS-CoV-2) ના નવા પ્રકારોના ઉદભવ સાથે, તે આગાહી કરવી મહત્વપૂર્ણ છે કે શું તેઓ હજી પણ એન્ટિબોડી ઉપચાર માટે સંવેદનશીલ હશે.સ્ટાર એટ અલ.એક યીસ્ટ લાઇબ્રેરીનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો, જે SARS-CoV-2 રીસેપ્ટર બાઈન્ડિંગ ડોમેનમાં તમામ મ્યુટેશનને આવરી લે છે જે હોસ્ટ રીસેપ્ટર (ACE2) સાથેના બંધનને મજબૂત રીતે વિક્ષેપિત કરશે નહીં, અને નકશા કરે છે કે આ પરિવર્તનો ત્રણ મુખ્ય એન્ટિ-સાર્સ-કોવીને કેવી રીતે અસર કરે છે. -2 એન્ટિબોડી બંધનકર્તા.આ આંકડાઓ એવા મ્યુટેશનને ઓળખે છે જે એન્ટિબોડી બંધનથી બચી જાય છે, જેમાં સિંગલ મ્યુટેશનનો સમાવેશ થાય છે જે રેજેનેરોન એન્ટિબોડી મિશ્રણમાં બે એન્ટિબોડીઝથી બચી જાય છે.ઘણા મ્યુટેશન કે જે એક જ એન્ટિબોડીથી બચી જાય છે તે મનુષ્યોમાં ફેલાય છે.
એન્ટિબોડીઝ એ ગંભીર તીવ્ર શ્વસન સિન્ડ્રોમ કોરોનાવાયરસ 2 (SARS-CoV-2) ની સારવાર માટે સંભવિત ઉપચાર છે, પરંતુ તે સ્પષ્ટ નથી કે વાયરસ તેમના જોખમથી બચવા માટે વિકસે છે.અહીં, અમે મેપ કરીએ છીએ કે SARS-CoV-2 રીસેપ્ટર બાઈન્ડિંગ ડોમેન (RBD) માંના તમામ પરિવર્તનો REGN-COV2 કોકટેલને એન્ટિબોડી LY-CoV016 સાથેના બંધનને કેવી રીતે અસર કરે છે.આ સંપૂર્ણ નકશાઓએ એમિનો એસિડ મ્યુટેશન જાહેર કર્યું જેણે REGN-COV2 મિશ્રણને સંપૂર્ણપણે ટાળ્યું, જે બે એન્ટિબોડીઝ REGN10933 અને REGN10987થી બનેલું છે જે વિવિધ માળખાકીય એપિટોપ્સને લક્ષ્ય બનાવે છે.આ આંકડાઓ REGN-COV2 સાથે સારવાર કરાયેલા સતત સંક્રમિત દર્દીઓમાં અને ઈન વિટ્રો વાયરસ એસ્કેપ સિલેક્શન દરમિયાન પસંદ કરાયેલા વાયરસ પરિવર્તનને પણ ઓળખે છે.છેવટે, આ આંકડાઓ દર્શાવે છે કે એક જ એન્ટિબોડીથી બચી જતા પરિવર્તનો પહેલાથી જ SARS-CoV-2 સ્ટ્રેઈન ફરતા હોય છે.આ સંપૂર્ણ એસ્કેપ નકશા વાયરસ સર્વેલન્સ દરમિયાન જોવા મળેલા પરિવર્તનના પરિણામોને સમજાવી શકે છે.
ગંભીર એક્યુટ રેસ્પિરેટરી સિન્ડ્રોમ કોરોનાવાયરસ 2 (SARS-CoV-2) (1) ની સારવાર માટે એન્ટિબોડીઝ વિકસાવવામાં આવી રહી છે.ચેપગ્રસ્ત દર્દીઓ (2, 3) ની સારવાર દરમિયાન પસંદ કરાયેલા વાઈરસ મ્યુટેશન દ્વારા અથવા સમગ્ર વાયરસ ક્લેડને પ્રતિકાર આપવા માટે વૈશ્વિક સ્તરે ફેલાયેલા વાઈરલ મ્યુટેશન દ્વારા અમુક અન્ય વાયરસ સામે એન્ટિબોડીઝ બિનઅસરકારક બની શકે છે.તેથી, કયા SARS-CoV-2 પરિવર્તનો કી એન્ટિબોડીઝથી બચી શકે છે તે નિર્ધારિત કરવું એ મૂલ્યાંકન કરવા માટે મહત્વપૂર્ણ છે કે વાયરસ સર્વેલન્સ દરમિયાન જોવા મળેલા પરિવર્તન એન્ટિબોડી ઉપચારની અસરકારકતાને કેવી અસર કરે છે.
