धेरै एन्टिबडीहरू पहिले नै प्रयोगमा छन् वा COVID-19 को उपचारको लागि उपचारको रूपमा विकास भइरहेको छ।गम्भीर एक्युट रेस्पिरेटरी सिन्ड्रोम कोरोनाभाइरस २ (SARS-CoV-2) को नयाँ भेरियन्टहरूको उदयसँगै, तिनीहरू अझै एन्टिबडी थेरापीको लागि संवेदनशील हुनेछन् कि भनेर भविष्यवाणी गर्न महत्त्वपूर्ण छ।Starr et al।एउटा खमीर पुस्तकालय प्रयोग गरिएको थियो, जसले SARS-CoV-2 रिसेप्टर बाइन्डिङ डोमेनमा भएका सबै म्युटेसनहरूलाई समेट्छ जसले होस्ट रिसेप्टर (ACE2) लाई बाइन्डिङलाई कडा रूपमा बाधा पुर्याउँदैन, र यी उत्परिवर्तनहरूले तीनवटा मुख्य विरोधी SARS-CoV लाई कसरी असर गर्छ भन्ने नक्सा बनाउँछ। -2 एन्टिबडी बाध्यकारी।यी तथ्याङ्कहरूले एन्टिबडी बाइन्डिङबाट बच्ने उत्परिवर्तनहरू पहिचान गर्दछ, एकल उत्परिवर्तनहरू जुन रेजेनेरोन एन्टिबडी मिक्समा दुई एन्टिबडीहरूबाट बच्छन्।एउटै एन्टिबडीबाट बच्ने धेरै उत्परिवर्तनहरू मानवमा फैलिरहेका छन्।
एन्टिबडीहरू गम्भीर तीव्र श्वसन सिन्ड्रोम कोरोनाभाइरस 2 (SARS-CoV-2) को उपचारको लागि सम्भावित थेरापी हो, तर यो स्पष्ट छैन कि भाइरस तिनीहरूको जोखिमबाट बच्नको लागि विकसित हुन्छ।यहाँ, हामीले SARS-CoV-2 रिसेप्टर बाइन्डिङ डोमेन (RBD) मा भएका सबै म्युटेसनहरूले REGN-COV2 ककटेललाई एन्टिबडी LY-CoV016 लाई कसरी असर गर्छ भनेर नक्सा गर्छौं।यी पूर्ण नक्साहरूले एक एमिनो एसिड उत्परिवर्तन प्रकट गर्यो जसले REGN-COV2 मिश्रणलाई पूर्ण रूपमा बेवास्ता गर्यो, जुन दुई एन्टिबडीहरू REGN10933 र REGN10987 मिलेर बनेको छ जसले विभिन्न संरचनात्मक एपिटोपहरूलाई लक्षित गर्दछ।यी तथ्याङ्कहरूले REGN-COV2 सँग उपचार गरिएका र भिट्रो भाइरस एस्केप चयनको क्रममा लगातार संक्रमित बिरामीहरूमा चयन गरिएका भाइरस उत्परिवर्तनहरू पनि पहिचान गर्छन्।अन्तमा, यी तथ्याङ्कहरूले प्रकट गर्दछ कि एकल एन्टिबडीबाट बच्ने उत्परिवर्तनहरू SARS-CoV-2 स्ट्रेनहरू परिसंचरणमा पहिले नै अवस्थित छन्।यी पूर्ण एस्केप नक्साहरूले भाइरस निगरानीको क्रममा देखिएका उत्परिवर्तनका नतिजाहरू व्याख्या गर्न सक्छन्।
गम्भीर तीव्र श्वसन सिन्ड्रोम कोरोनाभाइरस 2 (SARS-CoV-2) (1) को उपचार गर्न एन्टिबडीहरू विकास भइरहेको छ।केही अन्य भाइरसहरू विरुद्ध एन्टिबडीहरू संक्रमित बिरामीहरूको उपचारको क्रममा चयन गरिएका भाइरस उत्परिवर्तनहरू वा सम्पूर्ण भाइरस क्लेडलाई प्रतिरोध प्रदान गर्न विश्वव्यापी रूपमा फैलिएको भाइरल उत्परिवर्तनद्वारा प्रभावहीन हुन सक्छ।तसर्थ, कुन SARS-CoV-2 उत्परिवर्तनहरू मुख्य एन्टिबडीहरूबाट बच्न सक्छन् भनेर निर्धारण गर्नु महत्त्वपूर्ण छ कि कसरी भाइरस निगरानीको क्रममा अवलोकन गरिएका उत्परिवर्तनहरूले एन्टिबडी थेरापीको प्रभावकारितालाई असर गर्छ।
