متعدد اینٹی باڈیز پہلے ہی COVID-19 کے علاج کے لیے علاج کے طور پر استعمال میں ہیں یا تیار ہو رہی ہیں۔شدید ایکیوٹ ریسپائریٹری سنڈروم کورونا وائرس 2 (SARS-CoV-2) کی نئی شکلوں کے ظہور کے ساتھ، یہ پیش گوئی کرنا ضروری ہے کہ آیا وہ اب بھی اینٹی باڈی تھراپی کے لیے حساس ہوں گے۔سٹار وغیرہ۔ایک خمیر لائبریری کا استعمال کیا گیا تھا، جس میں SARS-CoV-2 ریسیپٹر بائنڈنگ ڈومین میں تمام تغیرات کا احاطہ کیا گیا ہے جو میزبان ریسیپٹر (ACE2) کے پابند ہونے میں سختی سے خلل نہیں ڈالے گا، اور نقشہ بنائے گا کہ یہ تغیرات تینوں کو کیسے متاثر کرتے ہیں۔ -2 اینٹی باڈی بائنڈنگ۔یہ اعداد و شمار ایسے تغیرات کی نشاندہی کرتے ہیں جو اینٹی باڈی بائنڈنگ سے بچ جاتے ہیں، بشمول واحد اتپریورتن جو ریجنیرون اینٹی باڈی مکس میں دو اینٹی باڈیز سے بچ جاتے ہیں۔بہت سے تغیرات جو ایک اینٹی باڈی سے بچ جاتے ہیں انسانوں میں پھیل رہے ہیں۔
اینٹی باڈیز شدید ایکیوٹ ریسپائریٹری سنڈروم کورونا وائرس 2 (SARS-CoV-2) کے علاج کے لیے ایک ممکنہ علاج ہیں، لیکن یہ واضح نہیں ہے کہ وائرس ان کے خطرے سے بچنے کے لیے تیار ہوتا ہے۔یہاں، ہم نقشہ بناتے ہیں کہ کس طرح SARS-CoV-2 ریسیپٹر بائنڈنگ ڈومین (RBD) میں موجود تمام تغیرات REGN-COV2 کاک ٹیل کے اینٹی باڈی LY-CoV016 کے پابند ہونے کو متاثر کرتے ہیں۔ان مکمل نقشوں سے ایک امینو ایسڈ اتپریورتن کا انکشاف ہوا جس نے REGN-COV2 مرکب سے مکمل طور پر بچایا، جو دو اینٹی باڈیز REGN10933 اور REGN10987 پر مشتمل ہے جو مختلف ساختی ایپیٹوپس کو نشانہ بناتے ہیں۔یہ اعداد و شمار REGN-COV2 کے ساتھ علاج کیے جانے والے مستقل طور پر متاثرہ مریضوں میں اور وٹرو وائرس سے بچنے کے انتخاب کے دوران منتخب کردہ وائرس کی تبدیلیوں کی بھی نشاندہی کرتے ہیں۔آخر میں، ان اعداد و شمار سے پتہ چلتا ہے کہ ایک اینٹی باڈی سے بچنے والے تغیرات پہلے سے ہی گردش کرنے والے SARS-CoV-2 تناؤ میں موجود ہیں۔فرار ہونے کے یہ مکمل نقشے وائرس کی نگرانی کے دوران دیکھے جانے والے تغیرات کے نتائج کی وضاحت کر سکتے ہیں۔
شدید ایکیوٹ ریسپائریٹری سنڈروم کورونا وائرس 2 (SARS-CoV-2) (1) کے علاج کے لیے اینٹی باڈیز تیار کی جا رہی ہیں۔بعض دوسرے وائرسوں کے خلاف اینٹی باڈیز کو متاثرہ مریضوں (2، 3) کے علاج کے دوران منتخب کردہ وائرس کی تبدیلیوں یا وائرل میوٹیشنز کے ذریعے غیر موثر قرار دیا جا سکتا ہے جو پورے وائرس کے کلیڈ کے خلاف مزاحمت فراہم کرنے کے لیے عالمی سطح پر پھیل چکے ہیں۔لہذا، اس بات کا تعین کرنا کہ کون سے SARS-CoV-2 اتپریورتنوں سے کلیدی اینٹی باڈیز بچ سکتی ہیں اس بات کا اندازہ لگانے کے لیے ضروری ہے کہ وائرس کی نگرانی کے دوران مشاہدہ کیا گیا تغیرات اینٹی باڈی تھراپی کی تاثیر کو کیسے متاثر کرتے ہیں۔
