Plures elementorum iam sunt in usu vel sub progressione sicut therapiae ad curationem COVID-19.Cum cessum novarum variantium gravium syndromorum coronavirus respiratorii acutae 2 (SARS-CoV-2), magni interest praedicere num adhuc anticorporis therapia susceptibilis erit.Starr et al.A fermento bibliotheca adhibita est, quae omnes mutationes in SARS-CoV-2 receptaculo ligaturae dominii tegit quae ligationem hospiti receptoris (ACE2) non valde perturbant, et tabula quomodo hae mutationes tres principales anti-SARS-CoV afficiunt. —2 Antibody binding.Hae figurae mutationes notant quae ligamentum anticorporis effugiunt, inter singulas mutationes quae duo elementorum in Regeneron anticorpore miscentur.Multae mutationes, quae unum anticorpum effugerunt, in hominibus grassantur.
Theraphim elementorum potentiale sunt ad tractationem gravium coronavirus 2 syndrome respiratorii acuti (SARS-CoV-2), sed non liquet virus evadendi periculi enucleare.Hic designamus quomodo omnes mutationes in receptaculo ligaturae SARS-CoV-2 ditionis (RBD) pertinent ligationem REGN-COV2 cocktail ad anticorpum LY-CoV016.Hae tabulae integrae ostenderunt mutationem amino acidorum quae mixtionem REGN-COV2 omnino evaserunt, quae ex duobus elementis REGN10933 et REGN10987 componitur, quae epitopas structurales diversae oppugnant.Hae figurae etiam mutationes virus identify selectae in aegris cum REGN-COV2 assidue tractatis et in vitro virus effugium delectu.Denique hae figurae ostendunt mutationes, quae unum anticorpum effugiunt, iam adesse in modis SARS-CoV-2 circuendis.Hae tabulae plenae effugii possunt consectaria mutationum in observatione virus observatarum explicare.
Syndrome coronavirus gravium elementorum 2 (SARS-CoV-II) tractat gravia respiratoriae acutae (SARS-CoV-2) (1).Anticorporia contra quaedam alia virus inefficaces reddi possunt per mutationem virium in curatione aegrorum infectis (2, 3) vel viralium mutationum quae globaliter dilataverunt ad resistentiam totius virus cladis.Ideo determinans quae mutationes SARS-CoV-2 mutationes clavis elementorum evadere possunt, criticum est aestimare quomodo mutationes in observatione virus observatae efficaciam therapiae anticorporis afficiunt.
Praecipuae anti-SARS-CoV-2 elementorum receptaculum viralem ligamen domicilii (RBD) oppugnant, quae mediat ligamen ad angiotensin enzyme 2 (ACE2) receptorem (5, 6).Nuper perscrutando methodum altam mutationem enucleavimus ad describendam quomodo omnes RBD mutationes munus suum ac recognitionem ab antiviralibus elementis afficiunt (7, 8).Methodus bibliothecam RBD mutantium creandi involvit, eas in superficie fermenti exprimens, ac fluorescentiam actuosam cellulam sorting et profundam sequendi ad quantitare quomodo quaeque mutatio RBD plicatilis, ACE2 affinitas (metiri in serie titratione) et ligamen anticorpus afficit. (Figura S1A).In hoc studio usi sumus bibliothecam mutantium repetitam in descripto (7), quae composita est ex variantibus barcoded RBD, 3804 ex 3819 mutationum acidorum amino possibilium obtegens.Nostra bibliotheca praeparata est e RBD genetico background Wuhan-Hu-I priscorum segregatorum.Etsi frequentia plurium mutantium increscit, tamen sequentia RBD frequentissima repraesentant (9, 10).Duos ex 2034 mutationum quae RBD plicatilem et ACE ligaturam non valde perturbant (7) quomodo transire cocktail REGN-COV2 (REGN10933 et REGN10987) (11, 12) et Eli Lilly LY-CoV016 De forma recombinantis anticorpus modum ligandi anticorpus afficit (etiam CB6 vel JS016) (13) (Figura S1B).REGN-COV2 nuper data est utilitas subitis auctoritatis pro COVID-19 (14), dum LY-CoV016 nunc tempus subit 3 tentationes clinicae (15).