મોટાભાગના અગ્રણી એન્ટિ-સાર્સ-કોવી-2 એન્ટિબોડીઝ વાયરલ રીસેપ્ટર બાઈન્ડિંગ ડોમેન (RBD) ને લક્ષ્ય બનાવે છે, જે એન્જીયોટેન્સિન કન્વર્ટિંગ એન્ઝાઇમ 2 (ACE2) રીસેપ્ટર (5, 6) ને બંધનકર્તા મધ્યસ્થી કરે છે.તાજેતરમાં, અમે RBD ના તમામ મ્યુટેશન તેના કાર્ય અને એન્ટિવાયરલ એન્ટિબોડીઝ (7, 8) દ્વારા ઓળખને કેવી રીતે અસર કરે છે તે નકશા કરવા માટે એક ઊંડા પરિવર્તન સ્કેનીંગ પદ્ધતિ વિકસાવી છે.પદ્ધતિમાં RBD મ્યુટન્ટ્સની લાઇબ્રેરી બનાવવી, તેમને યીસ્ટની સપાટી પર વ્યક્ત કરવી, અને દરેક પરિવર્તન RBD ફોલ્ડિંગ, ACE2 એફિનિટી (એક ટાઇટ્રેશન શ્રેણીમાં માપવામાં આવે છે) અને એન્ટિબોડી બંધનને કેવી રીતે અસર કરે છે તે માપવા માટે ફ્લોરોસેન્સ-સક્રિય કોષ સૉર્ટિંગ અને ડીપ સિક્વન્સિંગનો ઉપયોગ કરે છે. (આકૃતિ S1A).આ અભ્યાસમાં, અમે (7) માં વર્ણવેલ પુનરાવર્તિત મ્યુટન્ટ લાઇબ્રેરીનો ઉપયોગ કર્યો છે, જે બારકોડેડ RBD વેરિઅન્ટ્સથી બનેલું છે, જેમાં 3819 સંભવિત એમિનો એસિડ મ્યુટેશનમાંથી 3804 આવરી લેવામાં આવ્યા છે.અમારી લાઇબ્રેરી પ્રારંભિક વુહાન-હુ-1 ના આરબીડી આનુવંશિક પૃષ્ઠભૂમિમાંથી તૈયાર કરવામાં આવી હતી.ઘણા મ્યુટન્ટ્સની આવર્તન વધી રહી હોવા છતાં, તેઓ હજુ પણ સૌથી સામાન્ય RBD સિક્વન્સનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે (9, 10).અમે 2034 માંથી બે મ્યુટેશન દોર્યા છે જે RBD ફોલ્ડિંગ અને ACE બાઈન્ડિંગને મજબૂત રીતે વિક્ષેપિત કરતા નથી (7) REGN-COV2 કોકટેલ (REGN10933 અને REGN10987) (11, 12) અને એલી લિલીનું LY-CoV016 રિકોમ્બિનન્ટ ફોર્મ કેવી રીતે પસાર કરવું. એન્ટિબોડી એન્ટિબોડી બાંધવાની પદ્ધતિને અસર કરે છે (જેને CB6 અથવા JS016 પણ કહેવાય છે) (13) (આકૃતિ S1B).REGN-COV2 ને તાજેતરમાં COVID-19 (14) માટે કટોકટીના ઉપયોગની અધિકૃતતા આપવામાં આવી હતી, જ્યારે LY-CoV016 હાલમાં તબક્કા 3 ક્લિનિકલ ટ્રાયલ (15)માંથી પસાર થઈ રહ્યું છે.
[Glu406→Trp(E406W)] બે એન્ટિબોડીઝ (આકૃતિ 1A) ના મિશ્રણથી મજબૂત રીતે બચી ગયા.LY-CoV016 ના એસ્કેપ મેપ પણ RBD (આકૃતિ 1B) માં વિવિધ સાઇટ્સ પર ઘણા એસ્કેપ મ્યુટેશન દર્શાવે છે.જોકે કેટલાક એસ્કેપ મ્યુટેશન RBD ની ACE2 સાથે જોડાવા અથવા યોગ્ય રીતે ફોલ્ડ સ્વરૂપમાં વ્યક્ત કરવાની ક્ષમતાને નબળી પાડી શકે છે, યીસ્ટ-પ્રદર્શિત RBD નો ઉપયોગ કરીને ડીપ મ્યુટેશન સ્કેનીંગના અગાઉના માપ અનુસાર, ઘણા કાર્યાત્મક પરિવર્તનની આ કાર્યાત્મક ગુણધર્મો પર ઓછી અથવા કોઈ અસર થતી નથી (7). ) (આકૃતિ 1, A અને B ACE2 એફિનિટીના નુકશાનને દર્શાવે છે, જ્યારે આકૃતિ S2 RBD અભિવ્યક્તિમાં ઘટાડો દર્શાવે છે.