زیادہ تر سرکردہ اینٹی SARS-CoV-2 اینٹی باڈیز وائرل ریسیپٹر بائنڈنگ ڈومین (RBD) کو نشانہ بناتے ہیں، جو انجیوٹینسن کنورٹنگ انزائم 2 (ACE2) ریسیپٹر (5, 6) کے پابند ہونے میں ثالثی کرتا ہے۔حال ہی میں، ہم نے ایک گہرا اتپریورتن اسکیننگ کا طریقہ تیار کیا ہے کہ کس طرح RBD کے تمام تغیرات اینٹی وائرل اینٹی باڈیز (7, 8) کے ذریعے اس کے کام اور پہچان کو متاثر کرتے ہیں۔اس طریقہ کار میں RBD اتپریورتیوں کی لائبریری بنانا، خمیر کی سطح پر ان کا اظہار کرنا، اور فلوروسینس ایکٹیویٹڈ سیل چھانٹنا اور گہری ترتیب کا استعمال کرنا شامل ہے تاکہ یہ اندازہ لگایا جا سکے کہ ہر ایک تغیر RBD فولڈنگ، ACE2 وابستگی (ٹائٹریشن سیریز میں ماپا جاتا ہے)، اور اینٹی باڈی بائنڈنگ کو کیسے متاثر کرتا ہے۔ (شکل S1A)۔اس مطالعے میں، ہم نے (7) میں بیان کردہ دہرائی جانے والی اتپریورتی لائبریری کا استعمال کیا، جو بارکوڈڈ RBD مختلف حالتوں پر مشتمل ہے، جس میں 3819 ممکنہ امینو ایسڈ تغیرات میں سے 3804 کا احاطہ کیا گیا ہے۔ہماری لائبریری ابتدائی الگ تھلگ ووہان-ہو-1 کے RBD جینیاتی پس منظر سے تیار کی گئی تھی۔اگرچہ متعدد اتپریورتیوں کی تعدد بڑھ رہی ہے، وہ اب بھی سب سے زیادہ عام آر بی ڈی ترتیب (9، 10) کی نمائندگی کرتے ہیں۔ہم نے 2034 میں سے دو ایسے اتپریورتنوں کو تیار کیا ہے جو RBD فولڈنگ اور ACE بائنڈنگ میں سختی سے خلل نہیں ڈالتے ہیں (7) REGN-COV2 کاک ٹیل (REGN10933 اور REGN10987) (11، 12) اور ایلی للی کی LY-CoV016 کی ریکومبیننٹ شکل اینٹی باڈی اینٹی باڈی کو بائنڈنگ کرنے کے طریقہ کو متاثر کرتی ہے (جسے CB6 یا JS016 بھی کہا جاتا ہے) (13) (شکل S1B)۔REGN-COV2 کو حال ہی میں COVID-19 (14) کے لیے ہنگامی طور پر استعمال کی اجازت دی گئی تھی، جبکہ LY-CoV016 فی الحال فیز 3 کلینیکل ٹرائلز (15) سے گزر رہا ہے۔
[Glu406→Trp(E406W)] دو اینٹی باڈیز کے مرکب سے مضبوطی سے بچ گیا (شکل 1A)۔LY-CoV016 کے فرار کے نقشے نے RBD (شکل 1B) میں مختلف مقامات پر فرار ہونے والے بہت سے تغیرات کا بھی انکشاف کیا۔اگرچہ کچھ فراری اتپریورتنوں سے RBD کی ACE2 سے منسلک ہونے یا مناسب طریقے سے فولڈ شکل میں اظہار کرنے کی صلاحیت کو نقصان پہنچ سکتا ہے، لیکن خمیر سے ظاہر شدہ RBD کا استعمال کرتے ہوئے گہری اتپریورتن اسکیننگ کی سابقہ پیمائش کے مطابق، بہت سے فعال تغیرات کا ان فعال خصوصیات پر بہت کم یا کوئی اثر نہیں ہوتا ہے (7 ) (شکل 1، A اور B ACE2 وابستگی کے نقصان کی نمائندگی کرتا ہے، جبکہ شکل S2 RBD اظہار میں کمی کی نمائندگی کرتا ہے۔
