கோவிட்-19 சிகிச்சைக்கான சிகிச்சையாக பல ஆன்டிபாடிகள் ஏற்கனவே பயன்பாட்டில் உள்ளன அல்லது வளர்ச்சியில் உள்ளன.கடுமையான கடுமையான சுவாச நோய்க்குறி கொரோனா வைரஸ் 2 (SARS-CoV-2) இன் புதிய வகைகளின் தோற்றத்துடன், அவை இன்னும் ஆன்டிபாடி சிகிச்சைக்கு எளிதில் பாதிக்கப்படுமா என்பதைக் கணிப்பது முக்கியம்.ஸ்டார் மற்றும் பலர்.ஒரு ஈஸ்ட் லைப்ரரி பயன்படுத்தப்பட்டது, இது SARS-CoV-2 ஏற்பி பிணைப்பு களத்தில் உள்ள அனைத்து பிறழ்வுகளையும் உள்ளடக்கியது, இது ஹோஸ்ட் ரிசெப்டருடன் (ACE2) பிணைப்பை கடுமையாக சீர்குலைக்காது, மேலும் இந்த பிறழ்வுகள் மூன்று முக்கிய SARS-CoV எதிர்ப்புகளை எவ்வாறு பாதிக்கின்றன என்பதை வரைபடமாக்குகிறது. -2 ஆன்டிபாடி பிணைப்பு.ரெஜெனெரான் ஆன்டிபாடி கலவையில் உள்ள இரண்டு ஆன்டிபாடிகளிலிருந்து தப்பிக்கும் ஒற்றை பிறழ்வுகள் உட்பட, ஆன்டிபாடி பிணைப்பிலிருந்து தப்பிக்கும் பிறழ்வுகளை இந்த புள்ளிவிவரங்கள் அடையாளம் காண்கின்றன.ஒற்றை ஆன்டிபாடியிலிருந்து தப்பிக்கும் பல பிறழ்வுகள் மனிதர்களில் பரவுகின்றன.
ஆன்டிபாடிகள் கடுமையான கடுமையான சுவாச நோய்க்குறியான கொரோனா வைரஸ் 2 (SARS-CoV-2) சிகிச்சைக்கான சாத்தியமான சிகிச்சையாகும், ஆனால் அவற்றின் ஆபத்திலிருந்து தப்பிக்க வைரஸ் உருவாகிறது என்பது தெளிவாக இல்லை.SARS-CoV-2 ஏற்பி பிணைப்பு டொமைனில் (RBD) உள்ள அனைத்து பிறழ்வுகளும் REGN-COV2 காக்டெய்லை LY-CoV016 ஆன்டிபாடியுடன் பிணைப்பதை எவ்வாறு பாதிக்கிறது என்பதை இங்கே வரைபடமாக்குகிறோம்.இந்த முழுமையான வரைபடங்கள் REGN-COV2 கலவையை முற்றிலுமாகத் தவிர்க்கும் ஒரு அமினோ அமில மாற்றத்தை வெளிப்படுத்தியது, இது இரண்டு ஆன்டிபாடிகள் REGN10933 மற்றும் REGN10987 ஆகியவற்றால் ஆனது, அவை வெவ்வேறு கட்டமைப்பு எபிடோப்களை குறிவைக்கின்றன.இந்த புள்ளிவிவரங்கள் REGN-COV2 உடன் தொடர்ந்து பாதிக்கப்பட்ட நோயாளிகள் மற்றும் இன் விட்ரோ வைரஸ் தப்பிக்கும் தேர்வின் போது தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட வைரஸ் பிறழ்வுகளையும் அடையாளம் காட்டுகிறது.இறுதியாக, இந்த புள்ளிவிவரங்கள் ஒற்றை ஆன்டிபாடியிலிருந்து தப்பிக்கும் பிறழ்வுகள் ஏற்கனவே SARS-CoV-2 விகாரங்களில் உள்ளன என்பதை வெளிப்படுத்துகின்றன.இந்த முழுமையான தப்பிக்கும் வரைபடங்கள் வைரஸ் கண்காணிப்பின் போது காணப்பட்ட பிறழ்வுகளின் விளைவுகளை விளக்க முடியும்.
கடுமையான கடுமையான சுவாச நோய்க்குறி கொரோனா வைரஸ் 2 (SARS-CoV-2) (1) க்கு சிகிச்சையளிக்க ஆன்டிபாடிகள் உருவாக்கப்படுகின்றன.பாதிக்கப்பட்ட நோயாளிகளுக்கு (2, 3) சிகிச்சையின் போது தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட வைரஸ் பிறழ்வுகள் அல்லது முழு வைரஸ் கிளேடுக்கும் எதிர்ப்பை வழங்குவதற்காக உலகளவில் பரவியுள்ள வைரஸ் பிறழ்வுகள் மூலம் சில பிற வைரஸ்களுக்கு எதிரான ஆன்டிபாடிகள் பயனற்றதாக இருக்கும்.எனவே, எந்த SARS-CoV-2 பிறழ்வுகள் முக்கிய ஆன்டிபாடிகளில் இருந்து தப்பிக்க முடியும் என்பதை தீர்மானிப்பது வைரஸ் கண்காணிப்பின் போது காணப்பட்ட பிறழ்வுகள் ஆன்டிபாடி சிகிச்சையின் செயல்திறனை எவ்வாறு பாதிக்கிறது என்பதை மதிப்பிடுவதற்கு முக்கியமானது.