सबैभन्दा अग्रणी एन्टी-SARS-CoV-2 एन्टिबडीहरूले भाइरल रिसेप्टर बाइन्डिङ डोमेन (RBD) लाई लक्षित गर्दछ, जसले एन्जियोटेन्सिन कन्वर्टिङ इन्जाइम 2 (ACE2) रिसेप्टर (5, 6) लाई बाइन्डिङ मध्यस्थता गर्छ।भर्खरै, हामीले RBD को सबै उत्परिवर्तनहरूले यसको कार्य र एन्टिभाइरल एन्टिबडीहरू द्वारा पहिचानलाई कसरी असर गर्छ भनेर नक्सा गर्न गहिरो उत्परिवर्तन स्क्यानिङ विधि विकास गरेका छौं (7, 8)।विधिमा RBD म्युटेन्टहरूको पुस्तकालय सिर्जना गर्ने, तिनीहरूलाई खमीरको सतहमा अभिव्यक्त गर्ने, र प्रत्येक उत्परिवर्तनले RBD फोल्डिङ, ACE2 आत्मीयता (टाइट्रेसन शृङ्खलामा नापिएको) र एन्टिबडी बाइन्डिङलाई कसरी असर गर्छ भनेर मापन गर्न फ्लोरोसेन्स-सक्रिय सेल क्रमबद्ध र गहिरो अनुक्रम प्रयोग गर्ने समावेश छ। (चित्र S1A)।यस अध्ययनमा, हामीले (7) मा वर्णन गरिएको दोहोरिने उत्परिवर्ती पुस्तकालय प्रयोग गर्यौं, जुन बारकोड गरिएको RBD भेरियन्टहरू मिलेर बनेको छ, 3819 सम्भावित एमिनो एसिड उत्परिवर्तनहरू मध्ये 3804 लाई कभर गर्दछ।हाम्रो पुस्तकालय प्रारम्भिक पृथक वुहान-हु-१ को आरबीडी आनुवंशिक पृष्ठभूमिबाट तयार गरिएको थियो।यद्यपि धेरै उत्परिवर्तीहरूको आवृत्ति बढ्दै गएको छ, तिनीहरू अझै पनि सबैभन्दा सामान्य RBD अनुक्रमहरू प्रतिनिधित्व गर्छन् (9, 10)।हामीले 2034 को दुईवटा उत्परिवर्तनहरू कोरेका छौं जसले RBD फोल्डिङ र ACE बाइन्डिङलाई कडा रूपमा बाधा पुर्याउँदैन (7) REGN-COV2 ककटेल (REGN10933 र REGN10987) (11, 12) र Eli Lilly को LY-CoV016 को पुन: संयोजक रूप। एन्टिबडीले एन्टिबडी बाइन्डिङ गर्ने विधिलाई असर गर्छ (जसलाई CB6 वा JS016 पनि भनिन्छ) (13) (चित्र S1B)।REGN-COV2 लाई भर्खरै COVID-19 (14) को लागि आपतकालीन प्रयोग प्राधिकरण प्रदान गरिएको थियो, जबकि LY-CoV016 हाल चरण 3 क्लिनिकल परीक्षणहरू (15) मा भइरहेको छ।
[Glu406→Trp(E406W)] दुई एन्टिबडीहरू (चित्र 1A) को मिश्रणबाट बलियो रूपमा बच्यो।LY-CoV016 को एस्केप नक्साले RBD (चित्र 1B) मा विभिन्न साइटहरूमा धेरै एस्केप उत्परिवर्तनहरू पनि प्रकट गरेको छ।यद्यपि केही एस्केप उत्परिवर्तनहरूले RBD को ACE2 मा बाँध्न वा उचित रूपमा फोल्ड गरिएको रूपमा व्यक्त गर्न सक्ने क्षमतालाई कमजोर पार्न सक्छ, खमीर-प्रदर्शित RBD प्रयोग गरेर गहिरो उत्परिवर्तन स्क्यानिङको अघिल्लो मापन अनुसार, धेरै कार्यात्मक उत्परिवर्तनहरूले यी कार्यात्मक गुणहरूमा कम वा कुनै प्रभाव पार्दैन। ) (चित्र 1, A र B ले ACE2 आत्मीयताको हानिलाई प्रतिनिधित्व गर्दछ, जबकि चित्र S2 ले RBD अभिव्यक्तिमा कमीलाई प्रतिनिधित्व गर्दछ।