(A) REGN-COV2 માં એન્ટિબોડીનું મેપિંગ.ડાબી બાજુનો લાઇન ગ્રાફ RBD માં દરેક સાઇટ પર એસ્કેપ બતાવે છે (દરેક સાઇટ પર તમામ મ્યુટેશનનો સરવાળો).જમણી બાજુની લોગોની છબી મજબૂત એસ્કેપ સ્થાન (જાંબલી અન્ડરલાઇન) બતાવે છે.દરેક અક્ષરની ઊંચાઈ એમિનો એસિડ મ્યુટેશન દ્વારા મધ્યસ્થી થયેલ એસ્કેપની મજબૂતાઈના પ્રમાણસર છે અને દરેક પરિવર્તન માટે 1 નો "એસ્કેપ સ્કોર" સંપૂર્ણ એસ્કેપને અનુરૂપ છે.દરેક પંક્તિ માટે વાય-અક્ષ સ્કેલ અલગ છે, તેથી, ઉદાહરણ તરીકે, E406W તમામ REGN એન્ટિબોડીઝથી છટકી જાય છે, પરંતુ તે કોકટેલ માટે સૌથી વધુ સ્પષ્ટ છે કારણ કે તે વ્યક્તિગત એન્ટિબોડીઝની અન્ય એસ્કેપ સાઇટ્સથી ભરાઈ જાય છે.સ્કેલેબલ વર્ઝન માટે, S2, A અને B નો ઉપયોગ નકશાને રંગ આપવા માટે થાય છે કે કેવી રીતે પરિવર્તનો ફોલ્ડ કરેલ RBD ની અભિવ્યક્તિને અસર કરે છે.S2, C અને D નો ઉપયોગ ACE2 એફિનિટી અને RBD અભિવ્યક્તિ પરના પ્રભાવને વિતરિત કરવા માટે કરવામાં આવે છે જે વાઈરસ આઇસોલેટ્સમાં ફરતા જોવા મળે છે.(B) (A) માં બતાવ્યા પ્રમાણે, LY-CoV016 દોરો.(C) તટસ્થતાની પરીક્ષામાં મુખ્ય પરિવર્તનોને ચકાસવા માટે સ્પાઇક-સ્યુડોટાઇપ્ડ લેન્ટીવાયરલ કણોનો ઉપયોગ કરો.પરિભ્રમણમાં SARS-CoV-2 આઇસોલેટ્સ (જેમ કે N439K) માં ઉચ્ચ આવર્તન પર વધુ અસર થવાની આગાહી કરવામાં આવે છે અથવા અસ્તિત્વમાં છે તેવા પરિવર્તનોને ચકાસવાનું અમે પસંદ કર્યું છે.દરેક બિંદુ D614G ધરાવતા અનમ્યુટેટેડ વાઇલ્ડ-ટાઇપ (WT) ની ટોચની તુલનામાં પરિવર્તનની મધ્ય અવરોધક સાંદ્રતા (IC50) માં ગણો વધારો દર્શાવે છે.વાદળી ડેશવાળી લાઇન 1 WT જેવી જ તટસ્થતાની અસરનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે, અને મૂલ્ય> 1 વધેલા તટસ્થતા પ્રતિકારનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે.બિંદુનો રંગ સૂચવે છે કે શું તમે નકશામાંથી છટકી જવા માંગો છો.બિંદુઓ સૂચવે છે કે IC50 ઉપયોગમાં લેવાતી મંદન શ્રેણીની બહાર હોવાથી, બહુવિધ ફેરફાર તપાસવામાં આવે છે (ઉપલી અથવા નીચેની મર્યાદા).મોટાભાગના મ્યુટન્ટ્સનું ડુપ્લિકેટમાં પરીક્ષણ કરવામાં આવે છે, તેથી ત્યાં બે બિંદુઓ છે.સંપૂર્ણ તટસ્થતા વળાંક આકૃતિ 2. S3 માં દર્શાવવામાં આવ્યો છે.એમિનો એસિડ અવશેષોના એક-અક્ષર સંક્ષેપ નીચે મુજબ છે: A, Ala;સી, સિસ્ટીન;ડી, એએસપી;ઇ, ગ્લુ;F, Phe;જી, ગ્લાય;એચ, તેના;હું, ઇલે;K, લાયસિન ;એલ, લિયુ;મેટ્રોપોલિસ એન, એસેન;પી, પ્રો;Q, Gln;આર, આર્ગ;એસ, સેર;T, Thr;વી, વૅલ;ડબલ્યુ, ટ્રિપ્ટોફન;અને વાય, ટાયર.
કી મ્યુટેશનની એન્ટિજેનિક અસર ચકાસવા માટે, અમે પેનિકલ સ્યુડોટાઇપ્ડ લેન્ટીવાયરલ કણોનો ઉપયોગ કરીને તટસ્થતાની તપાસ કરી, અને જાણવા મળ્યું કે એન્ટિબોડી બંધનકર્તા એસ્કેપ મેપ અને ન્યુટ્રલાઇઝેશન એસે (આકૃતિ 1C અને આકૃતિ S3) વચ્ચે સુસંગતતા હતી.REGN-COV2 એન્ટિબોડી નકશામાંથી અપેક્ષિત છે, પોઝિશન 486 પરનું પરિવર્તન માત્ર REGN10933 દ્વારા તટસ્થ થાય છે, જ્યારે 439 અને 444 સ્થિતિ પરનું પરિવર્તન માત્ર REGN10987 દ્વારા તટસ્થ થાય છે, તેથી આ પરિવર્તનો છટકી શકતા નથી.પરંતુ E406W બે REGN-COV2 એન્ટિબોડીઝથી છટકી ગયા, તેથી તે મિશ્રણથી પણ મજબૂત રીતે છટકી ગયું.માળખાકીય વિશ્લેષણ અને વાયરસ એસ્કેપ પસંદગી દ્વારા, રેજેનેરોન માને છે કે કોકટેલ (11, 12) માં બે એન્ટિબોડીઝમાંથી કોઈપણ એક એમિનો એસિડ પરિવર્તન છટકી શકતું નથી, પરંતુ અમારો સંપૂર્ણ નકશો E406W ને કોકટેલ એસ્કેપ મ્યુટેશન તરીકે ઓળખે છે.E406W પ્રમાણમાં ચોક્કસ રીતે REGN-COV2 એન્ટિબોડીને અસર કરે છે, અને RBD ના કાર્યમાં ગંભીરતાથી દખલ કરતું નથી, કારણ કે તે LY-CoV016 (આકૃતિ 1C) અને સ્પાઇક સ્યુડોટાઇપ્ડ લેન્ટીવાયરલ કણો (ફિગર) ની તટસ્થતાની અસરને સહેજ ઘટાડે છે. S3F).
