ڪيترائي اينٽي باڊيز اڳ ۾ ئي استعمال ۾ آهن يا ترقي هيٺ آهن جيئن ته COVID-19 جي علاج لاءِ علاج.سخت شديد تنفسي سنڊروم ڪورونا وائرس 2 (SARS-CoV-2) جي نئين مختلف قسمن جي ظاهر ٿيڻ سان، اهو اڳڪٿي ڪرڻ ضروري آهي ته ڇا اهي اڃا تائين اينٽي باڊي علاج لاءِ حساس هوندا.اسٽار وغيره.هڪ خمير لائبريري استعمال ڪئي وئي، جيڪا SARS-CoV-2 ريسيپٽر بائنڊنگ ڊومين ۾ سڀني ميوٽيشنز کي ڍڪي ٿي جيڪا ميزبان ريسيپٽر (ACE2) کي پابند ڪرڻ ۾ سختي سان خلل نه وجهندي، ۽ نقشو ٺاھيو ته اهي ميوٽيشنز ڪيئن اثرانداز ٿين ٿا ٽن مکيه مخالف SARS-CoV. -2 اينٽي باڊي بائنڊنگ.اهي انگ اکر ميوٽيشنز جي نشاندهي ڪن ٿا جيڪي اينٽي باڊي بائنڊنگ کان بچن ٿا، جن ۾ سنگل ميوٽيشنز شامل آهن جيڪي ريجنيرون اينٽي باڊي ميڪس ۾ ٻن اينٽي باڊيز کان بچي وڃن ٿيون.ڪيترائي ميوٽيشنز جيڪي هڪ واحد اينٽي باڊي کان بچي رهيا آهن انسانن ۾ پکڙجي رهيا آهن.
اينٽي باڊيز هڪ امڪاني علاج آهن سخت شديد تنفسي سنڊروم ڪورونا وائرس 2 (SARS-CoV-2) جي علاج لاءِ، پر اهو واضح ناهي ته وائرس انهن جي خطري کان بچڻ لاءِ ترقي ڪري ٿو.هتي، اسان نقشو ٺاهيون ٿا ته ڪيئن SARS-CoV-2 ريسيپٽر بائنڊنگ ڊومين (RBD) ۾ سڀئي ميوٽيشنز REGN-COV2 ڪاڪ ٽيل جي اينٽي باڊي LY-CoV016 کي پابند ڪرڻ تي اثر انداز ٿين ٿيون.انهن مڪمل نقشن هڪ امينو ايسڊ ميوٽيشن کي ظاهر ڪيو جنهن مڪمل طور تي REGN-COV2 مرکب کي ختم ڪيو، جيڪو ٻن اينٽي باڊيز REGN10933 ۽ REGN10987 تي مشتمل آهي جيڪي مختلف ساخت جي ايپيٽپس کي نشانو بڻائين ٿا.اهي انگ اکر پڻ وائرس ميوٽيشنز جي سڃاڻپ ڪن ٿا جيڪي مسلسل متاثر ٿيل مريضن ۾ چونڊيل آهن جيڪي REGN-COV2 سان علاج ڪيا ويا آهن ۽ ويٽرو وائرس فرار جي چونڊ دوران.آخرڪار، اهي انگ اکر ظاهر ڪن ٿا ته ميوٽيشنز جيڪي هڪ واحد اينٽي باڊي کان بچي وڃن ٿيون اڳ ۾ ئي موجود آهن گردش ڪندڙ SARS-CoV-2 strains ۾.اهي مڪمل فرار نقشا وائرس جي نگراني دوران مشاهدو ميوٽيشنز جا نتيجا بيان ڪري سگھن ٿا.
اينٽي باڊيز تيار ٿي رهيون آهن سخت شديد تنفسي سنڊروم ڪورونا وائرس 2 (SARS-CoV-2) (1) جي علاج لاءِ.ڪجهه ٻين وائرسن جي خلاف اينٽي باڊيز متاثر ٿيل مريضن جي علاج دوران چونڊيل وائرس ميوٽيشنز (2, 3) يا وائرل ميوٽيشنز ذريعي غير اثرائتو ٿي سگهن ٿيون جيڪي پوري وائرس ڪليڊ کي مزاحمت ڏيڻ لاءِ عالمي سطح تي پکڙجي چڪيون آهن.تنهن ڪري، اهو طئي ڪرڻ ته ڪهڙيون SARS-CoV-2 ميوٽيشنز اهم اينٽي باڊيز کان بچي سگهن ٿيون ان جو جائزو وٺڻ لاءِ ته ڪيئن وائرس جي نگراني دوران مشاهدو ڪيل ميوٽيشنز اينٽي باڊي جي علاج جي اثر کي متاثر ڪن ٿيون.