(A) REGN-COV2 मा एन्टिबडी म्यापिङ।बायाँको रेखा ग्राफले RBD मा प्रत्येक साइटमा एस्केप देखाउँछ (प्रत्येक साइटमा सबै उत्परिवर्तनहरूको योग)।दायाँमा रहेको लोगो छविले बलियो एस्केप स्थान (बैजनी अन्डरलाइन) देखाउँछ।प्रत्येक अक्षरको उचाइ एमिनो एसिड उत्परिवर्तनद्वारा मध्यस्थता गरिएको एस्केपको बलसँग समानुपातिक हुन्छ, र प्रत्येक उत्परिवर्तनको लागि 1 को "एस्केप स्कोर" पूर्ण भागसँग मेल खान्छ।y-अक्ष स्केल प्रत्येक पङ्क्तिको लागि फरक छ, त्यसैले, उदाहरणका लागि, E406W सबै REGN एन्टिबडीहरूबाट भाग्छ, तर यो ककटेलहरूको लागि सबैभन्दा स्पष्ट छ किनभने यो व्यक्तिगत एन्टिबडीहरूको अन्य एस्केप साइटहरू द्वारा अभिभूत हुन्छ।स्केलेबल संस्करणको लागि, S2, A र B, म्युटेशनहरूले फोल्ड गरिएको RBD को अभिव्यक्तिलाई कसरी असर गर्छ भनेर नक्सालाई रंग दिन प्रयोग गरिन्छ।S2, C र D ACE2 आत्मीयता र RBD अभिव्यक्तिमा प्रभाव वितरण गर्न प्रयोग गरिन्छ सबै उत्परिवर्तनहरू बीचको परिसंचरण भाइरस अलगावहरूमा अवलोकन गरिन्छ।(B) (A) मा देखाइए अनुसार, LY-CoV016 कोर्नुहोस्।(C) तटस्थीकरण परखमा मुख्य उत्परिवर्तनहरू प्रमाणित गर्न स्पाइक-स्यूडोटाइप गरिएको लेन्टीभाइरल कणहरू प्रयोग गर्नुहोस्।हामीले परिसंचरणमा SARS-CoV-2 आइसोलेट्स (जस्तै N439K) मा उच्च आवृत्तिमा बढी प्रभाव पार्ने वा अवस्थित उत्परिवर्तनहरू प्रमाणित गर्न छनौट गरेका छौं।प्रत्येक बिन्दुले D614G युक्त अनम्युटेड वाइल्ड-प्रकार (WT) को शिखरको सापेक्ष उत्परिवर्तनको मध्य अवरोधक एकाग्रता (IC50) को गुणा वृद्धि प्रतिनिधित्व गर्दछ।निलो ड्यास गरिएको रेखा 1 ले WT जस्तै एक तटस्थीकरण प्रभाव प्रतिनिधित्व गर्दछ, र मान> 1 ले बढेको तटस्थीकरण प्रतिरोध प्रतिनिधित्व गर्दछ।डटको रङले संकेत गर्छ कि तपाईं नक्साबाट उम्कन चाहनुहुन्छ।बिन्दुहरूले संकेत गर्दछ कि IC50 प्रयोग गरिएको कमजोरी श्रृंखला बाहिर भएकोले, बहु परिवर्तन जाँच गरिएको छ (माथि वा तल्लो सीमा)।धेरै म्युटेन्टहरू नक्कलमा परीक्षण गरिन्छ, त्यसैले त्यहाँ दुई अंकहरू छन्।पूर्ण तटस्थीकरण वक्र चित्र 2. S3 मा देखाइएको छ।एमिनो एसिड अवशेषहरूको एक-अक्षर संक्षिप्त रूपहरू निम्नानुसार छन्: A, Ala;सी, सिस्टीन;D, Asp;ई, ग्लु;F, Phe;G, Gly;H, his;I, Ile;के, लाइसिन;एल, लिउ;मेट्रोपोलिस एन, एसेन;पी, प्रो;Q, Gln;R, Arg;S, Ser;T, Thr;V, Val;W, ट्रिप्टोफान;र वाई, टायर।
कुञ्जी उत्परिवर्तनको एन्टिजेनिक प्रभाव प्रमाणित गर्नको लागि, हामीले प्यानिकल स्यूडोटाइप गरिएको लेन्टीभाइरल कणहरू प्रयोग गरेर एक तटस्थीकरण परख प्रदर्शन गर्यौं, र पत्ता लगायौं कि एन्टिबडी बाइन्डिंग एस्केप नक्सा र तटस्थीकरण परख (चित्र 1C र चित्र S3) बीच एक स्थिरता थियो।REGN-COV2 एन्टिबडी नक्शाबाट अपेक्षित रूपमा, स्थिति 486 मा उत्परिवर्तन REGN10933 द्वारा मात्र तटस्थ हुन्छ, जबकि स्थिति 439 र 444 मा उत्परिवर्तन REGN10987 द्वारा मात्र तटस्थ हुन्छ, त्यसैले यी उत्परिवर्तनहरू भाग्न सक्दैनन्।तर E406W दुई REGN-COV2 एन्टिबडीहरूबाट बच्यो, त्यसैले यो पनि मिश्रणबाट कडा रूपमा बच्यो।