એન્ટિબોડી પસંદગી હેઠળ અમારો એસ્કેપ મેપ વાયરસના ઉત્ક્રાંતિ સાથે સુસંગત છે કે કેમ તે શોધવા માટે, અમે પ્રથમ રેજેનેરોન વાયરસ એસ્કેપ પસંદગી પ્રયોગનો ડેટા તપાસ્યો, જેમાં કોઈપણ REGN10933 ધ વેસિક્યુલરની હાજરીમાં કોષ સંસ્કૃતિમાં અભિવ્યક્તિ સ્પાઇક ઉગાડવામાં આવી હતી. stomatitis વાયરસ (VSV), REGN10987 અથવા REGN-COV2 કોકટેલ (12).આ કામ REGN10933 માંથી પાંચ એસ્કેપ મ્યુટેશન, REGN10987 માંથી બે એસ્કેપ મ્યુટેશન અને કોકટેલ (આકૃતિ 2A) થી કોઈ મ્યુટેશન ઓળખી કાઢ્યા.તમામ સાત કોષ સંસ્કૃતિઓ દ્વારા પસંદ કરાયેલ પરિવર્તનો અમારા એસ્કેપ નકશામાં પ્રકાશિત કરવામાં આવ્યા છે, અને વુહાન-હુ-1 આરબીડી ક્રમમાં જંગલી પ્રકારના કોડોનનો સિંગલ-ન્યુક્લિયોટાઇડ ફેરફાર પણ સુલભ છે (આકૃતિ 2B), જે એસ્કેપ કોન્કોર્ડન્સ વચ્ચેનો તફાવત દર્શાવે છે. કોષ સંસ્કૃતિમાં એન્ટિબોડી દબાણ હેઠળ ગ્રાફ અને વાયરસ ઉત્ક્રાંતિ.તે નોંધવું યોગ્ય છે કે E406W એક ન્યુક્લિયોટાઇડ ફેરફારો દ્વારા ઍક્સેસ કરી શકાતું નથી, જે સમજાવી શકે છે કે શા માટે રેજેનેરોન કોકટેલ પસંદગી RBD ફોલ્ડિંગ અને ACE2 એફિનિટીની પ્રમાણમાં સારી સહનશીલતા હોવા છતાં તેને ઓળખી શકતી નથી.
(A) એન્ટિબોડીઝની હાજરીમાં, રેજેનેરોન સેલ કલ્ચરમાં વાયરસ એસ્કેપ મ્યુટેશન પસંદ કરવા માટે પેનિકલ સ્યુડોટાઇપ VSV નો ઉપયોગ કરે છે (12).(B) એસ્કેપ ડાયાગ્રામ, આકૃતિ 1A માં બતાવ્યા પ્રમાણે, પરંતુ માત્ર વુહાન-હુ-1 ક્રમમાં એક ન્યુક્લિયોટાઇડ ફેરફાર દ્વારા સુલભ પરિવર્તનો દર્શાવે છે.બિન-ગ્રે કોષ સંસ્કૃતિ (લાલ), અને ચેપગ્રસ્ત દર્દીઓ (વાદળી) ), અથવા બંને (જાંબલી) માં પરિવર્તન સૂચવે છે.આકૃતિ S5 આ આલેખ બતાવે છે, જે પરિવર્તનો ACE2 એફિનિટી અથવા RBD અભિવ્યક્તિને કેવી રીતે અસર કરે છે તેના આધારે રંગીન છે.(C) ચેપના 145મા દિવસે REGN-COV2 સાથે સારવાર કરાયેલા દર્દીઓમાં RBD પરિવર્તનની ગતિશાસ્ત્ર (બ્લેક ડોટેડ વર્ટિકલ લાઇન).E484A અને F486I વચ્ચેના જોડાણની આવર્તન વધી છે, પરંતુ E484A એ આપણી આકૃતિમાં એસ્કેપ મ્યુટેશન નથી, તેથી તે અન્ય પેનલમાં દર્શાવવામાં આવ્યું નથી.આકૃતિ પણ જુઓ.S4.(D) એસ્કેપ મ્યુટેશન કે જે સેલ કલ્ચર અને ચેપગ્રસ્ત દર્દીઓમાં થાય છે તે એક ન્યુક્લિયોટાઇડ દ્વારા સુલભ છે, અને એસ્કેપ એન્ટિબોડીઝના બંધનથી ACE2 એફિનિટી માટે કોઈ મોટો ખર્ચ થતો નથી [જેમ કે યીસ્ટ ડિસ્પ્લે પદ્ધતિ (7) દ્વારા માપવામાં આવે છે].દરેક બિંદુ એક પરિવર્તન છે, અને તેનો આકાર અને રંગ સૂચવે છે કે શું તે વાયરસના વિકાસ દરમિયાન ઍક્સેસ કરી શકાય છે અને પસંદ કરી શકાય છે.x-અક્ષ પર વધુ જમણી બાજુના બિંદુઓ મજબૂત એન્ટિબોડી બંધનકર્તા એસ્કેપ સૂચવે છે;y-અક્ષ પરના ઉચ્ચ બિંદુઓ ઉચ્ચ ACE2 એફિનિટી દર્શાવે છે.