பெரும்பாலான முன்னணி SARS-CoV-2 ஆன்டிபாடிகள் வைரஸ் ஏற்பி பிணைப்பு டொமைனை (RBD) குறிவைக்கின்றன, இது ஆஞ்சியோடென்சின் மாற்றும் நொதி 2 (ACE2) ஏற்பி (5, 6) உடன் பிணைப்பை மத்தியஸ்தம் செய்கிறது.சமீபத்தில், RBD இன் அனைத்து பிறழ்வுகளும் வைரஸ் எதிர்ப்பு ஆன்டிபாடிகள் (7, 8) மூலம் அதன் செயல்பாடு மற்றும் அங்கீகாரத்தை எவ்வாறு பாதிக்கின்றன என்பதை வரைபடமாக்க ஆழமான பிறழ்வு ஸ்கேனிங் முறையை உருவாக்கியுள்ளோம்.RBD மரபுபிறழ்ந்தவர்களின் நூலகத்தை உருவாக்குவது, ஈஸ்டின் மேற்பரப்பில் அவற்றை வெளிப்படுத்துவது மற்றும் ஒவ்வொரு பிறழ்வும் RBD மடிப்பு, ACE2 தொடர்பு (ஒரு டைட்ரேஷன் தொடரில் அளவிடப்படுகிறது) மற்றும் ஆன்டிபாடி பிணைப்பை எவ்வாறு பாதிக்கிறது என்பதைக் கணக்கிடுவதற்கு ஒளிரும்-செயல்படுத்தப்பட்ட செல் வரிசையாக்கம் மற்றும் ஆழமான வரிசைமுறை ஆகியவற்றைப் பயன்படுத்துவதை இந்த முறை உள்ளடக்கியது. (படம் S1A).இந்த ஆய்வில், 3819 சாத்தியமான அமினோ அமில பிறழ்வுகளில் 3804 ஐ உள்ளடக்கிய பார்கோடு செய்யப்பட்ட RBD மாறுபாடுகளால் ஆனது (7) இல் விவரிக்கப்பட்டுள்ள மீண்டும் மீண்டும் வரும் பிறழ்வு நூலகத்தைப் பயன்படுத்தினோம்.எங்கள் நூலகம் ஆரம்பகால தனிமைப்படுத்தப்பட்ட வுஹான்-ஹு-1 இன் RBD மரபணு பின்னணியில் இருந்து தயாரிக்கப்பட்டது.பல மரபுபிறழ்ந்தவர்களின் அதிர்வெண் அதிகரித்துக் கொண்டிருந்தாலும், அவை இன்னும் பொதுவான RBD வரிசைகளைக் குறிக்கின்றன (9, 10).REGN-COV2 காக்டெய்ல் (REGN10933 மற்றும் REGN10987) (11, 12) மற்றும் எலி லில்லியின் LY-CoV016 படிவத்தை எவ்வாறு அனுப்புவது (7) RBD மடிப்பு மற்றும் ACE பிணைப்பை கடுமையாக சீர்குலைக்காத 2034 பிறழ்வுகளில் இரண்டை நாங்கள் வரைந்துள்ளோம். ஆன்டிபாடி ஆன்டிபாடியை பிணைக்கும் முறையை பாதிக்கிறது (CB6 அல்லது JS016 என்றும் அழைக்கப்படுகிறது) (13) (படம் S1B).REGN-COV2 க்கு சமீபத்தில் COVID-19 (14) க்கான அவசரகால பயன்பாட்டு அங்கீகாரம் வழங்கப்பட்டது, அதே நேரத்தில் LY-CoV016 தற்போது 3 ஆம் கட்ட மருத்துவ பரிசோதனைகளுக்கு உட்பட்டுள்ளது (15).
[Glu406→Trp(E406W)] இரண்டு ஆன்டிபாடிகளின் கலவையிலிருந்து வலுவாக தப்பித்தது (படம் 1A).LY-CoV016 இன் தப்பிக்கும் வரைபடம் RBD இல் உள்ள பல்வேறு தளங்களில் பல தப்பிக்கும் பிறழ்வுகளை வெளிப்படுத்தியது (படம் 1B).ஈஸ்ட்-டிஸ்ப்ளே செய்யப்பட்ட RBD ஐப் பயன்படுத்தி ஆழமான பிறழ்வு ஸ்கேனிங்கின் முந்தைய அளவீடுகளின்படி, சில தப்பிக்கும் பிறழ்வுகள் ACE2 உடன் பிணைக்க அல்லது சரியான முறையில் மடிந்த வடிவத்தில் வெளிப்படுத்தும் RBD இன் திறனைக் குறைக்கலாம் என்றாலும், பல செயல்பாட்டு பிறழ்வுகள் இந்த செயல்பாட்டு பண்புகளில் சிறிய அல்லது எந்த விளைவையும் ஏற்படுத்தாது. ) (படம் 1, A மற்றும் B ஆகியவை ACE2 உறவின் இழப்பைக் குறிக்கின்றன, அதே நேரத்தில் படம் S2 RBD வெளிப்பாட்டின் குறைவைக் குறிக்கிறது.