संरचनात्मक विश्लेषण र भाइरस एस्केप चयनको माध्यमबाट, रेजेनेरोन विश्वास गर्दछ कि कुनै एकल एमिनो एसिड उत्परिवर्तनले ककटेल (11, 12) मा दुई एन्टिबडीहरूबाट बच्न सक्दैन, तर हाम्रो पूर्ण नक्साले E406W लाई ककटेल एस्केप उत्परिवर्तनको रूपमा पहिचान गर्दछ।E406W ले REGN-COV2 एन्टिबडीलाई अपेक्षाकृत विशिष्ट तरिकाले असर गर्छ, र RBD को कार्यमा गम्भीर रूपमा हस्तक्षेप गर्दैन, किनभने यसले LY-CoV016 (चित्र 1C) र स्पाइक्ड स्यूडोटाइप गरिएको लेन्टीभाइरल कणहरूको टाइटरको तटस्थीकरण प्रभावलाई थोरै मात्र कम गर्छ। S3F)।
हाम्रो एस्केप नक्सा एन्टिबडी चयन अन्तर्गत भाइरसहरूको विकाससँग मेल खान्छ कि छैन भनेर पत्ता लगाउनको लागि, हामीले पहिले रेजेनेरोन भाइरस एस्केप चयन प्रयोगको डेटा जाँच गर्यौं, जसमा अभिव्यक्ति स्पाइक सेल संस्कृतिमा कुनै पनि REGN10933 को उपस्थितिमा बढेको थियो। स्टोमाटाइटिस भाइरस (VSV), REGN10987 वा REGN-COV2 ककटेल (12)।यस कार्यले REGN10933 बाट पाँच एस्केप उत्परिवर्तनहरू, REGN10987 बाट दुई एस्केप उत्परिवर्तनहरू, र ककटेल (चित्र 2A) बाट कुनै उत्परिवर्तनहरू पहिचान गरे।सबै सात सेल संस्कृतिहरू द्वारा चयन गरिएका उत्परिवर्तनहरू हाम्रो एस्केप नक्सामा हाइलाइट गरिएका छन्, र वुहान-हु-१ RBD अनुक्रममा जंगली-प्रकारको कोडोनको एकल-न्यूक्लियोटाइड परिवर्तन पनि पहुँचयोग्य छ (चित्र 2B), एस्केप कन्कर्डन्स बीचको भिन्नतालाई संकेत गर्दै। ग्राफ र सेल संस्कृतिमा एन्टिबडी दबाब अन्तर्गत भाइरस विकास।यो ध्यान दिन लायक छ कि E406W एकल न्यूक्लियोटाइड परिवर्तनहरू द्वारा पहुँच गर्न सकिँदैन, जसले RBD फोल्डिंग र ACE2 आत्मीयताको अपेक्षाकृत राम्रो सहनशीलताको बावजुद किन रेजेनेरोन ककटेल चयनले यसलाई पहिचान गर्न सक्दैन भनेर व्याख्या गर्न सक्छ।
(ए) एन्टिबडीहरूको उपस्थितिमा, रेजेनेरोनले सेल संस्कृतिमा भाइरस एस्केप उत्परिवर्तनहरू चयन गर्न प्यानिकल स्यूडोटाइप VSV प्रयोग गर्दछ (12)।(B) एस्केप रेखाचित्र, चित्र 1A मा देखाइए अनुसार, तर वुहान-हु-1 अनुक्रममा एकल न्यूक्लियोटाइड परिवर्तनद्वारा पहुँचयोग्य उत्परिवर्तनहरू मात्र देखाउँदछ।गैर-ग्रेले सेल कल्चर (रातो), र संक्रमित बिरामीहरू (नीलो) ), वा दुवै (बैजनी) मा उत्परिवर्तनलाई संकेत गर्दछ।चित्र S5 ले यी ग्राफहरू देखाउँछ, जुन म्युटेसनहरूले ACE2 सम्बद्धता वा RBD अभिव्यक्तिलाई कसरी असर गर्छ भनेर रंगीन हुन्छन्।(C) संक्रमणको 145 औं दिनमा REGN-COV2 सँग उपचार गरिएका बिरामीहरूमा RBD उत्परिवर्तनको काइनेटिक्स (कालो थोपा ठाडो रेखा)।E484A र F486I बीचको सम्बन्धको आवृत्ति बढ्यो, तर E484A हाम्रो आकृतिमा एस्केप उत्परिवर्तन होइन, यो अन्य प्यानलहरूमा देखाइएको छैन।चित्र पनि हेर्नुहोस्।S4।