એસ્કેપ એટલાસ મનુષ્યોને સંક્રમિત કરતા વાયરસના ઉત્ક્રાંતિનું પૃથ્થકરણ કરી શકે છે કે કેમ તે નિર્ધારિત કરવા માટે, અમે કોવિડ-19 સારવાર (16) ના નિદાન પછી 145મા દિવસે REGN-COV2 મેળવનાર સતત ચેપગ્રસ્ત રોગપ્રતિકારક શક્તિ ધરાવતા દર્દીના ઊંડા અનુક્રમ ડેટાની તપાસ કરી.મોડી સારવાર દર્દીની વાયરલ વસ્તીને આનુવંશિક વિવિધતા એકઠા કરવાની મંજૂરી આપે છે, જેમાંથી કેટલાક રોગપ્રતિકારક તાણ દ્વારા પ્રેરિત હોઈ શકે છે, કારણ કે દર્દીને સારવાર પહેલાં નબળા સ્વચાલિત એન્ટિબોડી પ્રતિભાવ હોય છે (16).REGN-COV2 ના વહીવટ પછી, RBD માં પાંચ એમિનો એસિડ પરિવર્તનની આવૃત્તિ ઝડપથી બદલાઈ ગઈ (આકૃતિ 2C અને આકૃતિ S4).અમારો એસ્કેપ મેપ દર્શાવે છે કે આમાંના ત્રણ પરિવર્તન REGN10933 અને એક REGN10987 (આકૃતિ 2B)થી બચી ગયા.તે નોંધવું યોગ્ય છે કે એન્ટિબોડી સારવાર પછી, તમામ પરિવર્તનો નિશ્ચિત સાઇટ પર સ્થાનાંતરિત થયા ન હતા.તેનાથી વિપરીત, સ્પર્ધાનો ઉદય અને પતન છે (આકૃતિ 2C).આ પેટર્ન અન્ય વાયરસ (17, 18) ના અનુકૂલનશીલ યજમાનોની આંતરિક ઉત્ક્રાંતિમાં જોવા મળી છે, જે કદાચ આનુવંશિક ફ્રી-રાઇડિંગ અને વાયરલ વંશ વચ્ચેની સ્પર્ધાને કારણે છે.આ બંને દળો સતત ચેપ (આકૃતિ 2C અને આકૃતિ S4C) ધરાવતા દર્દીઓમાં ભૂમિકા ભજવતા હોય તેવું લાગે છે: E484A (અમારા ડાયાગ્રામમાં એસ્કેપ મ્યુટેશન નથી) અને F486I (એસ્કેપ REGN10933) સારવાર પછી ફ્રી-રાઇડિંગ, અને વાયરસ વંશ N440D વહન કરે છે અને Q493K (અનુક્રમે REGN10987 અને REGN10933થી બચીને) પ્રથમ REGN10933 એસ્કેપ મ્યુટન્ટ Y489H સાથે સ્પર્ધા કરી, અને પછી E484A અને F486I અને Q493K વહન કરતા વંશ સાથે સ્પર્ધા કરી.
REGN-COV2 સાથે સારવાર કરાયેલા દર્દીઓમાં ચારમાંથી ત્રણ એસ્કેપ મ્યુટેશન રેજેનેરોનના વાયરસ સેલ કલ્ચર સિલેક્શન (આકૃતિ 2B)માં ઓળખાયા ન હતા, જે સંપૂર્ણ નકશાના ફાયદાને દર્શાવે છે.વાઈરસની પસંદગી અધૂરી છે કારણ કે તે ચોક્કસ સેલ કલ્ચર પ્રયોગમાં અવ્યવસ્થિત રીતે પસંદ કરાયેલ કોઈપણ પરિવર્તનને જ ઓળખી શકે છે.તેનાથી વિપરિત, સંપૂર્ણ નકશો તમામ પરિવર્તનોની ટીકા કરે છે, જેમાં સારવાર સાથે અસંબંધિત કારણોને લીધે થતા પરિવર્તનનો સમાવેશ થઈ શકે છે, પરંતુ આકસ્મિક રીતે એન્ટિબોડી બંધનને અસર કરે છે.