گهڻيون معروف اينٽي SARS-CoV-2 اينٽي باڊيز وائرل ريسيپٽر بائنڊنگ ڊومين (RBD) کي نشانو بڻائين ٿيون، جيڪي ثالثي ڪن ٿيون بائنڊنگ کي angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) receptor (5, 6).تازو، اسان هڪ گہرے ميوٽيشن اسڪيننگ جو طريقو ٺاهيو آهي نقشو ڪرڻ لاءِ ته ڪيئن آر بي ڊي جا سڀئي ميوٽيشنز ان جي ڪم کي متاثر ڪن ٿا ۽ اينٽي وائرل اينٽي باڊيز (7, 8).طريقي ۾ شامل آهي RBD ميوٽنٽ جي هڪ لائبريري ٺاهڻ، انهن کي خمير جي مٿاڇري تي ظاهر ڪرڻ، ۽ fluorescence-activated cell sorting ۽ deep sequencing کي استعمال ڪرڻ جو اندازو لڳايو ته ڪيئن هر ميوٽيشن RBD فولڊنگ تي اثر انداز ٿئي ٿو، ACE2 لاڳاپو (ٽائٽيشن سيريز ۾ ماپيل)، ۽ اينٽي باڊي بائنڊنگ. (شڪل S1A).هن مطالعي ۾، اسان (7) ۾ بيان ڪيل بار بار ميوٽيٽ لائبريري استعمال ڪيو، جيڪو بارڪوڊ ٿيل آر بي ڊي مختلف قسمن مان ٺهيل آهي، 3819 ممڪن امينو اسيد ميوٽيشنز مان 3804 کي ڍڪيندي.اسان جي لائبريري آر بي ڊي جينياتي پس منظر مان تيار ڪئي وئي هئي ابتدائي ڌار ڌار ووهان-هو-1.جيتوڻيڪ ڪيترن ئي ميوٽنٽ جي تعدد وڌي رهي آهي، اهي اڃا تائين سڀ کان وڌيڪ عام آر بي ڊي ترتيبن جي نمائندگي ڪن ٿا (9, 10).اسان 2034 مان ٻه ميوٽيشنز ٺاهيا آهن جيڪي مضبوط طور تي RBD فولڊنگ ۽ اي سي بائنڊنگ ۾ خلل نٿا آڻين (7) ڪيئن پاس ڪجي REGN-COV2 ڪاڪ ٽيل (REGN10933 ۽ REGN10987) (11، 12) ۽ ايلي للي جي LY-CoV016 جو ريڪومبيننٽ فارم. اينٽي باڊي بائنڊنگ اينٽي باڊي جي طريقي کي متاثر ڪري ٿي (جنهن کي CB6 يا JS016 پڻ سڏيو ويندو آهي) (13) (شڪل S1B).REGN-COV2 کي تازو ئي COVID-19 (14) لاءِ ايمرجنسي استعمال جي اجازت ڏني وئي، جڏهن ته LY-CoV016 في الحال 3 جي ڪلينڪل آزمائشن مان گذري رهيو آهي (15).
[Glu406→Trp(E406W)] ٻن اينٽي باڊيز جو مرکب مضبوطيءَ سان بچيو (شڪل 1A).LY-CoV016 جو فرار نقشو پڻ RBD (شڪل 1B) ۾ مختلف سائيٽن تي ڪيترن ئي فرار ميوٽيشنز کي ظاهر ڪري ٿو.جيتوڻيڪ ڪي فرار ميوٽيشنز آر بي ڊي جي صلاحيت کي ACE2 سان پابند ڪرڻ يا مناسب طور تي فولڊ فارم ۾ ظاهر ڪري سگھن ٿا، خمير ڏيکاريل آر بي ڊي استعمال ڪندي ڊيپ ميوٽيشن اسڪيننگ جي پوئين ماپن جي مطابق، ڪيترن ئي فنڪشنل ميوٽيشنز جو انهن فنڪشنل ملڪيتن تي ٿورو يا ڪو اثر ناهي (7 ) (شڪل 1، A ۽ B ACE2 لاڳاپي جي نقصان جي نمائندگي ڪري ٿو، جڏهن ته شڪل S2 RBD اظهار ۾ گهٽتائي جي نمائندگي ڪري ٿو.