(A) REGN-COV2 இல் ஆன்டிபாடியை மேப்பிங் செய்தல்.இடதுபுறத்தில் உள்ள வரி வரைபடம் RBD இல் உள்ள ஒவ்வொரு தளத்திலும் தப்பிப்பதைக் காட்டுகிறது (ஒவ்வொரு தளத்திலும் உள்ள அனைத்து பிறழ்வுகளின் கூட்டுத்தொகை).வலதுபுறத்தில் உள்ள லோகோ படம் வலுவான தப்பிக்கும் இடத்தைக் காட்டுகிறது (ஊதா அடிக்கோடு).ஒவ்வொரு எழுத்தின் உயரமும் அமினோ அமில மாற்றத்தால் மத்தியஸ்தம் செய்யப்பட்ட தப்பிக்கும் வலிமைக்கு விகிதாசாரமாகும், மேலும் ஒவ்வொரு பிறழ்வுக்கும் 1 என்ற "எஸ்கேப் ஸ்கோர்" ஒரு முழுமையான தப்பிப்பிற்கு ஒத்திருக்கிறது.ஒவ்வொரு வரிசைக்கும் y-அச்சு அளவு வேறுபட்டது, எனவே, எடுத்துக்காட்டாக, E406W அனைத்து REGN ஆன்டிபாடிகளிலிருந்தும் தப்பிக்கிறது, ஆனால் காக்டெய்ல்களுக்கு இது மிகவும் வெளிப்படையானது, ஏனெனில் இது தனிப்பட்ட ஆன்டிபாடிகளின் பிற தப்பிக்கும் தளங்களால் அதிகமாக உள்ளது.அளவிடக்கூடிய பதிப்பிற்கு, S2, A மற்றும் B, மடிந்த RBDயின் வெளிப்பாட்டை பிறழ்வுகள் எவ்வாறு பாதிக்கின்றன என்பதன் மூலம் வரைபடத்தை வண்ணமயமாக்கப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன.S2, C மற்றும் D ஆகியவை ACE2 தொடர்பு மற்றும் RBD வெளிப்பாட்டின் மீதான செல்வாக்கை பரவும் வைரஸ் தனிமைப்படுத்தல்களில் காணப்பட்ட அனைத்து பிறழ்வுகளிலும் விநியோகிக்கப் பயன்படுகிறது.(B) (A) இல் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, LY-CoV016 ஐ வரையவும்.(C) நடுநிலைப்படுத்தல் மதிப்பீட்டில் முக்கிய பிறழ்வுகளை சரிபார்க்க ஸ்பைக்-போலி வகை லென்டிவைரல் துகள்களைப் பயன்படுத்தவும்.புழக்கத்தில் உள்ள SARS-CoV-2 ஐசோலேட்டுகளில் (N439K போன்றவை) அதிக தாக்கத்தை ஏற்படுத்தும் அல்லது அதிக அதிர்வெண்ணில் இருக்கும் பிறழ்வுகளைச் சரிபார்க்க நாங்கள் தேர்வு செய்துள்ளோம்.ஒவ்வொரு புள்ளியும் D614G கொண்ட மாற்றப்படாத காட்டு-வகையின் (WT) உச்சத்துடன் தொடர்புடைய பிறழ்வின் சராசரி தடுப்பு செறிவின் (IC50) மடங்கு அதிகரிப்பைக் குறிக்கிறது.நீல நிற கோடு 1 ஆனது WT போன்ற ஒரு நடுநிலைப்படுத்தல் விளைவைக் குறிக்கிறது, மேலும் மதிப்பு> 1 என்பது அதிகரித்த நடுநிலைப்படுத்தல் எதிர்ப்பைக் குறிக்கிறது.புள்ளியின் நிறம் நீங்கள் வரைபடத்திலிருந்து தப்பிக்க விரும்புகிறீர்களா என்பதைக் குறிக்கிறது.புள்ளிகள் IC50 பயன்படுத்தப்படும் நீர்த்த தொடருக்கு வெளியே இருப்பதால், பல மாற்றம் சரிபார்க்கப்பட்டது (மேல் அல்லது கீழ் வரம்பு).பெரும்பாலான மரபுபிறழ்ந்தவர்கள் நகலில் சோதிக்கப்படுகிறார்கள், எனவே இரண்டு புள்ளிகள் உள்ளன.முழுமையான நடுநிலைப்படுத்தல் வளைவு படம் 2. S3 இல் காட்டப்பட்டுள்ளது.அமினோ அமில எச்சங்களின் ஒரு எழுத்து சுருக்கங்கள் பின்வருமாறு: A, Ala;சி, சிஸ்டைன்;D, Asp;E, Glu;F, Phe;ஜி, கிளை;எச், அவரது;நான், இலே;கே, லைசின்;எல், லியு;மெட்ரோபோலிஸ் என், அசென்;பி, புரோ;கே, Gln;ஆர், ஆர்க்;எஸ், சேர்;T, Thr;வி, வால்;டபிள்யூ, டிரிப்டோபன்;மற்றும் ஒய், டைர்.
முக்கிய பிறழ்வுகளின் ஆன்டிஜெனிக் விளைவைச் சரிபார்க்க, பேனிகல் சூடோடைப் செய்யப்பட்ட லென்டிவைரல் துகள்களைப் பயன்படுத்தி நடுநிலைப்படுத்தல் மதிப்பீட்டைச் செய்தோம், மேலும் ஆன்டிபாடி பிணைப்பு தப்பிக்கும் வரைபடத்திற்கும் நடுநிலைப்படுத்தல் மதிப்பீட்டிற்கும் இடையே ஒரு நிலைத்தன்மை இருப்பதைக் கண்டறிந்தோம் (படம் 1 சி மற்றும் படம் எஸ் 3).REGN-COV2 ஆன்டிபாடி வரைபடத்திலிருந்து எதிர்பார்த்தபடி, நிலை 486 இல் உள்ள பிறழ்வு REGN10933 ஆல் மட்டுமே நடுநிலைப்படுத்தப்படுகிறது, அதே நேரத்தில் 439 மற்றும் 444 நிலைகளில் உள்ள பிறழ்வு REGN10987 ஆல் மட்டுமே நடுநிலைப்படுத்தப்படுகிறது, எனவே இந்த பிறழ்வுகள் தப்பிக்க முடியாது.ஆனால் E406W இரண்டு REGN-COV2 ஆன்டிபாடிகளில் இருந்து தப்பித்தது, எனவே அது கலவையிலிருந்து வலுவாக தப்பித்தது.கட்டமைப்பு பகுப்பாய்வு மற்றும் வைரஸ் தப்பிக்கும் தேர்வு மூலம், காக்டெய்லில் உள்ள இரண்டு ஆன்டிபாடிகளிலிருந்து எந்த ஒரு அமினோ அமில பிறழ்வும் தப்பிக்க முடியாது என்று ரெஜெனெரான் நம்புகிறார் (11, 12), ஆனால் எங்கள் முழு வரைபடம் E406W ஐ காக்டெய்ல் தப்பிக்கும் பிறழ்வாக அடையாளம் காட்டுகிறது.E406W ஆனது REGN-COV2 ஆன்டிபாடியை ஒப்பீட்டளவில் குறிப்பிட்ட முறையில் பாதிக்கிறது, மேலும் RBD இன் செயல்பாட்டில் தீவிரமாக தலையிடாது, ஏனெனில் இது LY-CoV016 (படம் 1C) மற்றும் ஸ்பைக் செய்யப்பட்ட போலி வகை லென்டிவைரல் துகள்களின் டைட்டரை மட்டும் சிறிது குறைக்கிறது (படம் S3F).