(D) सेल कल्चर र संक्रमित बिरामीहरूमा हुने एस्केप उत्परिवर्तनहरू एकल न्यूक्लियोटाइडद्वारा पहुँचयोग्य हुन्छन्, र एस्केप एन्टिबडीहरूको बन्धनले ACE2 आत्मीयतामा कुनै ठूलो लागत उत्पन्न गर्दैन [खमीर प्रदर्शन विधि (7) द्वारा मापन गरिएको]।प्रत्येक बिन्दु एक उत्परिवर्तन हो, र यसको आकार र रंग संकेत गर्दछ कि यो पहुँच गर्न सकिन्छ र भाइरस वृद्धि को समयमा चयन गर्न सकिन्छ।x-अक्षमा थप दायाँ-हात बिन्दुहरूले बलियो एन्टिबडी बाध्यकारी एस्केप संकेत गर्दछ;y-अक्षमा भएका उच्च बिन्दुहरूले उच्च ACE2 आत्मीयतालाई संकेत गर्दछ।
एस्केप एटलसले मानिसलाई संक्रमित गर्ने भाइरसहरूको विकासको विश्लेषण गर्न सक्छ कि भनेर निर्धारण गर्न, हामीले COVID-19 उपचार (१६) को निदान पछि 145 औं दिनमा REGN-COV2 प्राप्त गर्ने लगातार संक्रमित इम्युनोकम्प्रोमाइज्ड बिरामीबाट गहिरो अनुक्रमण डेटा जाँच्यौं।ढिलो उपचारले बिरामीको भाइरल जनसङ्ख्यालाई आनुवंशिक विविधता जम्मा गर्न अनुमति दिन्छ, जसमध्ये केही प्रतिरक्षा तनावले प्रेरित हुन सक्छ, किनभने बिरामीको उपचार अघि कमजोर स्वयम्-निष्क्रिय एन्टिबडी प्रतिक्रिया हुन्छ (१६)।REGN-COV2 को प्रशासन पछि, RBD मा पाँच एमिनो एसिड उत्परिवर्तनको आवृत्ति द्रुत रूपमा परिवर्तन भयो (चित्र 2C र चित्र S4)।हाम्रो एस्केप नक्साले देखाएको छ कि यी म्युटेसनहरू मध्ये तीनवटा REGN10933 भागे र एउटा REGN10987 (चित्र 2B) भाग्यो।यो ध्यान दिन लायक छ कि एन्टिबडी उपचार पछि, सबै उत्परिवर्तनहरू निश्चित साइटमा हस्तान्तरण गरिएको थिएन।यसको विपरित, त्यहाँ प्रतिस्पर्धाको वृद्धि र पतन छ (चित्र 2C)।यो ढाँचा अन्य भाइरसहरू (17, 18) को अनुकूली होस्टहरूको आन्तरिक विकासमा अवलोकन गरिएको छ, सम्भवतः आनुवंशिक फ्री-राइडिङ र भाइरल वंशहरू बीचको प्रतिस्पर्धाको कारणले।यी दुबै शक्तिहरूले लगातार संक्रमण भएका बिरामीहरूमा भूमिका खेलेको देखिन्छ (चित्र 2C र चित्र S4C): E484A (हाम्रो चित्रमा एस्केप उत्परिवर्तन होइन) र F486I (एस्केप REGN10933) उपचार पछि फ्री-राइडिङ, र N440D बोक्ने भाइरस वंशहरू। Q493K (क्रमशः REGN10987 र REGN10933 भाग्दै) पहिले REGN10933 एस्केप म्युटेन्ट Y489H सँग प्रतिस्पर्धा गर्यो, र त्यसपछि E484A र F486I र Q493K बोक्ने वंशसँग प्रतिस्पर्धा गर्यो।
REGN-COV2 संग उपचार गरिएका बिरामीहरूमा चार एस्केप उत्परिवर्तनहरू मध्ये तीनलाई Regeneron को भाइरस सेल कल्चर चयन (चित्र 2B) मा पहिचान गरिएको थिएन, जसले पूर्ण नक्साको फाइदालाई चित्रण गर्दछ।भाइरस चयन अपूर्ण छ किनभने तिनीहरूले त्यो विशेष सेल संस्कृति प्रयोगमा अनियमित रूपमा चयन गरिएका कुनै पनि उत्परिवर्तनहरू मात्र पहिचान गर्न सक्छन्।यसको विपरित, पूर्ण नक्साले सबै उत्परिवर्तनहरू एनोटेट गर्दछ, जसमा उपचारसँग सम्बन्धित कारणहरूले गर्दा हुने उत्परिवर्तनहरू समावेश हुन सक्छन्, तर संयोगवश एन्टिबडी बाइन्डिङलाई असर गर्छ।