અલબત્ત, વાયરસના ઉત્ક્રાંતિને કાર્યાત્મક મર્યાદાઓ અને એન્ટિબોડીઝથી બચવાના દબાણથી અસર થાય છે.સેલ કલ્ચરમાં પસંદ કરાયેલા મ્યુટેશન અને દર્દીઓ હંમેશા નીચેના માપદંડોને પૂર્ણ કરે છે: તેઓ એન્ટિબોડી બંધનમાંથી છટકી જાય છે, એક ન્યુક્લિયોટાઇડ ફેરફાર દ્વારા પ્રવેશી શકે છે, અને ACE2 એફિનિટી માટે ઓછો અથવા કોઈ ખર્ચ નથી [ખમીર સ્કેનિંગ માપન RBD (7)નો ઉપયોગ કરીને પ્રદર્શિત અગાઉના ઊંડા પરિવર્તનો દ્વારા )] (આકૃતિ 2D અને આકૃતિ S5).તેથી, આરબીડી (જેમ કે ACE અને એન્ટિબોડી બંધન) ના મુખ્ય બાયોકેમિકલ ફિનોટાઇપ્સને કેવી રીતે પરિવર્તન અસર કરે છે તેનો સંપૂર્ણ નકશો વાયરસ ઉત્ક્રાંતિ માટેના સંભવિત માર્ગોનું મૂલ્યાંકન કરવા માટે ઉપયોગ કરી શકાય છે.એક ચેતવણી એ છે કે લાંબી ઉત્ક્રાંતિ સમયમર્યાદામાં, જેમ કે વાયરલ રોગપ્રતિકારક શક્તિ અને ડ્રગ એસ્કેપમાં જોવા મળે છે, એપિસ્ટેટિક ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને કારણે, પરિવર્તન માટે સહનશીલતાની જગ્યા બદલાઈ શકે છે (19-21).
સંપૂર્ણ નકશો અમને ફરતા SARS-CoV-2 માં હાલના એસ્કેપ મ્યુટેશનનું મૂલ્યાંકન કરવાની મંજૂરી આપે છે.અમે 11 જાન્યુઆરી, 2021 સુધી માનવ-ઉત્પાદિત તમામ ઉપલબ્ધ SARS-CoV-2 સિક્વન્સ તપાસ્યા અને જાણવા મળ્યું કે મોટી સંખ્યામાં RBD મ્યુટેશન એક અથવા વધુ એન્ટિબોડીઝથી બચી ગયા છે (આકૃતિ 3).જો કે, અનુક્રમના 0.1% > માં હાજર એકમાત્ર એસ્કેપ મ્યુટેશન REGN10933 એસ્કેપ મ્યુટન્ટ Y453F [ક્રમના 0.3%;જુઓ (12)], REGN10987 એસ્કેપ મ્યુટન્ટ N439K [ક્રમનો 1.7%;જુઓ આકૃતિ 1C અને (22)], અને LY-CoV016 એસ્કેપ મ્યુટેશન K417N (0.1% ક્રમ; આકૃતિ 1C પણ જુઓ).Y453F નેધરલેન્ડ અને ડેનમાર્ક (23, 24);તે નોંધવું યોગ્ય છે કે મિંક સિક્વન્સમાં ક્યારેક અન્ય એસ્કેપ મ્યુટેશન હોય છે, જેમ કે F486L (24).N439K યુરોપમાં ખૂબ જ લોકપ્રિય છે, અને યુરોપમાં સ્કોટલેન્ડ અને આયર્લેન્ડ (22, 25) ના ક્રમનો મોટો ભાગ બનાવે છે.K417N પ્રથમ દક્ષિણ આફ્રિકામાં શોધાયેલ B.1.351 વંશમાં અસ્તિત્વ ધરાવે છે (10).વર્તમાન ચિંતાનું બીજું પરિવર્તન N501Y છે, જે B.1.351 અને B.1.1.7 વંશમાં પણ છે જે મૂળ યુકેમાં ઓળખાય છે (9).અમારો નકશો દર્શાવે છે કે REGN-COV2 એન્ટિબોડી પર N501Yની કોઈ અસર નથી, પરંતુ માત્ર LY-CoV016 (આકૃતિ 3) પર મધ્યમ અસર છે.
દરેક એન્ટિબોડી અથવા એન્ટિબોડી સંયોજન માટે, 11 જાન્યુઆરી, 2021 સુધીમાં, GISAID (26) પરના 317,866 ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા માનવ-પ્રાપ્ત SARS-CoV-2 સિક્વન્સમાં, દરેક પરિવર્તન અને તેની આવર્તન માટે એસ્કેપ સ્કોર વચ્ચેનો સંબંધ.તે ચિહ્નિત થયેલ છે.REGN-COV2 કોકટેલ એસ્કેપ મ્યુટેશન E406W માટે વુહાન-હુ-1 RBD ક્રમમાં બહુવિધ ન્યુક્લિયોટાઇડ ફેરફારોની જરૂર છે, અને GISAID અનુક્રમમાં જોવામાં આવતું નથી.અવશેષો E406 (E406Q અને E406D) ના અન્ય પરિવર્તનો ઓછી આવર્તન ગણતરી સાથે જોવા મળ્યા હતા, પરંતુ આ મ્યુટન્ટ એમિનો એસિડ ડબ્લ્યુથી દૂર એકલ ન્યુક્લિયોટાઇડ પરિવર્તન નથી.