எங்கள் தப்பிக்கும் வரைபடம் ஆன்டிபாடி தேர்வின் கீழ் வைரஸ்களின் பரிணாம வளர்ச்சியுடன் ஒத்துப்போகிறதா என்பதை ஆராய்வதற்காக, ரெஜெனெரான் வைரஸ் எஸ்கேப் தேர்வு பரிசோதனையின் தரவை நாங்கள் முதலில் சரிபார்த்தோம், இதில் எக்ஸ்பிரஷன் ஸ்பைக் எந்த REGN10933 முன்னிலையில் செல் கலாச்சாரத்தில் வளர்க்கப்பட்டது. ஸ்டோமாடிடிஸ் வைரஸ் (VSV), REGN10987 அல்லது REGN-COV2 காக்டெய்ல் (12).இந்த வேலை REGN10933 இலிருந்து ஐந்து தப்பிக்கும் பிறழ்வுகளை அடையாளம் கண்டுள்ளது, REGN10987 இலிருந்து இரண்டு தப்பிக்கும் பிறழ்வுகள் மற்றும் காக்டெய்லில் இருந்து பிறழ்வுகள் இல்லை (படம் 2A).ஏழு செல் கலாச்சாரங்களால் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட பிறழ்வுகள் எங்கள் தப்பிக்கும் வரைபடத்தில் சிறப்பிக்கப்பட்டுள்ளன, மேலும் வுஹான்-ஹு-1 RBD வரிசையில் காட்டு-வகை கோடானின் ஒற்றை-நியூக்ளியோடைடு மாற்றமும் அணுகக்கூடியது (படம் 2B), இது தப்பிக்கும் ஒத்திசைவுகளுக்கு இடையிலான வேறுபாட்டைக் குறிக்கிறது. செல் கலாச்சாரத்தில் ஆன்டிபாடி அழுத்தத்தின் கீழ் வரைபடம் மற்றும் வைரஸ் பரிணாமம்.ஒற்றை நியூக்ளியோடைடு மாற்றங்களால் E406W ஐ அணுக முடியாது என்பது குறிப்பிடத்தக்கது, இது RBD மடிப்பு மற்றும் ACE2 தொடர்பின் ஒப்பீட்டளவில் நல்ல சகிப்புத்தன்மை இருந்தபோதிலும் Regeneron காக்டெய்ல் தேர்வு அதை ஏன் அடையாளம் காண முடியாது என்பதை விளக்கலாம்.
(A) ஆன்டிபாடிகள் முன்னிலையில், செல் கலாச்சாரத்தில் வைரஸ் தப்பிக்கும் பிறழ்வுகளைத் தேர்ந்தெடுக்க ரெஜெனெரான் பேனிகல் சூடோடைப் VSV ஐப் பயன்படுத்துகிறது (12).(B) படம் 1A இல் காட்டப்பட்டுள்ளபடி தப்பிக்கும் வரைபடம், ஆனால் வுஹான்-ஹூ-1 வரிசையில் ஒரு நியூக்ளியோடைடு மாற்றத்தால் அணுகக்கூடிய பிறழ்வுகளை மட்டுமே காட்டுகிறது.சாம்பல் அல்லாதது செல் கலாச்சாரம் (சிவப்பு), மற்றும் பாதிக்கப்பட்ட நோயாளிகள் (நீலம்) அல்லது இரண்டிலும் (ஊதா) பிறழ்வுகளைக் குறிக்கிறது.ACE2 தொடர்பு அல்லது RBD வெளிப்பாட்டை பிறழ்வுகள் எவ்வாறு பாதிக்கின்றன என்பதன் மூலம் இந்த வரைபடங்களை படம் S5 காட்டுகிறது.(C) நோய்த்தொற்றின் 145 வது நாளில் REGN-COV2 உடன் சிகிச்சையளிக்கப்பட்ட நோயாளிகளுக்கு RBD பிறழ்வின் இயக்கவியல் (கருப்பு புள்ளியிடப்பட்ட செங்குத்து கோடு).E484A மற்றும் F486I இடையேயான இணைப்பின் அதிர்வெண் அதிகரித்தது, ஆனால் E484A ஒரு தப்பிக்கும் பிறழ்வு அல்ல என்பதால், இது மற்ற பேனல்களில் காட்டப்படவில்லை.படத்தையும் பார்க்கவும்.S4.(D) செல் கலாச்சாரம் மற்றும் பாதிக்கப்பட்ட நோயாளிகளில் ஏற்படும் தப்பிக்கும் பிறழ்வுகளை ஒரு நியூக்ளியோடைடு மூலம் அணுக முடியும், மேலும் தப்பிக்கும் ஆன்டிபாடிகளின் பிணைப்பு ACE2 தொடர்புக்கு எந்த பெரிய செலவையும் ஏற்படுத்தாது [ஈஸ்ட் காட்சி முறையால் அளவிடப்படுகிறது (7)].ஒவ்வொரு புள்ளியும் ஒரு பிறழ்வு ஆகும், மேலும் அதன் வடிவம் மற்றும் வண்ணம் வைரஸ் வளர்ச்சியின் போது அதை அணுகி தேர்ந்தெடுக்க முடியுமா என்பதைக் குறிக்கிறது.x-அச்சில் உள்ள வலது கை புள்ளிகள் வலுவான ஆன்டிபாடி பிணைப்பு தப்பிப்பதைக் குறிக்கிறது;y-அச்சின் உயர் புள்ளிகள் அதிக ACE2 தொடர்பைக் குறிக்கின்றன.