निस्सन्देह, भाइरसहरूको विकास कार्यात्मक सीमितताहरू र एन्टिबडीहरू बेवास्ता गर्न दबाबले प्रभावित हुन्छ।सेल संस्कृतिमा चयन गरिएका उत्परिवर्तनहरू र बिरामीहरूले सधैं निम्न मापदण्डहरू पूरा गर्छन्: तिनीहरू एन्टिबडी बाइन्डिङबाट बच्न सक्छन्, एकल न्यूक्लियोटाइड परिवर्तन मार्फत प्रवेश गर्न सक्छन्, र ACE2 आत्मीयताको लागि थोरै वा कुनै लागत छैन [खमीर स्क्यानिङ मापन RBD (7) प्रयोग गरेर प्रदर्शित अघिल्लो गहिरो उत्परिवर्तनहरू मार्फत। )] (चित्र 2D र चित्र S5)।त्यसकारण, कसरी उत्परिवर्तनहरूले RBD को मुख्य बायोकेमिकल फिनोटाइपहरूलाई असर गर्छ (जस्तै ACE र एन्टिबडी बाइन्डिङ) भाइरसको विकासको लागि सम्भावित मार्गहरू मूल्याङ्कन गर्न प्रयोग गर्न सकिन्छ।एउटा चेतावनी यो हो कि लामो विकासवादी समय सीमामा, भाइरल प्रतिरक्षा र ड्रग एस्केपमा अवलोकन गरिए अनुसार, एपिस्टेटिक अन्तरक्रियाका कारण, उत्परिवर्तनको लागि सहनशीलता ठाउँ परिवर्तन हुन सक्छ (19-21)।
पूर्ण नक्साले हामीलाई परिक्रमा भइरहेको SARS-CoV-2 मा अवस्थित एस्केप उत्परिवर्तनहरूको मूल्याङ्कन गर्न अनुमति दिन्छ।हामीले जनवरी 11, 2021 सम्मका सबै उपलब्ध मानव-व्युत्पन्न SARS-CoV-2 अनुक्रमहरू जाँच गर्यौं र पत्ता लगायौं कि ठूलो संख्यामा RBD उत्परिवर्तन एक वा बढी एन्टिबडीहरू (चित्र 3) बाट बचेको छ।यद्यपि, अनुक्रमको ०.१% मा अवस्थित एक मात्र एस्केप उत्परिवर्तन REGN10933 एस्केप म्युटेन्ट Y453F [अनुक्रमको 0.3%;हेर्नुहोस् (१२)], REGN10987 escape mutant N439K [अनुक्रमको 1.7%;हेर्नुहोस् चित्र 1C र (22)], र LY-CoV016 एस्केप उत्परिवर्तन K417N (0.1% अनुक्रम; चित्र 1C पनि हेर्नुहोस्)।Y453F नेदरल्याण्ड र डेनमार्क (२३, २४) मा मिंक फार्महरूसँग सम्बन्धित स्वतन्त्र प्रकोपसँग सम्बन्धित छयो ध्यान दिन लायक छ कि मिंक अनुक्रम आफैंमा कहिलेकाहीँ अन्य एस्केप उत्परिवर्तनहरू समावेश गर्दछ, जस्तै F486L (24)।N439K युरोपमा धेरै लोकप्रिय छ, र युरोपमा स्कटल्याण्ड र आयरल्याण्ड (22, 25) बाट अनुक्रमको ठूलो भाग गठन गर्दछ।K417N B.1.351 वंशमा पहिलो पटक दक्षिण अफ्रिकामा फेला परेको थियो (10)।हालको चिन्ताको अर्को उत्परिवर्तन N501Y हो, जुन B.1.351 मा अवस्थित छ र B.1.1.7 वंशमा मूल रूपमा UK मा पहिचान गरिएको छ (9)।हाम्रो नक्साले देखाउँछ कि N501Y को REGN-COV2 एन्टिबडीमा कुनै प्रभाव छैन, तर LY-CoV016 (चित्र 3) मा मात्र मध्यम प्रभाव छ।
प्रत्येक एन्टिबडी वा एन्टिबडी संयोजनको लागि, जनवरी 11, 2021 सम्म, GISAID (26) मा 317,866 उच्च-गुणवत्ता मानव-व्युत्पन्न SARS-CoV-2 अनुक्रमहरू मध्ये, प्रत्येक उत्परिवर्तन र यसको आवृत्तिको लागि एस्केप स्कोर बीचको सम्बन्ध।यो चिन्ह लगाइएको छ।REGN-COV2 ककटेल एस्केप उत्परिवर्तन E406W लाई वुहान-हु-1 RBD अनुक्रममा धेरै न्यूक्लियोटाइड परिवर्तनहरू आवश्यक पर्दछ, र GISAID अनुक्रममा अवलोकन गरिएको छैन।अवशेष E406 (E406Q र E406D) को अन्य उत्परिवर्तनहरू कम आवृत्ति गणनाको साथ अवलोकन गरियो, तर यी उत्परिवर्ती एमिनो एसिडहरू W बाट टाढा एकल न्यूक्लियोटाइड उत्परिवर्तन होइनन्।