(الف) REGN-COV2 ۾ اينٽي باڊي جو نقشو.کاٻي پاسي واري لائن گراف آر بي ڊي ۾ هر سائيٽ تي فرار ڏيکاري ٿو (هر سائيٽ تي سڀني ميوٽيشنز جو مجموعو).ساڄي پاسي لوگو تصوير مضبوط فرار واري جڳھ کي ڏيکاري ٿو (جامني رنگ جي ھيٺان لائن).هر اکر جي اوچائي امينو ايسڊ ميوٽيشن جي وچ ۾ فرار ٿيڻ جي طاقت جي تناسب سان آهي، ۽ هر ميوٽيشن لاءِ 1 جو ”فرار اسڪور“ مڪمل فرار جي برابر آهي.y-axis اسڪيل هر قطار لاءِ مختلف هوندو آهي، تنهن ڪري، مثال طور، E406W سڀني REGN اينٽي باڊيز کان بچي ٿو، پر اهو ڪڪڙين لاءِ سڀ کان وڌيڪ واضح آهي ڇاڪاڻ ته اهو انفرادي اينٽي باڊيز جي ٻين فرار جي سائيٽن تي غالب آهي.اسپيبلبل ورزن لاءِ، S2، A ۽ B، نقشي کي رنگ ڏيڻ لاءِ استعمال ڪيا ويندا آهن ته ڪيئن ميوٽيشنز فولڊ ٿيل RBD جي اظهار کي متاثر ڪندا آهن.S2، C ۽ D استعمال ڪيا ويا آهن ACE2 لاڳاپن تي اثر و رسوخ کي ورهائڻ لاءِ ۽ RBD اظهار سڀني ميوٽيشنز جي وچ ۾ گردش ڪندڙ وائرس جي الگ الگ ۾ مشاهدو ڪيو ويو آهي.(ب) جيئن ڏيکاريل آھي (A) ۾، ٺاھيو LY-CoV016.(سي) استعمال ڪريو اسپائڪ-سيوڊوٽائپ ٿيل lentiviral ذرات کي غير جانبدار ڪرڻ جي امتحان ۾ اهم ميوٽيشنز جي تصديق ڪرڻ لاء.اسان انهن ميوٽيشنز جي تصديق ڪرڻ جو انتخاب ڪيو آهي جن جي اڳڪٿي ڪئي وئي آهي ته انهن جو وڏو اثر ٿئي ٿو يا گردش ۾ SARS-CoV-2 آئسوليٽس (جهڙوڪ N439K) ۾ وڏي تعدد تي موجود آهن.هر نقطو نمائندگي ڪري ٿو ميوٽيشن جي وچين رڪاوٽ ڪنسنٽريشن (IC50) جي چوٽي سان لاڳاپو اڻ ميوٽيڊ وائلڊ قسم (WT) جي D614G تي مشتمل.نيري ڊيش ٿيل لائن 1 هڪ غير جانبدار اثر جي نمائندگي ڪري ٿو WT وانگر، ۽ هڪ قدر> 1 هڪ وڌندڙ غير جانبدار مزاحمت جي نمائندگي ڪري ٿو.ڊٽ جو رنگ ظاهر ڪري ٿو ته ڇا توهان نقشي کان فرار ٿيڻ چاهيو ٿا.نقطا ظاهر ڪن ٿا ته جيئن ته IC50 استعمال ٿيل dilution سيريز کان ٻاهر آهي، هڪ کان وڌيڪ تبديلي چيڪ ڪئي وئي آهي (مٿي يا هيٺين حد).گھڻا ميوٽيٽ نقل ۾ آزمايا ويا آھن، تنھنڪري اتي ٻه نقطا آھن.مڪمل غير جانبدار وکر تصوير 2. S3 ۾ ڏيکاريل آهي.امينو اسيد جي باقيات جا هڪ اکر مخفف هن ريت آهن: الف، الا؛سي، سيسٽين؛ڊي، ايس پي؛اي، گلو؛F, Phe؛جي، گلي؛ايڇ، سندس؛آء، آئيل؛ڪي، ليسين؛ايل، ليو؛Metropolis N, Assen;پي، پرو؛ق، گلن؛آر، آرگ؛س، سر؛ت، تر؛وي، ويل؛W، tryptophan؛۽ Y، Tyr.
اهم ميوٽيشنز جي اينٽيجنڪ اثر جي تصديق ڪرڻ لاءِ، اسان پينيڪل سيوڊوٽائپ ٿيل لينٽي وائرل ذرات کي استعمال ڪندي هڪ غير جانبداري جو اندازو لڳايو، ۽ ڏٺائون ته اينٽي باڊي بائنڊنگ فرار نقشي ۽ غير جانبداري جي پرک جي وچ ۾ هڪ مطابقت هئي (شڪل 1C ۽ شڪل S3).جيئن ته REGN-COV2 اينٽي باڊي نقشي مان توقع ڪئي وئي آهي، پوزيشن 486 تي ميوٽيشن صرف REGN10933 ذريعي غير جانبدار آهي، جڏهن ته پوزيشن 439 ۽ 444 تي ميوٽيشن صرف REGN10987 ذريعي غير جانبدار آهي، تنهنڪري اهي ميوٽيشنز ڀڄي نه سگهن ٿيون.پر E406W ٻن REGN-COV2 اينٽي باڊيز کان بچي ويو، تنهنڪري اهو پڻ مرکب کي مضبوطيء سان ڀڄي ويو.ساخت جي تجزيي ۽ وائرس کان بچڻ جي چونڊ جي ذريعي، ريگينرون يقين رکي ٿو ته ڪو به هڪ امينو ايسڊ ميوٽيشن ڪاڪٽيل ۾ ٻن اينٽي باڊيز کان بچي نٿو سگهي (11, 12)، پر اسان جو مڪمل نقشو E406W کي ڪاڪٽيل فرار ميوٽيشن جي طور تي سڃاڻي ٿو.E406W REGN-COV2 اينٽي باڊي کي نسبتاً مخصوص انداز ۾ متاثر ڪري ٿو، ۽ RBD جي ڪم ۾ سنجيدگيءَ سان مداخلت نٿو ڪري، ڇاڪاڻ ته اهو صرف LY-CoV016 (Figure 1C) جي غيرجانبداريءَ واري اثر کي ٿورڙي گھٽائي ٿو ۽ اسپيڪڊ سيوڊو ٽائيپ ٿيل لينٽي وائرل ذرات جي ٽائيٽل (Figure) S3F).