எஸ்கேப் அட்லஸ் மனிதர்களைத் தாக்கும் வைரஸ்களின் பரிணாமத்தை பகுப்பாய்வு செய்ய முடியுமா என்பதைத் தீர்மானிக்க, கோவிட்-19 சிகிச்சை (16) கண்டறியப்பட்ட 145 வது நாளில் REGN-COV2 ஐப் பெற்ற, தொடர்ந்து பாதிக்கப்பட்ட நோயெதிர்ப்பு குறைபாடுள்ள நோயாளியின் ஆழமான வரிசைமுறைத் தரவை நாங்கள் ஆய்வு செய்தோம்.தாமதமான சிகிச்சையானது நோயாளியின் வைரஸ் மக்கள்தொகையை மரபணு வேறுபாட்டைக் குவிக்க அனுமதிக்கிறது, அவற்றில் சில நோயெதிர்ப்பு அழுத்தத்தால் இயக்கப்படலாம், ஏனெனில் நோயாளிக்கு சிகிச்சைக்கு முன் பலவீனமான தன்னியக்க ஆன்டிபாடி எதிர்வினை உள்ளது (16).REGN-COV2 இன் நிர்வாகத்திற்குப் பிறகு, RBD இல் ஐந்து அமினோ அமில பிறழ்வுகளின் அதிர்வெண் வேகமாக மாறியது (படம் 2C மற்றும் படம் S4).இந்த மூன்று பிறழ்வுகள் REGN10933 மற்றும் ஒன்று REGN10987 (படம் 2B) தப்பியதை எங்கள் தப்பிக்கும் வரைபடம் காட்டியது.ஆன்டிபாடி சிகிச்சைக்குப் பிறகு, அனைத்து பிறழ்வுகளும் நிலையான தளத்திற்கு மாற்றப்படவில்லை என்பது கவனிக்கத்தக்கது.மாறாக, போட்டியின் ஏற்றமும் வீழ்ச்சியும் உள்ளது (படம் 2C).பிற வைரஸ்களின் (17, 18) தகவமைப்பு புரவலர்களின் உள் பரிணாம வளர்ச்சியில் இந்த முறை காணப்பட்டது, இது மரபணு இலவச-சவாரி மற்றும் வைரஸ் பரம்பரைகளுக்கு இடையிலான போட்டியின் காரணமாக இருக்கலாம்.இந்த இரண்டு சக்திகளும் தொடர்ந்து நோய்த்தொற்று உள்ள நோயாளிகளில் ஒரு பங்கைக் கொண்டிருப்பதாகத் தெரிகிறது (படம் 2C மற்றும் படம் S4C): E484A (எங்கள் வரைபடத்தில் ஒரு தப்பிக்கும் பிறழ்வு அல்ல) மற்றும் F486I (எஸ்கேப் REGN10933) சிகிச்சைக்குப் பிறகு இலவச சவாரி, மற்றும் வைரஸ் பரம்பரைகள் N440D மற்றும் Q493K (முறையே REGN10987 மற்றும் REGN10933 தப்பித்தல்) முதலில் REGN10933 எஸ்கேப் விகாரி Y489H உடன் போட்டியிட்டது, பின்னர் E484A மற்றும் F486I மற்றும் Q493K ஆகியவற்றைக் கொண்டு செல்லும் பரம்பரையுடன் போட்டியிட்டது.
REGN-COV2 உடன் சிகிச்சையளிக்கப்பட்ட நோயாளிகளின் நான்கு தப்பிக்கும் பிறழ்வுகளில் மூன்று, ரெஜெனெரானின் வைரஸ் செல் கலாச்சாரத் தேர்வில் (படம் 2B) அடையாளம் காணப்படவில்லை, இது முழுமையான வரைபடத்தின் நன்மையை விளக்குகிறது.வைரஸ் தேர்வு முழுமையடையாது, ஏனெனில் குறிப்பிட்ட செல் கலாச்சார பரிசோதனையில் தோராயமாக தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட எந்த பிறழ்வுகளையும் மட்டுமே அவர்களால் அடையாளம் காண முடியும்.மாறாக, முழுமையான வரைபடம் அனைத்து பிறழ்வுகளையும் குறிப்பிடுகிறது, இதில் சிகிச்சையுடன் தொடர்பில்லாத காரணங்களால் ஏற்படும் பிறழ்வுகளும் அடங்கும், ஆனால் தற்செயலாக ஆன்டிபாடி பிணைப்பை பாதிக்கிறது.