अपेक्षित रूपमा, एस्केप उत्परिवर्तन सामान्यतया एन्टिबडी-आरबीडी इन्टरफेसमा हुन्छ।यद्यपि, कुन उत्परिवर्तनहरू मध्यस्थताबाट बच्न सकिन्छ भनेर भविष्यवाणी गर्न संरचना मात्र पर्याप्त छैन।उदाहरणका लागि, LY-CoV016 ले ACE2 बाइन्डिङ सतहलाई ओभरल्याप गर्ने फराकिलो एपिटोपमा बाँध्न यसको भारी र हल्का चेनहरू प्रयोग गर्छ, तर एस्केप प्रक्रियाले हेभी चेन पूरकता निर्धारण गर्ने क्षेत्रमा RBD अवशेषहरूमा उत्परिवर्तन समावेश गर्दछ (चित्र 4A र चित्र S6, E बाट। जी)।यसको विपरित, REGN10933 र REGN10987 बाट एस्केपहरू मुख्यतया एन्टिबडी भारी र हल्का चेनहरूको इन्टरफेसमा स्ट्याक गरिएका RBD अवशेषहरूमा देखा पर्यो (चित्र 4A र चित्र S6, A देखि D)।REGN-COV2 मिश्रणबाट बचेको E406W उत्परिवर्तन अवशेषहरूमा भयो जुन कुनै पनि एन्टिबडीसँग सम्पर्कमा थिएन (चित्र 4, A र B)।यद्यपि E406 संरचनात्मक रूपमा LY-CoV016 (चित्र 4B र चित्र S6H) को नजिक छ, E406W उत्परिवर्तनले एन्टिबडी (चित्र 1, B र C) मा धेरै सानो प्रभाव पार्छ, निर्दिष्ट लामो-दायरा संरचनात्मक संयन्त्र REGN विरोधी हो भनेर संकेत गर्दछ। - COV2 एन्टिबडी (चित्र S6I)।संक्षेपमा, एन्टिबडीहरूसँग सम्पर्कमा रहेको RBD अवशेषहरूमा उत्परिवर्तनहरूले सधैं भाग्ने मध्यस्थता गर्दैन, र केही महत्त्वपूर्ण एस्केप उत्परिवर्तनहरू एन्टिबडीहरूसँग सम्पर्कमा नभएका अवशेषहरूमा हुन्छन् (चित्र 4B र चित्र S6, D र G)।
(A) एन्टिबडीद्वारा बाँधिएको RBD संरचनामा प्रक्षेपित एस्केप रेखाचित्र।[REGN10933 र REGN10987: प्रोटीन डाटाबेस (PDB) ID 6XDG (11);LY-CoV016: PDB ID 7C01 (13)]।एन्टिबडीको भारी र हल्का चेनहरूको चर डोमेनहरू नीलो कार्टुनको रूपमा देखाइन्छ, र RBD को सतहमा रङले यस साइटमा उत्परिवर्तन-मध्यस्थ एस्केपको बललाई सङ्केत गर्दछ (सेतोले कुनै भाग्ने छैन, र रातोले सबैभन्दा बलियो संकेत गर्दछ। एन्टिबडी वा मिश्रणको एस्केप साइट)।कार्यात्मक रूपमा उत्परिवर्तन नगरिएका साइटहरू ग्रे आउट हुन्छन्।(B) प्रत्येक एन्टिबडीको लागि, साइटलाई प्रत्यक्ष एन्टिबडी सम्पर्क (एन्टिबडीको 4Å भित्र गैर-हाइड्रोजन परमाणुहरू), प्रक्सिमल एन्टिबडी (4 देखि 8Å) वा डिस्टल एन्टिबडी (> 8Å) को रूपमा वर्गीकृत गर्नुहोस्।प्रत्येक बिन्दुले एस्केप (रातो) वा नन-एस्केप (कालो) मा विभाजित साइटलाई प्रतिनिधित्व गर्दछ।खैरो ड्यास रेखाले साइटलाई एस्केप वा नन-एस्केप (विवरणका लागि सामग्री र विधिहरू हेर्नुहोस्) को रूपमा वर्गीकरण गर्न प्रयोग गरिने महत्वपूर्ण मानलाई प्रतिनिधित्व गर्दछ।रातो र कालो नम्बरहरूले प्रत्येक श्रेणीमा कतिवटा साइटहरू एस्केप वा अनस्केप गरिएका छन् भनेर संकेत गर्दछ।