(A) REGN-COV2 میں اینٹی باڈی کا نقشہ بنانا۔بائیں طرف کا لائن گراف RBD میں ہر سائٹ پر فرار کو ظاہر کرتا ہے (ہر سائٹ پر تمام تغیرات کا مجموعہ)۔دائیں طرف لوگو کی تصویر فرار ہونے کی مضبوط جگہ (جامنی رنگ کی لکیر) کو ظاہر کرتی ہے۔ہر حرف کی اونچائی امائنو ایسڈ کی اتپریورتن کے ذریعہ ثالثی سے فرار کی طاقت کے متناسب ہے، اور ہر اتپریورتن کے لئے 1 کا "فرار سکور" مکمل فرار کے مساوی ہے۔y-axis کا پیمانہ ہر قطار کے لیے مختلف ہوتا ہے، اس لیے، مثال کے طور پر، E406W تمام REGN اینٹی باڈیز سے بچ جاتا ہے، لیکن یہ کاک ٹیلوں کے لیے سب سے زیادہ واضح ہے کیونکہ یہ انفرادی اینٹی باڈیز کے فرار کی دوسری جگہوں سے مغلوب ہے۔توسیع پذیر ورژن کے لیے، S2، A اور B، نقشے کو رنگنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے کہ کس طرح تغیرات فولڈ RBD کے اظہار کو متاثر کرتے ہیں۔S2، C اور D کا استعمال ACE2 وابستگی اور RBD اظہار پر اثر و رسوخ کو تقسیم کرنے کے لیے کیا جاتا ہے جو گردش کرنے والے وائرس کے الگ تھلگ میں مشاہدہ کیے گئے تمام تغیرات کے درمیان ہیں۔(B) جیسا کہ (A) میں دکھایا گیا ہے، LY-CoV016 ڈرا کریں۔(سی) نیوٹرلائزیشن پرکھ میں کلیدی تغیرات کی تصدیق کے لیے اسپائک سیوڈوٹائپڈ لینٹیو وائرل ذرات کا استعمال کریں۔ہم نے ان تغیرات کی توثیق کرنے کا انتخاب کیا جن کے زیادہ اثر ہونے کی پیش گوئی کی گئی ہے یا گردش میں SARS-CoV-2 الگ تھلگ (جیسے N439K) میں اعلی تعدد پر موجود ہیں۔ہر نقطہ D614G پر مشتمل غیر تبدیل شدہ جنگلی قسم (WT) کی چوٹی کے مقابلے میں اتپریورتن کے میڈین انحیبیٹری ارتکاز (IC50) کے گنا اضافے کی نمائندگی کرتا ہے۔نیلی ڈیشڈ لائن 1 WT کی طرح ایک غیر جانبدار اثر کی نمائندگی کرتی ہے، اور قدر> 1 بڑھتی ہوئی غیر جانبداری مزاحمت کی نمائندگی کرتی ہے۔نقطے کا رنگ بتاتا ہے کہ آیا آپ نقشے سے فرار ہونا چاہتے ہیں۔نقطے بتاتے ہیں کہ چونکہ IC50 استعمال شدہ ڈائلیشن سیریز سے باہر ہے، اس لیے متعدد تبدیلیوں کی جانچ پڑتال کی جاتی ہے (اوپری یا نچلی حد)۔زیادہ تر اتپریورتیوں کا ڈپلیکیٹ میں تجربہ کیا جاتا ہے، لہذا دو پوائنٹس ہیں۔مکمل نیوٹرلائزیشن وکر کو شکل 2. S3 میں دکھایا گیا ہے۔امینو ایسڈ کی باقیات کے ایک حرفی مخففات درج ذیل ہیں: A, Ala;سی، سیسٹین؛D, Asp;ای، گلو؛F, Phe;جی، گلی؛H, his;میں، Ile؛K, lysine ;ایل، لیو؛میٹروپولیس این، ایسن؛پی، پرو؛Q, Gln;آر، آرگ؛S, Ser;T, Thr;وی، ویل؛ڈبلیو، ٹرپٹوفن؛اور Y، Tyr.