[Glu406 →Trp(E406W)] Commixtio duarum elementorum valde effugit (Figura 1A).Tabula geographica LY-CoV016 evadendi etiam multae mutationes evaserunt in diversis locis in RBD (Figura 1B).Etsi mutationum effugiorum aliquae facultatem RBD ligandi ad ACE2 adstringendi vel exprimendi formam apte complicatam minuere possunt, iuxta mensuras altae mutationis perspicientes utens fermento exhibito RBD, multae mutationes functiones parum vel nihil valent in his proprietatibus functionis (7 ) (Figura 1 , A et B affinitatis amissionem repraesentant ACE2 , dum figura S2 significat diminutionem expressionis RBD.
(a) Mapping anticorpus in REGN-COV2.Linea graphi sinistrae ostendit exitum in quovis loco RBD (summa omnium mutationum in unoquoque loco).Logo imago in dextera ostendit locum fortem effugium (purpura underline).Altitudo uniuscuiusque litterae proportionalis est fortitudini effugii mediatae mutationis amino acido, et "sccore evasionis" 1 uniuscuiusque mutationis respondet plenae evasioni.Scala y-axis pro quolibet ordine differt, sic, exempli gratia, E406W omnia REGN elementorum fugit, sed maxime patet cocktails quia obruitur aliis locis singularum elementorum evadendi.Nam versio scalabilis, S2, A, B, mappam colorare solent, quomodo mutationes expressionem RBD complicatam afficiunt.S2, C, D distribuere influentiam affinitatis ACE2 et RBD inter omnes mutationes quae observatae in circulatione virium separatarum sunt.(b) Ut patet in (A), duc LY-CoV016.(C) Spiculae pseudotypatae lentiviralis particulis utere ad comprobandas mutationes clavis neutralizationis.Mutationes cognoscere voluimus quae praedictae maiorem ictum habere vel existere in alta frequentia in SARS-CoV-2 isolatis (ut N439K) in circulatione existunt.Quodlibet punctum repraesentat ovile incrementum intentionis medianae inhibitoriae (IC50) mutationis relativae ad apicem inmutatae generis silvestrium (WT) continens D614G.In linea caerulea illata 1 repraesentat neutralizationis effectum similem WT, et valorem > 1 resistentiam neutralization auctam repraesentat.Color punctationis indicat num e charta effugere vis.Punctis indicant cum IC50 extra seriem dilutionis adhibitam esse, multiplex mutatio inhibetur (terminum superior vel inferior).Plerique mutantes in duplicata probantur, ergo duo puncta sunt.Plenam neutralisationi curvae figuram exhibet 2. S3.Litterae sigla amino residua acidi sunt haec: A, Ala;C, Cysteine;D, Asp;E, Glu;F, Phe;G, Gly;H, his;ego, Ile;K, lysine ;L, Liu;Pelagius N, Assen;P, Pro;Q, Gln;R, Arg;S, Ser;T, Thr;V, Val;W, tryptophan;et Y, Tyr.
Ad comprobandum antigenicum effectum mutationum clavorum, neutralizationem perfecerimus utentes particulis lentivirum panicula pseudotypeda, et reperimus constantiam esse inter anticorporum ligamen tabulae effugium et incassum neutralization (Figura 1C et figurae S3).Sicut expectatur ex tabula anticorpore REGN-COV2, mutatio positionis 486 tantum est neutralista per REGN10933, mutatio autem positionum 439 et 444 per REGN10987 tantum neutralis, ita hae mutationes effugere non possunt.Sed E406W duarum REGN-COV2 elementorum evasit, unde etiam mixturam fortiter effugit.Per analysim structuralem et virum delectu effugium, Regeneron credit nullum amino acidi mutationem unum posse effugere duorum elementorum in cocktail (11, 12), sed tabula nostra integralis E406W designat sicut in cocktail mutationis effugium.E406W REGN-COV2 anticorpum modo relative specifice afficit, nec serio impedit functionem RBD, quia leviter diminuit effectum neutralizationis LY-CoV016 (Figura 1C) et titer spiculatorum particularum lentiviralium pseudotypedum (Figura S3F).