اهو معلوم ڪرڻ لاءِ ته ڇا اسان جو فرار جو نقشو اينٽي باڊي جي چونڊ هيٺ وائرس جي ارتقا سان مطابقت رکي ٿو، اسان پهريون ڀيرو ريگينرون وائرس فرار ٿيڻ جي چونڊ تجربي جي ڊيٽا کي جانچيو، جنهن ۾ ايڪسپريس اسپائڪ سيل ڪلچر ۾ ڪنهن به REGN10933 جي موجودگيءَ ۾ وڌي وئي هئي. اسٽوميٽائٽس وائرس (VSV)، REGN10987 يا REGN-COV2 ڪڪٽيل (12).هن ڪم REGN10933 مان پنج فرار ميوٽيشنز جي نشاندهي ڪئي، REGN10987 مان ٻه فرار ميوٽيشنز، ۽ ڪاڪٽيل مان ڪوبه ميوٽيشنز (شڪل 2A).سڀني ستن سيل ڪلچرن پاران چونڊيل ميوٽيشنز کي اسان جي فرار جي نقشي ۾ نمايان ڪيو ويو آهي، ۽ ووهان-هُو-1 آر بي ڊي تسلسل ۾ جهنگلي قسم جي ڪوڊون جي واحد-نيوڪليوٽائيڊ تبديلي به رسائي لائق آهي (شڪل 2B)، ظاهر ڪري ٿو ته فرار جي وچ ۾ فرق ڪنڪوڊنس. سيل ڪلچر ۾ اينٽي باڊي پريشر تحت گراف ۽ وائرس جي ارتقا.اها ڳالهه نوٽ ڪرڻ جي قابل آهي ته E406W واحد نيوڪليوٽائيڊ تبديلين جي ذريعي رسائي نه ٿو ڪري سگهجي، جيڪا وضاحت ڪري سگهي ٿي ڇو ته ريجنيرون ڪاڪٽيل چونڊ ان جي سڃاڻپ نه ٿي ڪري سگهي، ان جي باوجود RBD فولڊنگ ۽ ACE2 لاڳاپي جي نسبتا سٺي رواداري جي باوجود.
(الف) اينٽي باڊيز جي موجودگي ۾، ريگينرون سيل ڪلچر ۾ وائرس کان بچڻ واري ميوٽيشنز کي چونڊڻ لاءِ پينيڪل سيوڊوٽائپ VSV استعمال ڪري ٿو (12).(ب) فرار جو خاڪو، جيئن تصوير 1A ۾ ڏيکاريو ويو آهي، پر صرف ووهان-هو-1 جي تسلسل ۾ هڪ واحد نيوڪليوٽائڊ تبديليءَ ذريعي رسائي لائق ميوٽيشنز کي ڏيکاري ٿو.غير گرين اشارو سيل ڪلچر ۾ ميوٽيشنز (ڳاڙهو)، ۽ متاثر ٿيل مريض (نيرو)، يا ٻئي (جامني).شڪل S5 ڏيکاري ٿو اهي گراف، جيڪي رنگيل آهن ته ڪيئن ميوٽيشنز ACE2 لاڳاپو يا RBD اظهار کي متاثر ڪن ٿا.(سي) مريضن ۾ RBD ميوٽيشن جي Kinetics REGN-COV2 سان علاج ڪيو ويو انفڪشن جي 145 هين ڏينهن تي (ڪاري نقطي واري عمودي لائن).E484A ۽ F486I جي وچ ۾ رابطي جي تعدد وڌي وئي، پر جيئن ته E484A اسان جي شڪل ۾ فرار ميوٽيشن نه آهي، اهو ٻين پينلن ۾ نه ڏيکاريل آهي.پڻ ڏسو نقشو.S4.(D) فرار ميوٽيشنز جيڪي سيل ڪلچر ۾ واقع ٿين ٿا ۽ متاثر ٿيل مريض هڪ واحد نيوڪليوٽائيڊ ذريعي پهچندا آهن، ۽ فرار اينٽي باڊيز جي پابند ٿيڻ سان ACE2 لاڳاپن تي ڪا به وڏي قيمت نه ايندي آهي [جيئن ته خمير ڊسپلي طريقي سان ماپي ويندي آهي (7)].هر نقطو هڪ ميوٽيشن آهي، ۽ ان جي شڪل ۽ رنگ ظاهر ڪري ٿو ته ڇا ان کي رسائي ۽ وائرس جي واڌ جي دوران چونڊيو وڃي ٿو.x-axis تي وڌيڪ ساڄي هٿ جون پوائنٽون مضبوط اينٽي باڊي بائنڊنگ فرار جي نشاندهي ڪن ٿيون.y-axis تي مٿاهون پوائنٽون اعلي ACE2 لاڳاپو ظاهر ڪن ٿا.