کلیدی اتپریورتنوں کے اینٹی جینک اثر کی تصدیق کرنے کے لیے، ہم نے پینیکل سیوڈوٹائپڈ لینٹی وائرل ذرات کا استعمال کرتے ہوئے ایک غیرجانبدارانہ پرکھ کا مظاہرہ کیا، اور پایا کہ اینٹی باڈی بائنڈنگ فرار کے نقشے اور نیوٹرلائزیشن پرکھ (شکل 1C اور فگر S3) کے درمیان مستقل مزاجی ہے۔جیسا کہ REGN-COV2 اینٹی باڈی میپ سے توقع کی جاتی ہے، پوزیشن 486 پر ہونے والے اتپریورتن کو صرف REGN10933 کے ذریعے بے اثر کیا جاتا ہے، جبکہ 439 اور 444 پوزیشنوں پر ہونے والے تغیرات کو صرف REGN10987 کے ذریعے بے اثر کیا جاتا ہے، اس لیے یہ تغیرات بچ نہیں سکتے۔لیکن E406W دو REGN-COV2 اینٹی باڈیز سے بچ گئے، لہذا یہ مرکب سے بھی مضبوطی سے بچ گیا۔ساختی تجزیہ اور وائرس سے فرار کے انتخاب کے ذریعے، ریجنیرون کا خیال ہے کہ کوئی ایک امینو ایسڈ میوٹیشن کاک ٹیل (11، 12) میں موجود دو اینٹی باڈیز سے بچ نہیں سکتا، لیکن ہمارا مکمل نقشہ E406W کو کاک ٹیل سے بچنے کے اتپریورتن کے طور پر شناخت کرتا ہے۔E406W نسبتاً مخصوص طریقے سے REGN-COV2 اینٹی باڈی کو متاثر کرتا ہے، اور RBD کے کام میں سنجیدگی سے مداخلت نہیں کرتا، کیونکہ یہ صرف LY-CoV016 (Figure 1C) اور اسپِک سیوڈوٹائپڈ lentiviral ذرات کے ٹائٹر (Figure 1C) کے نیوٹرلائزیشن اثر کو قدرے کم کرتا ہے۔ S3F)۔
یہ جاننے کے لیے کہ آیا ہمارا فرار کا نقشہ اینٹی باڈی کے انتخاب کے تحت وائرس کے ارتقاء سے مطابقت رکھتا ہے، ہم نے پہلے ریجنیرون وائرس سے فرار کے انتخاب کے تجربے کے ڈیٹا کو چیک کیا، جس میں کسی بھی REGN10933 کی موجودگی میں سیل کلچر میں ایکسپریشن سپائیک اگایا گیا تھا۔ اسٹومیٹائٹس وائرس (VSV)، REGN10987 یا REGN-COV2 کاکٹیل (12)۔اس کام نے REGN10933 سے فرار ہونے والے پانچ اتپریورتنوں کی نشاندہی کی، REGN10987 سے دو فرار اتپریورتنوں، اور کاک ٹیل سے کوئی تغیرات (شکل 2A)۔تمام سات سیل ثقافتوں کے ذریعہ منتخب کردہ تغیرات کو ہمارے فرار کے نقشے میں نمایاں کیا گیا ہے، اور ووہان-Hu-1 RBD ترتیب میں جنگلی قسم کے کوڈن کی واحد نیوکلیوٹائڈ تبدیلی بھی قابل رسائی ہے (شکل 2B)، جو فرار ہونے کے درمیان فرق کی نشاندہی کرتی ہے۔ سیل کلچر میں اینٹی باڈی پریشر کے تحت گراف اور وائرس کا ارتقاء۔یہ بات قابل غور ہے کہ E406W تک واحد نیوکلیوٹائڈ تبدیلیوں کے ذریعے رسائی حاصل نہیں کی جا سکتی ہے، جس سے یہ وضاحت ہو سکتی ہے کہ RBD فولڈنگ اور ACE2 تعلق کی نسبتاً اچھی رواداری کے باوجود Regeneron کاک ٹیل کا انتخاب اس کی شناخت کیوں نہیں کر سکتا۔
(A) اینٹی باڈیز کی موجودگی میں، Regeneron سیل کلچر (12) میں وائرس سے بچنے کے اتپریورتنوں کو منتخب کرنے کے لیے Panicle pseudotype VSV کا استعمال کرتا ہے۔(B) فرار کا خاکہ، جیسا کہ شکل 1A میں دکھایا گیا ہے، لیکن صرف ووہان-Hu-1 کی ترتیب میں واحد نیوکلیوٹائڈ تبدیلی کے ذریعے قابل رسائی تغیرات کو ظاہر کرتا ہے۔غیر سرمئی سیل کلچر (سرخ) اور متاثرہ مریضوں (نیلے) ) یا دونوں (جامنی) میں تغیرات کی نشاندہی کرتا ہے۔