Ad explorandum num tabula effugia nostra consentaneum sit cum evolutione virus sub electione anticorpi, primum notata Regeneron virus effugium experimentorum delectu deprimimus, in quo clavum elocutionis in cultura cellularum coram aliquo REGN10933 inveteratum est. virus stomatitis (VSV), REGN10987 or REGN-COV2 cocktail (12).Hoc opus quinque mutationes ab REGN10933 notavit, duas mutationes ab REGN10987 effugit, et nullas mutationes a cocktail (Figura 2A).Mutationes ab omnibus septem culturarum cellularum delectis in tabula effugii illustrantur, et una-nucleotide mutationi generis codonis in Wuhan-Hu-1 RBD pervia est, sequentia quoque pervia est (Figura 2B), indicans differentiam inter fugit Concordantia. graph et virus evolutionis sub pressione anticorpi in cultura cellularum.Notatu dignum est E406W singulis mutationibus nucleotide accessi non posse, quod explicare potest cur electio Cocktail Regeneron agnoscere non possit, quamvis bonam tolerantiam relativam RBD plicatilis et ACE2 affinitatis agnoscat.
(A) Coram elementorum Regeneron utitur panicula pseudotypo VSV ad eligendum virus effugium mutationum in cultura cellularum (12).(B) Tabulae effugium, ut in Figura 1A ostensum est, tantum ostendit mutationes nucleotide in Wuhan-Hu-1 seriei mutationis pervias.Non griseus indicat mutationes in cultura cellularum (rubrum), et aegris infectis (hyacinthinis) , vel utraque (purpura).Figura S5 demonstrat has graphes, quae coloratae sunt quomodo mutationes affinitatis ACE2 vel RBD expressionem afficiunt.(C) De motu RBD in aegris cum REGN-COV2 tractatis, die 145 infectio (linea verticalis nigra).Frequentia nexus inter E484A et F486I augetur, sed cum E484A mutationem figurae nostrae non effugiat, in aliis tabulis non ostenditur.Vide etiam figuram.S4.(D) Mutationes quae in cellis culturae occurrunt et aegros infectis uno nucleotide pervias sunt, et ligamen evitandi elementorum ACE2 affinitatis non causat ullum maiorem inpendium [secundum fermenti modum proponere (7)].Unicuique rei mutatio est, eiusque figura et color num in incremento virus accessi et delecti possunt.Plura puncta dextrae in x-axis indicant fortius anticorpus ligamen effugium;puncta superiora in y-axis affinitatem altiorem ACE2 indicant.
Ut discerneret an Evadere Atlas possit evolutionem virus inficientium hominibus resolvere, perscrutati sumus altam sequelam notitiarum ex patiente immuno infectis continenter infectis, qui die 145 post diagnosis COVID-XIX tractationis receptae sunt.Nuper curationem virilem aegri permittit ut geneticam diversitatem cumulare, quarum quaedam immunis vis impelli potest, quia infirmus autoneutralizing anticorpus responsum ante curationem aeger est (16).Post administrationem REGN-COV2, frequentia quinque mutationum acidorum amino in RBD celeriter mutata est (Figura 2C et Figura S4).Tabula nostra effugium ostendit tres harum mutationum REGN10933 fugit et unus REGN10987 evasit (Figura 2B).Notatu dignum est post curationem anticorpi, non omnes mutationes in certum locum transferri.Contra, certaminis ortum et casum (Figura 2C).Hoc exemplar observatum est in evolutione interna hospitum adaptivorum aliorum virus (17, 18), forte ob certationem inter liberorum equitationem et stirpes virales.Utraeque copiae partes patientibus assidua contagione agere videntur (Figura 2C et figurae S4C): E484A (non effugium mutationem in schemate nostro) et F486I (effugium REGN10933) liberum vehemens post curationem, et virus generationum N440D portantium. Q493K (elapsus REGN10987 et REGN10933, respective) primum certavit cum REGN10933 effugium mutant Y489H, et deinde certatum est cum genere portante E484A et F486I et Q493K.