અપેક્ષા મુજબ, એસ્કેપ મ્યુટેશન સામાન્ય રીતે એન્ટિબોડી-આરબીડી ઇન્ટરફેસમાં થાય છે.જો કે, એકલા માળખું એ આગાહી કરવા માટે પૂરતું નથી કે કયા પરિવર્તન મધ્યસ્થી છટકી જાય છે.ઉદાહરણ તરીકે, LY-CoV016 તેની ભારે અને હળવી સાંકળોનો ઉપયોગ વિશાળ એપિટોપ સાથે જોડવા માટે કરે છે જે ACE2 બંધનકર્તા સપાટીને ઓવરલેપ કરે છે, પરંતુ એસ્કેપ પ્રક્રિયામાં ભારે સાંકળના પૂરકતા નિર્ધારિત પ્રદેશમાં RBD અવશેષોમાં પરિવર્તનનો સમાવેશ થાય છે (આકૃતિ 4A અને આકૃતિ S6, E થી જી).તેનાથી વિપરિત, REGN10933 અને REGN10987 માંથી છટકી મુખ્યત્વે એન્ટિબોડી હેવી અને લાઇટ ચેઇન્સ (આકૃતિ 4A અને આકૃતિ S6, A થી D) ના ઇન્ટરફેસ પર સ્ટેક કરેલા RBD અવશેષો પર જોવા મળે છે.E406W મ્યુટેશન કે જે REGN-COV2 મિશ્રણથી બચી ગયું તે અવશેષો પર થયું જે એન્ટિબોડી (આકૃતિ 4, A અને B) ના સંપર્કમાં ન હતા.E406 માળખાકીય રીતે LY-CoV016 (આકૃતિ 4B અને આકૃતિ S6H) ની નજીક હોવા છતાં, E406W મ્યુટેશન એન્ટિબોડી (આકૃતિ 1, B અને C) પર ઘણી ઓછી અસર કરે છે, જે દર્શાવે છે કે ચોક્કસ લાંબા-અંતરની માળખાકીય પદ્ધતિ REGN વિરોધી છે. - COV2 એન્ટિબોડી (આકૃતિ S6I).સારાંશમાં, એન્ટિબોડીઝના સંપર્કમાં રહેલા RBD અવશેષો પરના પરિવર્તનો હંમેશા એસ્કેપમાં મધ્યસ્થી કરતા નથી, અને કેટલાક નોંધપાત્ર એસ્કેપ મ્યુટેશન એન્ટિબોડીઝના સંપર્કમાં ન હોય તેવા અવશેષો પર થાય છે (આકૃતિ 4B અને આકૃતિ S6, D અને G).
(A) એસ્કેપ ડાયાગ્રામ એન્ટિબોડી દ્વારા બંધાયેલા RBD માળખા પર પ્રક્ષેપિત છે.[REGN10933 અને REGN10987: પ્રોટીન ડેટાબેઝ (PDB) ID 6XDG (11);LY-CoV016: PDB ID 7C01 (13)].એન્ટિબોડીની ભારે અને હળવી સાંકળોના વેરિયેબલ ડોમેન્સ વાદળી કાર્ટૂન તરીકે બતાવવામાં આવે છે, અને RBD ની સપાટી પરનો રંગ આ સ્થળ પર પરિવર્તન-મધ્યસ્થ એસ્કેપની મજબૂતાઈ સૂચવે છે (સફેદ એસ્કેપ નહીં સૂચવે છે, અને લાલ સૌથી મજબૂત સૂચવે છે. એન્ટિબોડી અથવા મિશ્રણની એસ્કેપ સાઇટ).જે સાઇટ્સ વિધેયાત્મક રીતે પરિવર્તિત નથી તે ગ્રે થઈ ગઈ છે.(B) દરેક એન્ટિબોડી માટે, સાઇટને ડાયરેક્ટ એન્ટિબોડી સંપર્ક (એન્ટીબોડીના 4Å ની અંદર નોન-હાઈડ્રોજન અણુ), પ્રોક્સિમલ એન્ટિબોડી (4 થી 8Å) અથવા દૂરવર્તી એન્ટિબોડી (> 8Å) તરીકે વર્ગીકૃત કરો.દરેક બિંદુ એસ્કેપ (લાલ) અથવા નોન-એસ્કેપ (કાળો) માં વિભાજિત સાઇટનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે.ગ્રે ડેશવાળી લાઇન એસ્કેપ અથવા નોન-એસ્કેપ તરીકે સાઇટને વર્ગીકૃત કરવા માટે ઉપયોગમાં લેવાતા નિર્ણાયક મૂલ્યને રજૂ કરે છે (વિગતો માટે, સામગ્રી અને પદ્ધતિઓ જુઓ).લાલ અને કાળા નંબરો દર્શાવે છે કે દરેક કેટેગરીમાં કેટલી સાઇટ્સ એસ્કેપ અથવા અનસ્કેપ્ડ છે.