شکل S5 ان گرافوں کو دکھاتا ہے، جو اس لحاظ سے رنگین ہوتے ہیں کہ کس طرح اتپریورتنوں سے ACE2 وابستگی یا RBD اظہار متاثر ہوتا ہے۔(C) انفیکشن کے 145 ویں دن REGN-COV2 کے ساتھ علاج کیے گئے مریضوں میں RBD اتپریورتن کی حرکیات (سیاہ نقطے والی عمودی لائن)۔E484A اور F486I کے درمیان تعلق کی فریکوئنسی میں اضافہ ہوا، لیکن چونکہ E484A ہماری شکل میں فرار کی تبدیلی نہیں ہے، اس لیے اسے دوسرے پینلز میں نہیں دکھایا گیا ہے۔تصویر بھی دیکھیں۔S4.(D) فرار کی تبدیلیاں جو سیل کلچر اور متاثرہ مریضوں میں ہوتی ہیں ایک ہی نیوکلیوٹائڈ کے ذریعے قابل رسائی ہیں، اور فرار کے اینٹی باڈیز کے پابند ہونے سے ACE2 وابستگی پر کوئی بڑی قیمت نہیں پڑتی ہے [جیسا کہ خمیر ڈسپلے کے طریقہ سے ماپا جاتا ہے (7)]۔ہر نقطہ ایک تبدیلی ہے، اور اس کی شکل اور رنگ بتاتے ہیں کہ آیا وائرس کی نشوونما کے دوران اس تک رسائی اور منتخب کیا جا سکتا ہے۔ایکس محور پر دائیں ہاتھ کے زیادہ پوائنٹس مضبوط اینٹی باڈی بائنڈنگ فرار کی نشاندہی کرتے ہیں۔y-axis پر اونچے پوائنٹس اعلی ACE2 وابستگی کی نشاندہی کرتے ہیں۔
اس بات کا تعین کرنے کے لیے کہ آیا Escape Atlas انسانوں کو متاثر کرنے والے وائرسز کے ارتقاء کا تجزیہ کر سکتا ہے، ہم نے مسلسل متاثرہ امیونوکمپرومائزڈ مریض کے گہرے ترتیب والے ڈیٹا کی جانچ کی جسے COVID-19 کے علاج کی تشخیص کے 145ویں دن REGN-COV2 موصول ہوا (16)۔دیر سے علاج مریض کی وائرل آبادی کو جینیاتی تنوع جمع کرنے کی اجازت دیتا ہے، جن میں سے کچھ مدافعتی تناؤ کی وجہ سے ہوسکتے ہیں، کیونکہ مریض کا علاج سے پہلے کمزور خودکار اینٹی باڈی ردعمل ہوتا ہے (16)۔REGN-COV2 کی انتظامیہ کے بعد، RBD میں پانچ امینو ایسڈ میوٹیشنز کی فریکوئنسی تیزی سے بدل گئی (شکل 2C اور شکل S4)۔ہمارے فرار کے نقشے سے پتہ چلتا ہے کہ ان میں سے تین تغیرات REGN10933 سے بچ گئے اور ایک فرار REGN10987 (شکل 2B)۔یہ بات قابل غور ہے کہ اینٹی باڈی کے علاج کے بعد، تمام تغیرات کو مقررہ جگہ پر منتقل نہیں کیا گیا تھا۔اس کے برعکس مقابلے کا عروج و زوال ہے (شکل 2C)۔یہ نمونہ دوسرے وائرسوں (17، 18) کے انکولی میزبانوں کے اندرونی ارتقاء میں دیکھا گیا ہے، ممکنہ طور پر جینیاتی فری رائڈنگ اور وائرل نسبوں کے درمیان مسابقت کی وجہ سے۔یہ دونوں قوتیں مسلسل انفیکشن والے مریضوں میں اپنا کردار ادا کرتی نظر آتی ہیں (شکل 2C اور شکل S4C): E484A (ہمارے خاکے میں فرار کی تبدیلی نہیں ہے) اور F486I (فرار REGN10933) علاج کے بعد آزادانہ سواری، اور N440D لے جانے والے وائرس کے سلسلے۔ Q493K (بالترتیب REGN10987 اور REGN10933 سے فرار) نے پہلے REGN10933 Escape mutant Y489H سے مقابلہ کیا، اور پھر E484A اور F486I اور Q493K لے جانے والے نسب سے مقابلہ کیا۔