நிச்சயமாக, வைரஸ்களின் பரிணாமம் செயல்பாட்டு வரம்புகள் மற்றும் ஆன்டிபாடிகளைத் தவிர்ப்பதற்கான அழுத்தத்தால் பாதிக்கப்படுகிறது.உயிரணுக் கலாச்சாரத்தில் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட பிறழ்வுகள் மற்றும் நோயாளிகள் எப்பொழுதும் பின்வரும் அளவுகோல்களை சந்திக்கிறார்கள்: அவை ஆன்டிபாடி பிணைப்பிலிருந்து தப்பித்து, ஒரு நியூக்ளியோடைடு மாற்றத்தின் மூலம் நுழைய முடியும், மேலும் ACE2 தொடர்புக்கு சிறிதளவு அல்லது செலவே இல்லை. )] (படம் 2D மற்றும் படம் S5).எனவே, RBD இன் முக்கிய உயிர்வேதியியல் பினோடைப்களை (ACE மற்றும் ஆன்டிபாடி பிணைப்பு போன்றவை) பிறழ்வுகள் எவ்வாறு பாதிக்கின்றன என்பதற்கான முழுமையான வரைபடம் வைரஸ் பரிணாமத்திற்கான சாத்தியமான பாதைகளை மதிப்பிடுவதற்குப் பயன்படுத்தப்படலாம்.ஒரு எச்சரிக்கை என்னவென்றால், ஒரு நீண்ட பரிணாம கால கட்டத்தில், வைரஸ் நோய் எதிர்ப்பு சக்தி மற்றும் போதைப்பொருள் தப்பிக்கும் போது, எபிஸ்டேடிக் இடைவினைகள் காரணமாக, பிறழ்வுகளுக்கான சகிப்புத்தன்மை இடம் மாறலாம் (19-21).
புழக்கத்தில் இருக்கும் SARS-CoV-2 இல் இருக்கும் தப்பிக்கும் பிறழ்வுகளை மதிப்பீடு செய்ய முழுமையான வரைபடம் நம்மை அனுமதிக்கிறது.ஜனவரி 11, 2021 இல் கிடைக்கக்கூடிய அனைத்து மனிதனால் பெறப்பட்ட SARS-CoV-2 வரிசைகளையும் நாங்கள் சரிபார்த்தோம், மேலும் அதிக எண்ணிக்கையிலான RBD பிறழ்வுகள் ஒன்று அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட ஆன்டிபாடிகளிலிருந்து தப்பியதைக் கண்டறிந்தோம் (படம் 3).இருப்பினும், வரிசையின் 0.1% இல் இருக்கும் ஒரே தப்பிக்கும் பிறழ்வு REGN10933 எஸ்கேப் விகாரி Y453F [0.3% வரிசை;பார்க்க (12)], REGN10987 எஸ்கேப் விகாரி N439K [வரிசையின் 1.7%;படம் 1C மற்றும் (22)], மற்றும் LY-CoV016 தப்பிக்கும் பிறழ்வு K417N (0.1% வரிசை; படம் 1C ஐயும் பார்க்கவும்).Y453F நெதர்லாந்து மற்றும் டென்மார்க்கில் உள்ள மிங்க் பண்ணைகள் தொடர்பான சுயாதீன வெடிப்புகளுடன் தொடர்புடையது (23, 24);மின்க் வரிசையே சில சமயங்களில் F486L (24) போன்ற பிற தப்பிக்கும் பிறழ்வுகளைக் கொண்டுள்ளது என்பது குறிப்பிடத்தக்கது.N439K ஐரோப்பாவில் மிகவும் பிரபலமாக உள்ளது, மேலும் ஐரோப்பாவில் உள்ள ஸ்காட்லாந்து மற்றும் அயர்லாந்தின் வரிசையின் பெரும்பகுதியை உருவாக்குகிறது (22, 25).K417N தென்னாப்பிரிக்காவில் முதலில் கண்டுபிடிக்கப்பட்ட B.1.351 பரம்பரையில் உள்ளது (10).தற்போதைய கவலையின் மற்றொரு பிறழ்வு N501Y ஆகும், இது B.1.351 இல் உள்ளது மற்றும் B.1.1.7 பரம்பரையில் முதலில் UK இல் அடையாளம் காணப்பட்டது (9).REGN-COV2 ஆன்டிபாடியில் N501Y எந்த விளைவையும் ஏற்படுத்தாது என்பதை எங்கள் வரைபடம் காட்டுகிறது, ஆனால் LY-CoV016 (படம் 3).
ஒவ்வொரு ஆன்டிபாடி அல்லது ஆன்டிபாடி கலவைக்கும், ஜனவரி 11, 2021 நிலவரப்படி, GISAID (26) இல் உள்ள 317,866 உயர்தர மனிதனால் பெறப்பட்ட SARS-CoV-2 வரிசைகளில், ஒவ்வொரு பிறழ்வுக்கான எஸ்கேப் ஸ்கோருக்கும் அதன் அதிர்வெண்ணுக்கும் இடையிலான தொடர்பு .இது குறிக்கப்பட்டுள்ளது.REGN-COV2 காக்டெய்ல் தப்பிக்கும் பிறழ்வு E406W க்கு வுஹான்-ஹு-1 RBD வரிசையில் பல நியூக்ளியோடைடு மாற்றங்கள் தேவைப்படுகின்றன, மேலும் இது GISAID வரிசையில் கவனிக்கப்படவில்லை.எச்சம் E406 (E406Q மற்றும் E406D) இன் பிற பிறழ்வுகள் குறைந்த அதிர்வெண் எண்ணிக்கையுடன் காணப்பட்டன, ஆனால் இந்த பிறழ்ந்த அமினோ அமிலங்கள் W இலிருந்து தொலைவில் உள்ள ஒற்றை நியூக்ளியோடைடு பிறழ்வுகள் அல்ல.