اهو طئي ڪرڻ لاءِ ته ڇا Escape Atlas انسانن کي متاثر ڪندڙ وائرس جي ارتقا جو تجزيو ڪري سگهي ٿو، اسان هڪ مسلسل متاثر ٿيل مدافعتي ڪم ڪندڙ مريض کان گہرے تسلسل واري ڊيٽا کي جانچيو جنهن کي REGN-COV2 حاصل ڪيو ويو 145 هين ڏينهن تي COVID-19 علاج جي تشخيص کان پوءِ (16).دير سان علاج مريض جي وائرل آبادي کي جينياتي تنوع کي گڏ ڪرڻ جي اجازت ڏئي ٿو، جن مان ڪجهه مدافعتي دٻاء جي ڪري ٿي سگهي ٿو، ڇاڪاڻ ته مريض کي علاج کان اڳ ڪمزور اينٽي باڊي جو ردعمل ڪمزور آهي (16).REGN-COV2 جي انتظاميه کان پوء، RBD ۾ پنج امينو ايسڊ ميوٽيشنز جي تعدد تيزي سان تبديل ٿي وئي (شڪل 2C ۽ شڪل S4).اسان جي فرار جو نقشو ڏيکاريو ويو آهي ته انهن مان ٽي ميوٽيشنز REGN10933 فرار ٿي ويا ۽ هڪ فرار REGN10987 (شڪل 2B).اهو قابل ذڪر آهي ته اينٽي باڊي علاج کان پوء، سڀئي ميوٽيشنز مقرر ٿيل سائيٽ ڏانهن منتقل نه ڪيا ويا.ان جي برعڪس، مقابلي جو عروج ۽ زوال آهي (شڪل 2C).اهو نمونو ٻين وائرسز (17, 18) جي موافقت واري ميزبان جي اندروني ارتقا ۾ ڏٺو ويو آهي، ممڪن طور تي جينياتي آزاد سواري ۽ وائرل نسب جي وچ ۾ مقابلي جي ڪري.اهي ٻئي قوتون مسلسل انفيڪشن سان مريضن ۾ ڪردار ادا ڪندي نظر اچن ٿيون (شڪل 2C ۽ شڪل S4C): E484A (اسان جي ڊراگرام ۾ فرار جي ميوٽيشن نه آهي) ۽ F486I (فرار REGN10933) علاج کان پوءِ آزاد سواري، ۽ وائرس جو سلسلو N440D کڻي وڃي ٿو ۽ Q493K (فرار ٿيڻ REGN10987 ۽ REGN10933، ترتيب سان) پهريون مقابلو ڪيو REGN10933 Escape mutant Y489H سان، ۽ پوءِ مقابلو ڪيو نسب سان کڻڻ واري E484A ۽ F486I ۽ Q493K.
REGN-COV2 سان علاج ٿيل مريضن ۾ چار فرار ميوٽيشنز مان ٽي ريجنرن جي وائرس سيل ڪلچر جي چونڊ ۾ سڃاڻپ نه ڪيا ويا (شڪل 2B)، جيڪو مڪمل نقشي جي فائدي کي بيان ڪري ٿو.وائرس جي چونڊ نامڪمل آهي ڇاڪاڻ ته اهي صرف ڪنهن به ميوٽيشنز کي سڃاڻي سگهن ٿا جيڪي بي ترتيب طور تي چونڊيل مخصوص سيل ڪلچر تجربي ۾.ان جي برعڪس، مڪمل نقشو سڀني ميوٽيشنز کي بيان ڪري ٿو، جن ۾ شايد ميوٽيشنز شامل ٿي سگھن ٿيون جيڪي علاج سان لاڳاپيل نه آھن، پر حادثاتي طور تي اينٽي باڊي بائنڊنگ کي متاثر ڪن ٿا.