REGN-COV2 کے ساتھ علاج کیے جانے والے مریضوں میں فرار ہونے والے اتپریورتنوں میں سے تین کی شناخت Regeneron کے وائرس سیل کلچر سلیکشن (شکل 2B) میں نہیں کی گئی، جو مکمل نقشے کے فائدے کو واضح کرتی ہے۔وائرس کا انتخاب نامکمل ہے کیونکہ وہ صرف سیل کلچر کے اس مخصوص تجربے میں تصادفی طور پر منتخب کردہ کسی بھی تغیر کی شناخت کر سکتے ہیں۔اس کے برعکس، مکمل نقشہ تمام اتپریورتنوں کی تشریح کرتا ہے، جس میں علاج سے غیر متعلق وجوہات کی وجہ سے ہونے والے تغیرات شامل ہوسکتے ہیں، لیکن اتفاقی طور پر اینٹی باڈی بائنڈنگ کو متاثر کرتے ہیں۔
یقینا، وائرس کا ارتقاء فعال حدود اور اینٹی باڈیز سے بچنے کے دباؤ سے متاثر ہوتا ہے۔سیل کلچر میں منتخب ہونے والے تغیرات اور مریض ہمیشہ مندرجہ ذیل معیارات پر پورا اترتے ہیں: وہ اینٹی باڈی بائنڈنگ سے بچ جاتے ہیں، ایک ہی نیوکلیوٹائیڈ تبدیلی کے ذریعے داخل ہو سکتے ہیں، اور ACE2 سے تعلق کے لیے بہت کم یا کوئی لاگت نہیں آتی ہے۔ )] (شکل 2D اور شکل S5)۔لہذا، ایک مکمل نقشہ کہ کس طرح اتپریورتن RBD کے کلیدی بائیو کیمیکل فینوٹائپس کو متاثر کرتی ہے (جیسے ACE اور اینٹی باڈی بائنڈنگ) وائرس کے ارتقاء کے ممکنہ راستوں کا اندازہ لگانے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔ایک انتباہ یہ ہے کہ ایک طویل ارتقائی وقت کے فریم میں، جیسا کہ وائرل استثنیٰ اور منشیات سے فرار میں مشاہدہ کیا گیا ہے، ایپیسٹیٹک تعاملات کی وجہ سے، تغیرات کے لیے رواداری کی جگہ بدل سکتی ہے (19-21)۔
مکمل نقشہ ہمیں گردش کرنے والے SARS-CoV-2 میں موجودہ فرار کے تغیرات کا جائزہ لینے کی اجازت دیتا ہے۔ہم نے 11 جنوری 2021 تک تمام دستیاب انسانی ماخوذ SARS-CoV-2 ترتیبوں کو چیک کیا اور پتہ چلا کہ RBD اتپریورتنوں کی ایک بڑی تعداد ایک یا زیادہ اینٹی باڈیز سے بچ گئی ہے (شکل 3)۔تاہم، ترتیب کے>0.1% میں موجود واحد فرار اتپریورتن REGN10933 فراری اتپریورتی Y453F [سلسلے کا 0.3%؛دیکھیں (12)]، REGN10987 escape mutant N439K [ترتیب کا 1.7%؛Figure 1C اور (22)]، اور LY-CoV016 فرار اتپریورتن K417N (0.1% ترتیب؛ شکل 1C بھی دیکھیں)۔Y453F نیدرلینڈز اور ڈنمارک میں منک فارموں سے متعلق آزاد وباء سے وابستہ ہے (23, 24);یہ بات قابل غور ہے کہ منک سیکوئنس میں بعض اوقات دیگر فراری تغیرات بھی شامل ہوتے ہیں، جیسے F486L (24)۔N439K یورپ میں بہت مقبول ہے، اور یورپ میں سکاٹ لینڈ اور آئرلینڈ سے ترتیب کا ایک بڑا حصہ تشکیل دیتا ہے (22، 25)۔K417N سب سے پہلے جنوبی افریقہ میں دریافت ہونے والے B.1.351 نسب میں موجود ہے (10)۔موجودہ تشویش کا ایک اور اتپریورتن N501Y ہے، جو B.1.351 میں موجود ہے اور B.1.1.7 نسب میں بھی ہے جس کی اصل میں UK میں شناخت کی گئی ہے (9)۔ہمارا نقشہ ظاہر کرتا ہے کہ N501Y کا REGN-COV2 اینٹی باڈی پر کوئی اثر نہیں ہے، لیکن صرف LY-CoV016 پر اعتدال پسند اثر ہے (شکل 3)۔