எதிர்பார்த்தபடி, தப்பிக்கும் பிறழ்வுகள் பொதுவாக ஆன்டிபாடி-ஆர்பிடி இடைமுகத்தில் நிகழ்கின்றன.இருப்பினும், எந்த பிறழ்வுகள் தப்பிக்க மத்தியஸ்தம் செய்கின்றன என்பதைக் கணிக்க கட்டமைப்பு மட்டும் போதாது.எடுத்துக்காட்டாக, LY-CoV016 அதன் கனமான மற்றும் இலகுவான சங்கிலிகளை ACE2 பிணைப்பு மேற்பரப்பை ஒன்றுடன் ஒன்று இணைக்கும் ஒரு பரந்த எபிடோப்புடன் பிணைக்க பயன்படுத்துகிறது, ஆனால் தப்பிக்கும் செயல்முறையானது கனரக சங்கிலி நிரப்புத்தன்மையை நிர்ணயிக்கும் பகுதியில் உள்ள RBD எச்சங்களில் பிறழ்வுகளை உள்ளடக்கியது (படம் 4A மற்றும் படம் S6, E க்கு. ஜி).இதற்கு மாறாக, REGN10933 மற்றும் REGN10987 இலிருந்து தப்பிப்பது முக்கியமாக ஆன்டிபாடி ஹெவி மற்றும் லைட் சங்கிலிகளின் இடைமுகத்தில் அடுக்கப்பட்ட RBD எச்சங்களில் நிகழ்ந்தது (படம் 4A மற்றும் படம் S6, A முதல் D வரை).REGN-COV2 கலவையிலிருந்து தப்பிய E406W பிறழ்வு ஆன்டிபாடியுடன் தொடர்பு கொள்ளாத எச்சங்களில் ஏற்பட்டது (படம் 4, A மற்றும் B).E406 கட்டமைப்பு ரீதியாக LY-CoV016 (படம் 4B மற்றும் படம் S6H) உடன் நெருக்கமாக இருந்தாலும், E406W பிறழ்வு ஆன்டிபாடியில் (படம் 1, B மற்றும் C) மிகச் சிறிய விளைவைக் கொண்டிருக்கிறது, இது குறிப்பிட்ட நீண்ட தூர கட்டமைப்பு பொறிமுறையானது REGN-க்கு எதிரானது என்பதைக் குறிக்கிறது. - COV2 ஆன்டிபாடி (படம் S6I).சுருக்கமாக, ஆன்டிபாடிகளுடன் தொடர்புள்ள RBD எச்சங்களில் ஏற்படும் பிறழ்வுகள் எப்போதும் தப்பிக்க மத்தியஸ்தம் செய்வதில்லை, மேலும் சில குறிப்பிடத்தக்க தப்பிக்கும் பிறழ்வுகள் ஆன்டிபாடிகளுடன் தொடர்பில்லாத எச்சங்களில் நிகழ்கின்றன (படம் 4B மற்றும் படம் S6, D மற்றும் G ).
(A) ஆன்டிபாடியால் பிணைக்கப்பட்ட RBD கட்டமைப்பில் திட்டமிடப்பட்ட தப்பிக்கும் வரைபடம்.[REGN10933 மற்றும் REGN10987: புரத தரவுத்தளம் (PDB) ஐடி 6XDG (11);LY-CoV016: PDB ஐடி 7C01 (13)].ஆன்டிபாடியின் கனமான மற்றும் இலகுவான சங்கிலிகளின் மாறி களங்கள் நீல நிற கார்ட்டூன்களாக காட்டப்படுகின்றன, மேலும் RBD இன் மேற்பரப்பில் உள்ள நிறம் இந்த தளத்தில் பிறழ்வு-மத்தியஸ்த தப்பிக்கும் வலிமையைக் குறிக்கிறது (வெள்ளை தப்பிக்கவில்லை என்பதைக் குறிக்கிறது, மற்றும் சிவப்பு வலிமையானதைக் குறிக்கிறது. ஆன்டிபாடி அல்லது கலவையின் தப்பிக்கும் தளம்) .செயல்பாட்டு ரீதியாக மாற்றப்படாத தளங்கள் சாம்பல் நிறத்தில் உள்ளன.(ஆ) ஒவ்வொரு ஆன்டிபாடிக்கும், தளத்தை நேரடி ஆன்டிபாடி தொடர்பு (ஆன்டிபாடியின் 4Åக்குள் ஹைட்ரஜன் அல்லாத அணுக்கள்), ப்ராக்ஸிமல் ஆன்டிபாடி (4 முதல் 8Å) அல்லது டிஸ்டல் ஆன்டிபாடி (> 8Å) என வகைப்படுத்தவும்.ஒவ்வொரு புள்ளியும் ஒரு தளத்தை பிரதிபலிக்கிறது, இது தப்பிக்கும் (சிவப்பு) அல்லது தப்பிக்காத (கருப்பு) என பிரிக்கப்பட்டுள்ளது.சாம்பல் கோடு கோடு என்பது தளத்தை எஸ்கேப் அல்லது அல்லாத எஸ்கேப் என வகைப்படுத்தப் பயன்படுத்தப்படும் முக்கியமான மதிப்பைக் குறிக்கிறது (விவரங்களுக்கு, பொருட்கள் மற்றும் முறைகளைப் பார்க்கவும்).சிவப்பு மற்றும் கருப்பு எண்கள், ஒவ்வொரு வகையிலும் எத்தனை தளங்கள் தப்பியோ அல்லது தப்பியோடவில்லை என்பதைக் குறிக்கிறது.