يقينن، وائرس جي ارتقاء تي اثر انداز ٿئي ٿو فنڪشنل حدون ۽ دٻاء کان بچڻ لاء اينٽي باڊيز.سيل ڪلچر ۾ چونڊيل ميوٽيشنز ۽ مريض هميشه هيٺين معيارن کي پورا ڪن ٿا: اهي اينٽي باڊي بائنڊنگ کان بچي وڃن ٿا، هڪ واحد نيوڪليوٽائڊ تبديلي ذريعي داخل ٿي سگهن ٿا، ۽ ACE2 لاڳاپن جي گھٽ يا ڪا قيمت نه آهي [خمير استعمال ڪندي ڏيکاريل اڳئين گہرے ميوٽيشنز ذريعي اسڪيننگ ماپ RBD (7) )] (شڪل 2D ۽ شڪل S5).تنهن ڪري، هڪ مڪمل نقشو ڪيئن ميوٽيشنز RBD جي اهم بايو ڪيميڪل فينوٽائپس کي متاثر ڪري ٿو (جهڙوڪ ACE ۽ اينٽي باڊي بائنڊنگ) وائرس جي ارتقا جي ممڪن رستن جو اندازو لڳائڻ لاءِ استعمال ٿي سگهي ٿو.هڪ احتياط اهو آهي ته هڪ ڊگهي ارتقائي وقت جي فريم ۾، جيئن وائرل مدافعتي ۽ منشيات جي فرار ۾ مشاهدو ڪيو ويو آهي، ايپيسٽٽيڪڪ رابطي جي ڪري، ميوٽيشنز لاء رواداري جي جاء تبديل ٿي سگهي ٿي (19-21).
مڪمل نقشو اسان کي گردش ڪرڻ واري SARS-CoV-2 ۾ موجود فرار ميوٽيشنز جو جائزو وٺڻ جي اجازت ڏئي ٿو.اسان 11 جنوري 2021 تائين سڀني دستياب انسانن مان نڪتل SARS-CoV-2 تسلسل کي چيڪ ڪيو ۽ ڏٺائون ته RBD ميوٽيشنز جو وڏو تعداد هڪ يا وڌيڪ اينٽي باڊيز کان بچي ويو (شڪل 3).جڏهن ته، صرف فرار ميوٽيشن موجود آهي> 0.1٪ جي ترتيب ۾ REGN10933 فرار ميوٽيشن Y453F [0.3٪ تسلسل جو؛ڏسو (12)], REGN10987 escape mutant N439K [1.7٪ جو تسلسل؛ڏسو تصوير 1C ۽ (22)]، ۽ LY-CoV016 فرار ميوٽيشن K417N (0.1٪ تسلسل؛ پڻ ڏسو تصوير 1C).Y453F هالينڊ ۽ ڊنمارڪ (23، 24) ۾ منڪ فارمن سان لاڳاپيل آزاد ڀڃڪڙي سان لاڳاپيل آهي.اها ڳالهه نوٽ ڪرڻ جي قابل آهي ته منڪ تسلسل پاڻ ڪڏهن ڪڏهن ٻين فرار ميوٽيشنز تي مشتمل آهي، جهڙوڪ F486L (24).N439K يورپ ۾ تمام گهڻو مشهور آهي، ۽ يورپ ۾ اسڪاٽلينڊ ۽ آئرلينڊ کان تسلسل جو هڪ وڏو حصو ٺاهي ٿو (22، 25).K417N موجود آهي B.1.351 نسب ۾ پهريون ڀيرو ڏکڻ آفريڪا ۾ دريافت ڪيو ويو (10).موجوده تشويش جو هڪ ٻيو ميوٽيشن N501Y آهي، جيڪو B.1.351 ۾ موجود آهي ۽ B.1.1.7 نسب ۾ پڻ اصل ۾ برطانيه جي سڃاڻپ آهي (9).اسان جو نقشو ڏيکاري ٿو ته N501Y جو REGN-COV2 اينٽي باڊي تي ڪو به اثر نه آهي، پر صرف LY-CoV016 تي وچولي اثر آهي (شڪل 3).
هر اينٽي باڊي يا اينٽي باڊي جي ميلاپ لاءِ، 11 جنوري 2021 تائين، GISAID (26) تي 317,866 اعليٰ معيار جي انسانن مان نڪتل SARS-CoV-2 جي ترتيبن مان، هر ميوٽيشن ۽ ان جي تعدد لاءِ فرار سکور جي وچ ۾ تعلق.اهو نشان لڳل آهي.REGN-COV2 ڪڪٽيل فرار ميوٽيشن E406W کي ووهان-هو-1 آر بي ڊي تسلسل ۾ ڪيترن ئي نيوڪليوٽائيڊ تبديلين جي ضرورت آهي، ۽ GISAID تسلسل ۾ مشاهدو نه ڪيو ويو آهي.باقي E406 (E406Q ۽ E406D) جي باقي ميوٽيشنز کي گهٽ فريڪوئنسي جي ڳڻپ سان ڏٺو ويو، پر اهي ميوٽيٽ امينو اسيد واحد نيوڪليوٽائيڊ ميوٽيشنز نه آهن جيڪي W.