ہر اینٹی باڈی یا اینٹی باڈی کے امتزاج کے لیے، 11 جنوری 2021 تک، GISAID (26) پر 317,866 اعلیٰ معیار کے انسانوں سے ماخوذ SARS-CoV-2 ترتیبوں میں سے، ہر ایک اتپریورتن اور اس کی فریکوئنسی کے لیے فرار سکور کے درمیان تعلق۔یہ نشان زد ہے۔REGN-COV2 کاک ٹیل فرار اتپریورتن E406W کو ووہان-Hu-1 RBD ترتیب میں متعدد نیوکلیوٹائڈ تبدیلیوں کی ضرورت ہے، اور GISAID ترتیب میں اس کا مشاہدہ نہیں کیا جاتا ہے۔باقیات E406 (E406Q اور E406D) کے دیگر اتپریورتنوں کو کم تعدد کی گنتی کے ساتھ دیکھا گیا، لیکن یہ اتپریورتی امینو ایسڈ ڈبلیو سے بہت دور واحد نیوکلیوٹائڈ تغیرات نہیں ہیں۔
جیسا کہ توقع کی جاتی ہے، فرار کی تبدیلی عام طور پر اینٹی باڈی-RBD انٹرفیس میں ہوتی ہے۔تاہم، صرف ڈھانچہ ہی یہ پیش گوئی کرنے کے لیے کافی نہیں ہے کہ کون سے تغیرات فرار ہونے میں ثالثی کرتے ہیں۔مثال کے طور پر، LY-CoV016 اپنی بھاری اور ہلکی زنجیروں کو ایک وسیع ایپیٹوپ سے باندھنے کے لیے استعمال کرتا ہے جو کہ ACE2 بائنڈنگ سطح کو اوور لیپ کرتا ہے، لیکن فرار کے عمل میں RBD کی باقیات میں تبدیلیاں شامل ہوتی ہیں بھاری زنجیر کی تکمیل کا تعین کرنے والے خطے (شکل 4A اور شکل S6، E سے جی)۔اس کے برعکس، REGN10933 اور REGN10987 سے فرار بنیادی طور پر اینٹی باڈی ہیوی اور لائٹ چینز (شکل 4A اور فگر S6، A سے D) کے انٹرفیس پر رکھے ہوئے RBD کی باقیات میں واقع ہوئے۔E406W اتپریورتن جو REGN-COV2 مکسچر سے بچ گیا وہ اوشیشوں پر واقع ہوا جو کسی بھی اینٹی باڈی کے ساتھ رابطے میں نہیں تھے (شکل 4، A اور B)۔اگرچہ E406 ساختی طور پر LY-CoV016 (Figure 4B اور Figure S6H) سے زیادہ قریب ہے، E406W اتپریورتن کا اینٹی باڈی پر بہت کم اثر پڑتا ہے (شکل 1, B اور C)، یہ ظاہر کرتا ہے کہ مخصوص لانگ رینج کا ساختی طریقہ کار اینٹی REGN ہے۔ - COV2 اینٹی باڈی (فگر S6I)۔خلاصہ طور پر، اینٹی باڈیز کے ساتھ رابطے میں آر بی ڈی کی باقیات میں تغیرات ہمیشہ فرار میں ثالثی نہیں کرتے ہیں، اور کچھ اہم فرار اتپریورتن ان باقیات میں واقع ہوتی ہیں جو اینٹی باڈیز کے ساتھ رابطے میں نہیں ہیں (شکل 4B اور شکل S6، D اور G)۔
(A) فرار کا خاکہ اینٹی باڈی کے پابند RBD ڈھانچے پر پیش کیا گیا ہے۔[REGN10933 اور REGN10987: پروٹین ڈیٹا بیس (PDB) ID 6XDG (11)؛LY-CoV016: PDB ID 7C01 (13)]۔اینٹی باڈی کی بھاری اور ہلکی زنجیروں کے متغیر ڈومینز کو نیلے کارٹون کے طور پر دکھایا گیا ہے، اور RBD کی سطح کا رنگ اس سائٹ پر اتپریورتن ثالثی فرار کی طاقت کی نشاندہی کرتا ہے (سفید کسی فرار کی نشاندہی کرتا ہے، اور سرخ رنگ سب سے مضبوط کی نشاندہی کرتا ہے۔ اینٹی باڈی یا مرکب کی فرار کی جگہ)۔وہ سائٹس جو فعال طور پر تبدیل نہیں ہوتی ہیں خاکستری ہو جاتی ہیں۔(B) ہر اینٹی باڈی کے لیے، سائٹ کو براہ راست اینٹی باڈی رابطہ (اینٹی باڈی کے 4Å کے اندر غیر ہائیڈروجن ایٹم)، قربتی اینٹی باڈی (4 سے 8Å) یا ڈسٹل اینٹی باڈی (> 8Å) کے طور پر درجہ بندی کریں۔ہر نقطہ ایک سائٹ کی نمائندگی کرتا ہے، جو فرار (سرخ) یا غیر فرار (سیاہ) میں تقسیم ہوتا ہے۔گرے ڈیشڈ لائن اس اہم قدر کی نمائندگی کرتی ہے جو سائٹ کو فرار یا غیر فرار کے طور پر درجہ بندی کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے (تفصیلات کے لیے، مواد اور طریقے دیکھیں)۔سرخ اور سیاہ نمبر اس بات کی نشاندہی کرتے ہیں کہ ہر زمرے میں کتنی سائٹیں فرار یا غیر محفوظ ہیں۔