இந்த ஆய்வில், மூன்று பெரிய SARS-CoV-2 ஆன்டிபாடிகளைத் தவிர்க்கும் பிறழ்வுகளை நாங்கள் முழுமையாக வரைபடமாக்கியுள்ளோம்.தப்பிக்கும் பிறழ்வுகளின் முந்தைய குணாதிசயம் முழுமையடையவில்லை என்பதை இந்த வரைபடங்கள் குறிப்பிடுகின்றன.REGN-COV2 காக்டெயிலில் உள்ள இரண்டு ஆன்டிபாடிகளில் இருந்து தப்பிக்கக்கூடிய ஒற்றை அமினோ அமில பிறழ்வுகள் அடையாளம் காணப்படவில்லை, அல்லது காக்டெய்லுடன் சிகிச்சையளிக்கப்பட்ட பெரும்பாலான நோய்த்தொற்று நோயாளிகளை அவர்கள் அடையாளம் காணவில்லை.பிறழ்வு.நிச்சயமாக, எங்கள் வரைபடம் இன்னும் மிக முக்கியமான கேள்விக்கு பதிலளிக்கவில்லை: SARS-CoV-2 இந்த ஆன்டிபாடிகளுக்கு விரிவான எதிர்ப்பை உருவாக்குமா?ஆனால் பல தப்பிக்கும் பிறழ்வுகள் RBD மடிப்பு அல்லது ஏற்பி இணைப்பில் சிறிதளவு தாக்கத்தை ஏற்படுத்துவது கவலைக்குரியது, மேலும் வைரஸ்கள் புழக்கத்தில் ஏற்கனவே சில குறைந்த அளவிலான பிறழ்வுகள் உள்ளன.இறுதியில், SARS-CoV-2 மக்களிடையே பரவும்போது என்ன பிறழ்வுகளை கடத்தும் என்பதை காத்திருந்து கவனிக்க வேண்டியது அவசியம்.வைரஸ் மரபணு கண்காணிப்பு மூலம் வகைப்படுத்தப்பட்ட பிறழ்வுகளின் தாக்கத்தை உடனடியாக விளக்குவதன் மூலம் எங்கள் பணி "கவனிப்பதற்கு" உதவும்.
இது கிரியேட்டிவ் காமன்ஸ் பண்புக்கூறு உரிமத்தின் விதிமுறைகளின் கீழ் விநியோகிக்கப்படும் திறந்த அணுகல் கட்டுரையாகும்.அசல் படைப்பை சரியாக மேற்கோள் காட்டப்பட்ட நிபந்தனையின் கீழ் எந்தவொரு ஊடகத்திலும் கட்டுப்பாடற்ற பயன்பாடு, விநியோகம் மற்றும் இனப்பெருக்கம் ஆகியவற்றை கட்டுரை அனுமதிக்கிறது.
குறிப்பு: உங்கள் மின்னஞ்சல் முகவரியை மட்டும் வழங்குமாறு கேட்டுக்கொள்கிறோம். இதன் மூலம் நீங்கள் அந்தப் பக்கத்திற்குப் பரிந்துரைக்கும் நபருக்கு நீங்கள் அந்த மின்னஞ்சலைப் பார்க்க வேண்டும் என்பதையும் அது ஸ்பேம் அல்ல என்பதையும் அவர் அறிவார்.நாங்கள் எந்த மின்னஞ்சல் முகவரிகளையும் கைப்பற்ற மாட்டோம்.
நீங்கள் பார்வையாளரா என்பதைச் சோதிக்கவும், ஸ்பேம் தானாகச் சமர்ப்பிப்பதைத் தடுக்கவும் இந்தக் கேள்வி பயன்படுத்தப்படுகிறது.
டைலர் என்.ஸ்டார், அலிசன் ஜே.கிரேனி, அமின் அடேடியா, வில்லியம் டபிள்யூ. ஹானான், மனிஷ் சி. சௌத்ரி (மனிஷ் சி. சவுத்ரி), ஆடம் எஸ். டிங்கஸ் (ஆடம் எஸ்.
ரெஜெனெரான் மோனோக்ளோனல் ஆன்டிபாடி கலவையிலிருந்து தப்பிக்கும் SARS-CoV-2 பிறழ்வுகளின் முழுமையான வரைபடம் நோயாளிகளுக்கு சிகிச்சையளிப்பதில் வைரஸின் பரிணாமத்தை விளக்க உதவுகிறது.
டைலர் என்.ஸ்டார், அலிசன் ஜே.கிரேனி, அமின் அடேடியா, வில்லியம் டபிள்யூ. ஹானான், மனிஷ் சி. சௌத்ரி (மனிஷ் சி. சவுத்ரி), ஆடம் எஸ். டிங்கஸ் (ஆடம் எஸ்.
ரெஜெனெரான் மோனோக்ளோனல் ஆன்டிபாடி கலவையிலிருந்து தப்பிக்கும் SARS-CoV-2 பிறழ்வுகளின் முழுமையான வரைபடம் நோயாளிகளுக்கு சிகிச்சையளிப்பதில் வைரஸின் பரிணாமத்தை விளக்க உதவுகிறது.
©2021 அறிவியல் முன்னேற்றத்திற்கான அமெரிக்க சங்கம்.அனைத்து உரிமைகளும் பாதுகாக்கப்பட்டவை.AAAS என்பது HINARI, AGORA, OARE, CHORUS, CLOCKSS, CrossRef மற்றும் COUNTER ஆகியவற்றின் பங்குதாரர். அறிவியல் ISSN 1095-9203.
இடுகை நேரம்: பிப்ரவரி-24-2021