جيئن توقع ڪئي وئي، فرار ميوٽيشنز عام طور تي اينٽي باڊي-آر بي ڊي انٽرفيس ۾ ٿينديون آهن.بهرحال، رڳو ساخت ئي ڪافي نه آهي ته اڳڪٿي ڪرڻ لاءِ ڪهڙن ميوٽيشنز وچولي فرار ٿي سگهن ٿيون.مثال طور، LY-CoV016 پنهنجي ڳري ۽ هلڪي زنجيرن کي استعمال ڪري ٿو هڪ وسيع ايپيٽوپ کي پابند ڪرڻ لاءِ جيڪو ACE2 بائنڊنگ مٿاڇري کي اوورليپ ڪري ٿو، پر فرار ٿيڻ واري عمل ۾ RBD جي باقيات ۾ ميوٽيشنز شامل آهن ڳري زنجير جي مڪمليت جو تعين ڪرڻ واري علائقي ۾ (شڪل 4A ۽ شڪل S6، E کان. جي).ان جي ابتڙ، REGN10933 ۽ REGN10987 کان فرار خاص طور تي اينٽي باڊي جي ڳري ۽ هلڪي زنجيرن جي انٽرفيس تي رکيل RBD جي باقيات تي واقع ٿيا (شڪل 4A ۽ شڪل S6، A کان D).E406W ميوٽيشن جيڪا بچي وئي REGN-COV2 مرکب بچيلن تي واقع ٿيا جيڪي ڪنهن به اينٽي باڊي سان رابطي ۾ نه هئا (شڪل 4، A ۽ B).جيتوڻيڪ E406 ساخت جي لحاظ کان LY-CoV016 (Figure 4B ۽ Figure S6H) جي ويجھو آهي، E406W ميوٽيشن جو اينٽي باڊي تي تمام ننڍو اثر آهي (شڪل 1، B ۽ C)، اهو ظاهر ڪري ٿو ته مخصوص ڊگھي رينج جو ساخت وارو ميڪانيزم مخالف REGN آهي. - COV2 اينٽي باڊي (شڪل S6I).تت ۾، اينٽي باڊيز سان رابطي ۾ آر بي ڊي جي باقيات ۾ ميوٽيشنز هميشه فرار ٿيڻ ۾ ثالثي نه ڪندا آهن، ۽ ڪجهه اهم فرار ميوٽيشنز باقي بچيل آهن جيڪي اينٽي باڊيز سان رابطي ۾ نه هوندا آهن (شڪل 4B ۽ شڪل S6، D ۽ G).
(الف) فرار ٿيل ڊراگرام آر بي ڊي جي جوڙجڪ تي پيش ڪيل اينٽي باڊي طرفان پابند آهي.[REGN10933 ۽ REGN10987: پروٽين ڊيٽابيس (PDB) ID 6XDG (11)؛LY-CoV016: PDB ID 7C01 (13)].اينٽي باڊي جي ڳري ۽ هلڪي زنجيرن جي متغير ڊومينز کي نيري ڪارٽون طور ڏيکاريو ويو آهي، ۽ آر بي ڊي جي مٿاڇري تي رنگ هن سائيٽ تي ميوٽيشن جي وچولي فرار جي طاقت کي ظاهر ڪري ٿو (اڇو اشارو نه ٿو فرار، ۽ ڳاڙهي ظاهر ڪري ٿو مضبوط ترين. اينٽي باڊي يا مرکب جي فرار واري سائيٽ).سائيٽون جيڪي فنڪشنل طور تي ميوٽيٽ ٿيل نه آهن گرين آئوٽ آهن.(ب) هر اينٽي باڊي لاءِ، سائيٽ کي سڌي طرح اينٽي باڊي رابطي جي طور تي درجه بندي ڪريو (اينٽي باڊي جي 4Å اندر غير هائيڊروجن ايٽمس)، پروڪسمل اينٽي باڊي (4 کان 8Å) يا ڊسٽل اينٽي باڊي (> 8Å).هر پوائنٽ هڪ سائيٽ جي نمائندگي ڪري ٿو، فرار ٿيڻ (ڳاڙهو) يا غير فرار (ڪارو) ۾ ورهايل آهي.گرين ڊيش ٿيل لڪير ان نازڪ قدر جي نمائندگي ڪري ٿي جيڪا سائيٽ کي فرار يا غير فرار جي طور تي درجه بندي ڪرڻ لاءِ استعمال ڪئي ويندي آهي (تفصيل لاءِ، مواد ۽ طريقا ڏسو).ڳاڙهي ۽ ڪارا انگ ظاهر ڪن ٿا ته هر ڪيٽيگريءَ ۾ ڪيتريون سائيٽون بچيل يا اڻڄاتل آهن.