આ અભ્યાસમાં, અમે ત્રણ મુખ્ય એન્ટિ-સાર્સ-કોવી-2 એન્ટિબોડીઝથી બચતા પરિવર્તનોને સંપૂર્ણપણે મેપ કર્યા છે.આ નકશા સૂચવે છે કે એસ્કેપ મ્યુટેશનની અગાઉની લાક્ષણિકતા અધૂરી છે.REGN-COV2 કોકટેલમાં બે એન્ટિબોડીઝમાંથી છટકી શકે તેવા એક પણ એમિનો એસિડ મ્યુટેશનની ઓળખ કરવામાં આવી નથી, ન તો કોકટેલ સાથે સારવાર કરાયેલા મોટાભાગના સતત ચેપના દર્દીઓની ઓળખ કરવામાં આવી છે.પરિવર્તનઅલબત્ત, અમારા નકશાએ હજી સુધી સૌથી વધુ અઘરા પ્રશ્નનો જવાબ આપ્યો નથી: શું SARS-CoV-2 આ એન્ટિબોડીઝ માટે વ્યાપક પ્રતિકાર વિકસાવશે?પરંતુ જે ચોક્કસ છે તે એ છે કે તે ચિંતાજનક છે કે ઘણા એસ્કેપ મ્યુટેશન RBD ફોલ્ડિંગ અથવા રીસેપ્ટર એફિનિટી પર ઓછી અસર કરે છે, અને ફરતા વાયરસમાં પહેલાથી જ કેટલાક નીચા સ્તરના પરિવર્તનો છે.અંતે, જ્યારે SARS-CoV-2 વસ્તીમાં ફેલાશે ત્યારે તે કયા પરિવર્તનો પ્રસારિત કરશે તેની રાહ જોવી અને અવલોકન કરવું જરૂરી છે.અમારું કાર્ય વાયરલ જીનોમ સર્વેલન્સ દ્વારા વર્ગીકૃત થયેલ પરિવર્તનની અસરને તરત જ સમજાવીને "નિરીક્ષણ" કરવામાં મદદ કરશે.
આ ક્રિએટીવ કોમન્સ એટ્રિબ્યુશન લાયસન્સની શરતો હેઠળ વિતરિત કરાયેલ એક ઓપન એક્સેસ લેખ છે.લેખ કોઈપણ માધ્યમમાં અપ્રતિબંધિત ઉપયોગ, વિતરણ અને પ્રજનનની મંજૂરી આપે છે તે શરત હેઠળ કે મૂળ કાર્ય યોગ્ય રીતે ટાંકવામાં આવે છે.
નોંધ: અમે તમને ફક્ત તમારું ઇમેઇલ સરનામું પ્રદાન કરવા માટે કહીએ છીએ જેથી તમે જે વ્યક્તિને પૃષ્ઠ પર ભલામણ કરો છો તે વ્યક્તિ જાણે કે તમે ઇચ્છો છો કે તેઓ ઇમેઇલ જુએ અને તે સ્પામ નથી.અમે કોઈપણ ઈમેલ એડ્રેસ કેપ્ચર કરીશું નહીં.
આ પ્રશ્નનો ઉપયોગ તમે મુલાકાતી છો કે કેમ તે ચકાસવા અને સ્વચાલિત સ્પામ સબમિશનને રોકવા માટે થાય છે.
ટાયલર એન.સ્ટાર, એલિસન જે.ગ્રેની, અમીન અડેટિયા, વિલિયમ ડબ્લ્યુ. હેનન, મનીષ સી. ચૌધરી (મનીષ સી. ચૌધરી), આદમ એસ. ડીન્જેસ (આદમ એસ.
SARS-CoV-2 મ્યુટેશનનો સંપૂર્ણ નકશો જે રેજેનેરોન મોનોક્લોનલ એન્ટિબોડી મિશ્રણથી બચી જાય છે તે દર્દીઓની સારવારમાં વાયરસના ઉત્ક્રાંતિને સમજાવવામાં મદદ કરે છે.
ટાયલર એન.સ્ટાર, એલિસન જે.ગ્રેની, અમીન અડેટિયા, વિલિયમ ડબ્લ્યુ. હેનન, મનીષ સી. ચૌધરી (મનીષ સી. ચૌધરી), આદમ એસ. ડીન્જેસ (આદમ એસ.
SARS-CoV-2 મ્યુટેશનનો સંપૂર્ણ નકશો જે રેજેનેરોન મોનોક્લોનલ એન્ટિબોડી મિશ્રણથી બચી જાય છે તે દર્દીઓની સારવારમાં વાયરસના ઉત્ક્રાંતિને સમજાવવામાં મદદ કરે છે.
©2021 અમેરિકન એસોસિયેશન ફોર ધ એડવાન્સમેન્ટ ઓફ સાયન્સ.બધા હકો અમારી પાસે રાખેલા છે.AAAS એ HINARI, AGORA, OARE, CHORUS, CLOCKSS, CrossRef અને COUNTER.Science ISSN 1095-9203 ના ભાગીદાર છે.
પોસ્ટ સમય: ફેબ્રુઆરી-24-2021