Tres ex quattuor effugiis mutationum aegrorum cum REGN-COV2 tractatorum non notae sunt in Regeneron viro cellae culturae delectu (Figura 2B), quae utilitatem tabulae integrae illustrat.Viris selectio incompleta est, quia nonnisi quaslibet mutationes passim selectas agnoscere possunt in experimento culturae cellae particularis.Sed contra, tota tabula annotat omnes mutationes, quae includere possunt mutationes per rationes ad curationem non relatas, sed per accidens afficiunt obligationem anticorpi.
Utique, virus evolutionis afficitur limitationibus et pressionibus functionibus ad vitandum elementorum.Mutationes et aegrorum in culturam cellularum selectarum semper sequuntur normas: anticorpus ligamen evadunt, per unicam mutationem nucleotidem ingredi possunt, ac parum vel sine damno affinitatis ACE2 habent [per priores mutationes altas adhibitis fermento ENARRATIO mensurae RBD (7 )] (Figura 2D et figurae S5).Propterea tabula completa quomodo mutationum clavem biochemicalem phaenotyporum RBD afficiunt (qualis est ACE et ligamentum anticorporum) adhiberi potest ad aestimandas vias possibilis ad evolutionem virus.Cavendum est ut in longiore evolutionis temporis compage, ut in immunitate et medicamento virali effugium observatum, ob interationes epistaticas, tolerantia spatium mutationum variari possit (19-21).
Tabula integra nobis permittit aestimare mutationum effugium existentium in SARS-CoV-circulationibus.Compressimus omnes paginas humanarum SARS-CoV-2 sequentium sicut ante diem 11 mensis Ianuarii anno 2021 repressimus et invenimus ingentem numerum mutationum RBD elementorum vel plurium evasisse (Figura III).Nihilominus, solus mutationis effugii praesentis in >0.1% sequentis est REGN10933 effugium mutant Y453F [0.3% sequentis;see (12)], REGN10987 effugium mutant N439K [1.7% sequentis;vide Figura 1C & (22)], Et LY-CoV016 mutationem effugiunt K417N (0.1% sequentiam; vide etiam Figura 1C).Y453F coniungitur cum seditionibus independentibus ad praedia creditis in Belgio et Dania pertinentibus (23, 24);Notatu dignum est quod ipsa consequentia credita interdum alias continet mutationum effugia, ut F486L (24).N439K valde popularis in Europa est, et magnam partem sequentiarum e Scotia et Hibernia in Europa constituit (22, 25).K417N exstat in B.1.351 prosapia primum reperta in Africa Australi (X).Alia mutatio sollicitudinis hodiernae est N501Y, quae adest in B.1.351 et etiam in B.1.1.7 prosapia in UK originis notata (9).Tabula nostra ostendit N501Y nullum effectum habere in anticorpore REGN-COV2, sed moderatum effectum in LY-CoV016 (Figura 3).
Pro unoquoque anticorpore vel anticorpore compositione, ut 11 ianuarii 2021, inter 317.866 qualitatem humanam derivatam SARS-CoV-2 sequentiarum in GISAID (26), relatio inter fugam score pro unaquaque mutatione et eius frequentia.Signatur.REGN-COV2 cocktail mutationis E406W effugium requirit multiplices mutationes nucleotidis in serie Wuhan-Hu-1 RBD, nec in serie GISAID observatur.Aliae mutationes residuorum E406 (E406Q et E406D) frequentia numeratione minore observatae sunt, at hae amino acida mutant non sunt mutationes nucleotide singulae longe ab W.
Ut expectatur, mutationes evadere plerumque in antibody-RBD interface occurrunt.Sed sola structura non sufficit praedicere quae mutationes mediatae evadant.Exempli gratia, LY-CoV016 suis catenis gravibus et levibus utitur ligandis ad epitopam latam, quae ACE2 superficiem ligantem trahit, sed processus evasionis implicat mutationes in RBD residuo in gravi catena regionis determinantis complementarium (Figura 4A et Figura S6, E ad G).E contra e REGN10933 et REGN10987 evasit maxime in RBD reliquiis reclinatis interfacies anticorporum catenis gravibus et levibus (Figura 4A et figurae S6, A ad D).Mutatio E406W quae evasit mixturam REGN-COV2 in residuo facta est quae in contactu cum aut anticorpore non erant (Figura 4, A et B).Etsi E406 structurae propius ad LY-CoV016 (Figura 4B et Figura S6H), mutatio E406W multo minorem effectum habet in anticorpore (Figura I, B et C), significans structurae mechanismi longi specificae anti-REGN. — COV2 anticorpus (Figura S6I).In summa, mutationes in RBD reliquiarum contactu cum elementis mediae non semper evadunt, et aliquae mutationes notabiles evadunt in residuo non in contactu cum elementis (Figura 4B et Figura S6, D, G).