هن مطالعي ۾، اسان ميوٽيشنز کي مڪمل طور تي نقشو ڪيو آهي جيڪي ٽن وڏين اينٽي SARS-CoV-2 اينٽي باڊيز کان پاسو ڪن ٿا.اهي نقشا ظاهر ڪن ٿا ته فرار ميوٽيشنز جي پوئين خاصيت نامڪمل آهي.نه ته واحد امينو ايسڊ ميوٽيشنز جيڪي REGN-COV2 ڪاڪٽيل ۾ ٻن اينٽي باڊيز کان بچي سگھن ٿيون، انهن جي نشاندهي نه ڪئي وئي آهي، ۽ نه ئي انهن اڪثريت جي نشاندهي ڪئي آهي مسلسل انفيڪشن جي مريضن جي اڪثريت جو علاج ڪيو ويو ڪاڪٽيل سان.ميوٽيشنيقينن، اسان جو نقشو اڃا تائين سڀ کان وڌيڪ دٻاء واري سوال جو جواب نه ڏنو آهي: ڇا SARS-CoV-2 انهن اينٽي باڊيز لاء وسيع مزاحمت پيدا ڪندو؟پر ڇا پڪ آهي ته اها پريشان ڪندڙ آهي ته ڪيتريون ئي فرار ميوٽيشنز آر بي ڊي فولڊنگ يا ريسيپٽر لاڳاپن تي ٿورو اثر رکن ٿيون، ۽ گردش ڪندڙ وائرس ۾ اڳ ۾ ئي ڪجهه گهٽ سطحي ميوٽيشنز موجود آهن.آخر ۾، اهو انتظار ڪرڻ ۽ مشاهدو ڪرڻ ضروري آهي ته SARS-CoV-2 ڪهڙي ميوٽيشنز کي منتقل ڪندو جڏهن اهو آبادي ۾ پکڙجي ويندو.اسان جو ڪم "مشاهدو" ۾ مدد ڪندو فوري طور تي وائرل جينوم نگراني طرفان درجه بندي ميوٽيشنز جي اثر جي وضاحت ڪندي.
هي هڪ کليل رسائي آرٽيڪل آهي جنهن کي Creative Commons Attribution License جي شرطن تحت ورهايو ويو آهي.آرٽيڪل ڪنهن به وچولي ۾ غير محدود استعمال، ورڇ، ۽ ٻيهر پيداوار جي اجازت ڏئي ٿو ان شرط جي تحت ته اصل ڪم صحيح طور تي نقل ڪيو ويو آهي.
نوٽ: اسان صرف توهان کان پڇون ٿا ته توهان جو اي ميل پتو مهيا ڪريو ته جيئن توهان صفحي ڏانهن سفارش ڪندڙ شخص کي خبر پوي ته توهان چاهيو ٿا ته اهي اي ميل ڏسڻ ۽ اهو اسپام نه آهي.اسان ڪنهن به اي ميل پتي تي قبضو نه ڪنداسين.
هي سوال استعمال ڪيو ويندو آهي جانچڻ لاءِ ته ڇا توهان گهمڻ وارا آهيو ۽ خودڪار اسپام جمع ڪرائڻ کي روڪيو.
ٽائلر اين اسٽار، ايليسن جي گريني، امين اڊيٽيا، وليم ڊبليو هينن، منش سي. چوڌري (منيش سي. چوڌري)، آدم ايس ڊينگس (آدم ايس.
SARS-CoV-2 ميوٽيشنز جو مڪمل نقشو جيڪو ريگينرون مونوڪلونل اينٽي باڊي مرکب کان بچي ٿو مريضن جي علاج ۾ وائرس جي ارتقا جي وضاحت ڪرڻ ۾ مدد ڪري ٿو.
ٽائلر اين اسٽار، ايليسن جي گريني، امين اڊيٽيا، وليم ڊبليو هينن، منش سي. چوڌري (منيش سي. چوڌري)، آدم ايس ڊينگس (آدم ايس.
SARS-CoV-2 ميوٽيشنز جو مڪمل نقشو جيڪو ريگينرون مونوڪلونل اينٽي باڊي مرکب کان بچي ٿو مريضن جي علاج ۾ وائرس جي ارتقا جي وضاحت ڪرڻ ۾ مدد ڪري ٿو.
©2021 آمريڪن ايسوسيئيشن فار دي ايڊوانسمينٽ آف سائنس.سڀ حق محفوظ آهن.AAAS HINARI، AGORA، OARE، CHORUS، CLOCKSS، CrossRef ۽ COUNTER.Science ISSN 1095-9203 جو شريڪ آھي.
پوسٽ جو وقت: فيبروري-24-2021