यस अध्ययनमा, हामीले तीनवटा प्रमुख एन्टी-SARS-CoV-2 एन्टिबडीहरूलाई बेवास्ता गर्ने उत्परिवर्तनहरूलाई पूर्ण रूपमा म्याप गरेका छौं।यी नक्साहरूले एस्केप उत्परिवर्तनको अघिल्लो विशेषता अपूर्ण रहेको संकेत गर्दछ।REGN-COV2 ककटेलमा दुई एन्टिबडीहरूबाट बच्न सक्ने एकल एमिनो एसिड उत्परिवर्तनहरू पहिचान गरिएको छैन, न त तिनीहरूले ककटेलद्वारा उपचार गरिएका अधिकांश लगातार संक्रमण बिरामीहरूलाई पहिचान गरेका छन्।उत्परिवर्तन।अवश्य पनि, हाम्रो नक्साले अहिलेसम्म सबैभन्दा अत्यावश्यक प्रश्नको जवाफ दिएको छैन: के SARS-CoV-2 ले यी एन्टिबडीहरूको लागि व्यापक प्रतिरोध विकास गर्नेछ?तर के निश्चित छ कि यो चिन्ताजनक छ कि धेरै एस्केप म्युटेसनहरूले RBD फोल्डिंग वा रिसेप्टर एफिनिटीमा कम प्रभाव पार्छ, र प्रसारित भाइरसहरूमा पहिले नै केही कम-स्तर उत्परिवर्तनहरू छन्।अन्तमा, SARS-CoV-2 ले जनसङ्ख्यामा फैलिएपछि के म्युटेसनहरू प्रसारण गर्छ भनेर पर्खनु र अवलोकन गर्न आवश्यक छ।हाम्रो कामले भाइरल जीनोम निगरानीद्वारा वर्गीकृत उत्परिवर्तनको प्रभावलाई तुरुन्तै व्याख्या गरेर "अवलोकन" लाई मद्दत गर्नेछ।
यो क्रिएटिभ कमन्स एट्रिब्युसन लाइसेन्सको सर्तहरू अन्तर्गत वितरित खुला पहुँच लेख हो।लेखले कुनै पनि माध्यममा अप्रतिबन्धित प्रयोग, वितरण र पुनरुत्पादनलाई अनुमति दिन्छ जुन सर्तमा मौलिक कार्य ठीकसँग उद्धृत गरिएको छ।
नोट: हामीले तपाइँलाई तपाइँको इमेल ठेगाना प्रदान गर्न मात्र सोध्छौं ताकि तपाइँले पृष्ठमा सिफारिस गर्ने व्यक्तिलाई थाहा छ कि तपाइँ उनीहरूले इमेल हेर्न चाहनुहुन्छ र यो स्पाम होइन।हामी कुनै पनि इमेल ठेगानाहरू कब्जा गर्दैनौं।
यो प्रश्न तपाईं आगन्तुक हुनुहुन्छ कि छैन भनेर परीक्षण गर्न र स्वचालित स्प्याम सबमिशन रोक्न प्रयोग गरिन्छ।
Tyler N.Starr, Allison J.Greaney, Amin Addetia, William W. Hannon, Manish C. Choudhary (Manish C. Choudhary), Adam S. Dinges (Adam S. Dinges)
रेजेनेरोन मोनोक्लोनल एन्टिबडी मिश्रणबाट उम्कने SARS-CoV-2 उत्परिवर्तनको पूर्ण नक्साले बिरामीहरूको उपचारमा भाइरसको विकासको व्याख्या गर्न मद्दत गर्दछ।
Tyler N.Starr, Allison J.Greaney, Amin Addetia, William W. Hannon, Manish C. Choudhary (Manish C. Choudhary), Adam S. Dinges (Adam S. Dinges)
रेजेनेरोन मोनोक्लोनल एन्टिबडी मिश्रणबाट उम्कने SARS-CoV-2 उत्परिवर्तनको पूर्ण नक्साले बिरामीहरूको उपचारमा भाइरसको विकासको व्याख्या गर्न मद्दत गर्दछ।
©२०२१ अमेरिकन एसोसिएशन फर द एडभान्समेन्ट अफ साइन्स।सबै अधिकार सुरक्षित।AAAS HINARI, AGORA, OARE, CHORUS, CLOCKSS, CrossRef र COUNTER.Science ISSN 1095-9203 को साझेदार हो।
पोस्ट समय: फेब्रुअरी-24-2021