(A) Tabulae effugium in RBD structurae ab anticorpore ligatum proiectum.REGN10933 and REGN10987: interdum Database (PDB) ID 6XDG (11);LY-CoV016: PDB ID 7C01 (13)].Variae regiones gravium et levium catenularum anticorporis ut caeruleae cartoons ostenduntur, et color in superficie RBD significat vim evasionis mutationis mediatae in hoc situ (album nullum effugium indicat, et rubra fortissimum indicat. effugium antibody vel mixtum).Situs qui non officiatorie mutatur, grayed sunt.(B) Pro unoquoque anticorpore, situm ut directum contactus anticorporis (Atomis non hydrogenis intra 4Å anticorporis) indicatur, anticorporis proximalis (4 ad 8Å) vel anticorporis superne (> 8Å).Singula puncta situm repraesentat, in effugium (rubrum) vel in non-fugium distinctum.Linea grisea inlisa significat valorem criticum ad indicandum locum ut effugium vel non-effugium (per singula, vide Materias et Methodus).Numeri rubri et nigri indicant quot sites in singulis categoriis evaserint vel non sint.
In hoc studio, mutationes omnino praescripsimus quae tres anti-SARS-CoV-2 elementorum maiores subterfugerunt.Hae tabulae indicant priorem characterizationem fugae mutationum imperfectam esse.Neque singulae mutationes amino acidorum quae duo elementorum in REGN-COV2 cocktail effugere possunt, notatae sunt, neque plures aegros cum cocktail contagionis persistentes curaverunt.mutationem.Utique, tabula nostra nondum pressissima quaestioni respondit: Num SARS-CoV-2 his elementis resistentiam late explicabit?Sed certum est, quod tot mutationum effugia sollicito parum proficiunt in RBD plicatili seu receptore affinitate, et jam sunt aliquae mutationes humili graduum in virus circulationem.Ad extremum, opperiri necesse est et observare quas mutationes SARS-CoV-2 transmittat, cum in multitudinem diffunditur.Opus nostrum "observationem" adiuvabit statim explicando ictum mutationum ab custodia viralis genome viralis indicatur.
Hic aditus apertus est articulus distributus sub terminis License Attributions Creative Commons.Articulus admittit usum liberum, distributionem et reproductionem in aliquo medio sub conditione, quod proprie citatur opus originale.
Nota: Tantum rogamus te ut inscriptionem electronicam tuam cures ut homo, quem paginae commendas, cognoscat te velle videre inscriptionem et illam non esse spam.Inscriptionem electronicam nullam capiemus.
Haec quaestio probabat num es peregrinus et ne latis spam submissionem.
Tyler N.Starr, Allison J.Greaney, Amin Addetia, William W. Hannon, Manish C. Choudhary (Manish C. Choudhary), Adam S. Dinges (Adam S.
Tota tabula mutationum SARS-CoV-2 quae Regeneron monoclonalis anticorpus effugerunt mixtura adiuvat explicandum evolutionem viri in aegris tractandis.
Tyler N.Starr, Allison J.Greaney, Amin Addetia, William W. Hannon, Manish C. Choudhary (Manish C. Choudhary), Adam S. Dinges (Adam S.
Tota tabula mutationum SARS-CoV-2 quae Regeneron monoclonalis anticorpus effugerunt mixtura adiuvat explicandum evolutionem viri in aegris tractandis.
©2021 American Associationis ad profectum Scientiae.omnia iura reservata.AAAS socius HINARI, AGORA, OARE, CHORUS, CLOCKSS, CrossRef et COUNTER.Science ISSN 1095-9203.
Post tempus: Feb-24-2021