اس مطالعے میں، ہم نے ان تغیرات کو مکمل طور پر نقشہ بنایا ہے جو تین بڑے اینٹی SARS-CoV-2 اینٹی باڈیز سے بچتے ہیں۔یہ نقشے اس بات کی نشاندہی کرتے ہیں کہ فرار کے تغیرات کی پچھلی خصوصیت نامکمل ہے۔REGN-COV2 کاک ٹیل میں دو اینٹی باڈیز سے بچنے والے کسی ایک امینو ایسڈ کے تغیرات کی نشاندہی نہیں کی گئی ہے، اور نہ ہی انہوں نے کاک ٹیل کے ساتھ علاج کیے جانے والے مسلسل انفیکشن کے مریضوں کی اکثریت کی نشاندہی کی ہے۔اتپریورتنیقینا، ہمارے نقشے نے ابھی تک سب سے زیادہ اہم سوال کا جواب نہیں دیا ہے: کیا SARS-CoV-2 ان اینٹی باڈیز کے خلاف وسیع مزاحمت پیدا کرے گا؟لیکن جو بات یقینی ہے وہ یہ ہے کہ یہ تشویشناک ہے کہ فرار ہونے والے بہت سارے اتپریورتنوں کا RBD فولڈنگ یا ریسیپٹر وابستگی پر بہت کم اثر پڑتا ہے، اور گردش کرنے والے وائرسوں میں پہلے سے ہی کچھ نچلی سطح کے تغیرات موجود ہیں۔آخر میں، انتظار کرنا اور مشاہدہ کرنا ضروری ہے کہ جب SARS-CoV-2 آبادی میں پھیلتا ہے تو وہ کیا تبدیلیاں منتقل کرے گا۔ہمارا کام وائرل جینوم کی نگرانی کے ذریعہ درجہ بندی شدہ تغیرات کے اثرات کی فوری وضاحت کرکے "مشاہدہ" میں مدد کرے گا۔
یہ تخلیقی العام انتساب لائسنس کی شرائط کے تحت تقسیم کردہ ایک کھلا رسائی مضمون ہے۔مضمون اس شرط کے تحت کسی بھی میڈیم میں غیر محدود استعمال، تقسیم اور تولید کی اجازت دیتا ہے کہ اصل کام کا صحیح حوالہ دیا گیا ہو۔
نوٹ: ہم آپ سے صرف اپنا ای میل ایڈریس فراہم کرنے کو کہتے ہیں تاکہ آپ جس شخص کو صفحہ پر تجویز کرتے ہیں اسے معلوم ہو کہ آپ چاہتے ہیں کہ وہ ای میل دیکھیں اور یہ سپیم نہیں ہے۔ہم کسی بھی ای میل ایڈریس پر قبضہ نہیں کریں گے۔
یہ سوال یہ جانچنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے کہ آیا آپ وزیٹر ہیں اور خودکار سپیم جمع کرانے سے روکتے ہیں۔
Tyler N.Starr، Allison J.Greaney، Amin Addetia، William W. Hannon، Manish C. Choudhary (Manish C. Choudhary)، Adam S. Dinges (Adam S. Dinges)
SARS-CoV-2 اتپریورتنوں کا مکمل نقشہ جو Regeneron مونوکلونل اینٹی باڈی مرکب سے بچ جاتا ہے مریضوں کے علاج میں وائرس کے ارتقاء کی وضاحت میں مدد کرتا ہے۔
Tyler N.Starr، Allison J.Greaney، Amin Addetia، William W. Hannon، Manish C. Choudhary (Manish C. Choudhary)، Adam S. Dinges (Adam S. Dinges)
SARS-CoV-2 اتپریورتنوں کا مکمل نقشہ جو Regeneron مونوکلونل اینٹی باڈی مرکب سے بچ جاتا ہے مریضوں کے علاج میں وائرس کے ارتقاء کی وضاحت میں مدد کرتا ہے۔
©2021 امریکن ایسوسی ایشن فار دی ایڈوانسمنٹ آف سائنس۔جملہ حقوق محفوظ ہیں.AAAS HINARI, AGORA, OARE, CHORUS, CLOCKSS, CrossRef اور COUNTER.Science ISSN 1095-9203 کا پارٹنر ہے۔
پوسٹ ٹائم: فروری-24-2021